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RNA合成酵素複合体の分子構造進化基盤

研究課題

研究課題/領域番号 26251009
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関東京大学 (2016)
国立研究開発法人産業技術総合研究所 (2014-2015)

研究代表者

富田 耕造  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

研究期間 (年度) 2014-06-27 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
40,560千円 (直接経費: 31,200千円、間接経費: 9,360千円)
2016年度: 13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
2015年度: 12,870千円 (直接経費: 9,900千円、間接経費: 2,970千円)
2014年度: 14,430千円 (直接経費: 11,100千円、間接経費: 3,330千円)
キーワードRNA / 構造 / 反応機構 / 反応分子機構 / ヌクレオチド転移酵素 / X線結晶構造 / 酵素反応 / 構造解析 / 機能解析 / RNA合成 / X線結晶 / tRNA / 蛋白質
研究成果の概要

本研究ではtRNA末端を合成するCC-、A-、CCA-付加酵素、翻訳因子と複合体を形成するRNA合成酵素の反応分子機構を明らかにした。CC付加酵素では、tRNAがCC合成過程で酵素上を回転し、転移することによって1つの活性部位で2つのCが付加される機構を明らかにした。また、A付加酵素はtRNA上腕部の長さを測ることによって、末端のAが欠けたtRNAのみにAを付加する機構を明らかにした。また、CCA付加酵素には成熟tRNAと未成熟tRNAを識別する機構があることを明らかにした。さらに、S1蛋白質と複合体を形成するRNA合成酵素では、S1がRNA合成開始に必要である分子基盤を明らかにした。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 8件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 5件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] A possible link between specific transfer RNA methylation and tumorigenic phenotype of breast cancer.2017

    • 著者名/発表者名
      Tomita K
    • 雑誌名

      RNA & DISEASE,

      巻: -

    • DOI

      10.14800/rd.1530

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Human BCDIN3D Monomethylates Cytoplasmic Histidine Transfer RNA.2017

    • 著者名/発表者名
      Martinez A, Yamashita S, Nagaike T, Sakaguchi Y, Suzuki T, Tomita K
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: - ページ: 5423-5436

    • DOI

      10.1093/nar/gkx051

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of U6 snRNA-specific terminal uridylyltransferase.2017

    • 著者名/発表者名
      Yamashita S, Takagi Y, Nagaike T, Tomita K.
    • 雑誌名

      Nature Comminications

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Synthetic mRNA devices that detect endogenous proteins and distinguish mammalian cells2017

    • 著者名/発表者名
      Kawasaki S, Fujita Y, Nagaike T, Tomita K, Saito H.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 印刷中

    • NAID

      120006305984

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Sam68 nuclear body is composed of two RNase-sensitive substructures joined by the adaptor HNRNPL2016

    • 著者名/発表者名
      Mannen T, Yamashita S, Tomita K, Goshima G, Hirose T
    • 雑誌名

      J Cell Biol.

      巻: 214 号: 1 ページ: 45-59

    • DOI

      10.1083/jcb.201601024

    • NAID

      120005828468

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Mechanism of 3′-matured tRNA discrimination from 3′-immature tRNA by class-II CCA-adding enzyme.2016

    • 著者名/発表者名
      Yamashita S, Tomita K
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 24 号: 6 ページ: 918-925

    • DOI

      10.1016/j.str.2016.03.022

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Measurement of acceptor-TΨC helix length of tRNA for terminal A76-addition by A-adding enzyme2015

    • 著者名/発表者名
      Yamashita S, Martinez A, Tomita K
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 23 号: 5 ページ: 830-842

    • DOI

      10.1016/j.str.2015.03.013

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Molecular insights into replication initiation by Qβ replicase using ribosomal protein S12014

    • 著者名/発表者名
      Takeshita D, Yamashita S Tomita K
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 42 号: 16 ページ: 10823-10831

    • DOI

      10.1093/nar/gku745

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structures and Functions of Qβ Replicase: Translation factors beyond protein synthesis.2014

    • 著者名/発表者名
      Tomita K
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 15 号: 9 ページ: 15552-15570

    • DOI

      10.3390/ijms150915552

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerizaion by tRNA nucleotidyltransferase2014

    • 著者名/発表者名
      Yamashita S, Takeshita D, Tomita K
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 22 号: 2 ページ: 315-325

    • DOI

      10.1016/j.str.2013.12.002

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Qβ レプリケースによるRNA合成の分子基盤2014

    • 著者名/発表者名
      富田耕造、竹下大二郎
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 86 ページ: 391-395

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Methylation of 5′-phosphate of cytoplasmic tRNAHis in huma2016

    • 著者名/発表者名
      Tomita K.
    • 学会等名
      26th tRNA Conference
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2016-09-04
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Recognition of tRNAHis by tRNAHis specific methyltransferase, ThMTase2016

    • 著者名/発表者名
      Martinez A, Tomita K.
    • 学会等名
      26th tRNA Conference
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2016-09-04
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mechanism of 3′-matured tRNA discrimination from 3′-immature tRNA by class-II CCA-adding enzyme2016

    • 著者名/発表者名
      Yamashita S, Tomita K.
    • 学会等名
      26th tRNA Conference
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2016-09-04
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Regulation of Poly(U) Polymerase by Poly(ADP-ribose)2016

    • 著者名/発表者名
      Nagaike T, Tomita K.
    • 学会等名
      21st Annual meeting of the RNA Society
    • 発表場所
      Kyoto, Japan
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular Basis of A-addition by Aquifex aeolicus A-adding enzyme2015

    • 著者名/発表者名
      Seisuke Yamashita, Kozo Tomita
    • 学会等名
      10th International Symposium on Aminoacyl-tRNA Synthetases 2015AARS
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2015-10-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] U6 snRNA特異的TUTase (TUT1)によるU6 snRNA認識機構2015

    • 著者名/発表者名
      高木悠友子、山下征輔、富田 耕造
    • 学会等名
      第17回 日本RNA学会年会
    • 発表場所
      札幌 ホテルライフォート札幌
    • 年月日
      2015-07-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Aquifex aeolicus A付加酵素によるA付加反応の分子基盤2015

    • 著者名/発表者名
      山下征輔、富田 耕造
    • 学会等名
      第17回 日本RNA学会年会
    • 発表場所
      札幌 ホテルライフォート札幌
    • 年月日
      2015-07-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of template-independent CCA-addition2014

    • 著者名/発表者名
      Kozo Tomita
    • 学会等名
      JAJ RNA (Joint Australia and Japan RNA meeting)
    • 発表場所
      Sydney Technology Univ, Sydney, Australia
    • 年月日
      2014-11-02 – 2014-11-05
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Regulation of Poly (U) Polymerase by ADP-ribosylation2014

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nagaike &Kozo Tomita
    • 学会等名
      JAJ RNA (Joint Australia and Japan RNA meeting)
    • 発表場所
      Sydney Technology Univ, Sydney, Australia
    • 年月日
      2014-11-02 – 2014-11-05
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Molecular basis for CC-addition by Aquifex aeolicus CC-adding enzyme2014

    • 著者名/発表者名
      Seisuke Yamashita & Kozo Tomita
    • 学会等名
      25th tRNA Conference
    • 発表場所
      Olympia Riviera Resort,Kyllini Pelopponese, Greece
    • 年月日
      2014-09-21 – 2014-09-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of replication initiation of Qβ RNA by Qβ replicase2014

    • 著者名/発表者名
      Daijiro Takeshita & Kozo Tomita
    • 学会等名
      25th tRNA Conference
    • 発表場所
      Olympia Riviera Resort, Kyllini Pelopponese, Greece
    • 年月日
      2014-09-21 – 2014-09-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Aquifex aeolicus CC酵素によるCC付加反応の分子基盤2014

    • 著者名/発表者名
      山下征輔、富田 耕造
    • 学会等名
      第16回 日本RNA学会年会
    • 発表場所
      ウインク愛知、名古屋
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] QβレプリケースによるゲノムRNA複製開始の分子基盤2014

    • 著者名/発表者名
      竹下大二郎、富田 耕造
    • 学会等名
      第16回 日本RNA学会年会
    • 発表場所
      ウインク愛知、名古屋
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ADPリボシル化によるポリU付加酵素の制御機構2014

    • 著者名/発表者名
      永池崇、富田 耕造
    • 学会等名
      第16回 日本RNA学会年会
    • 発表場所
      ウインク愛知, 名古屋
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] CC付加酵素によるCC配列合成の動的反応分子基盤2014

    • 著者名/発表者名
      山下征輔、富田 耕造
    • 学会等名
      第14回 日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ワークピア横浜/横浜産貿易ホール, 横浜
    • 年月日
      2014-06-27 – 2014-06-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] ノンコーディングRNAーRNA分子の全体像を俯瞰する2016

    • 著者名/発表者名
      富田耕造、山下征輔
    • 総ページ数
      372
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] RNA合成酵素がRNAの長さを測る物差しとして機能

    • URL

      http://www.tomita-lab.net/20150423-2/

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2014-11-20   更新日: 2018-03-22  

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