抗原変異遺伝子群の進化メカニズムの解明

• 研究課題/領域番号: 26280105
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等) (2017); 京都大学 (2014-2016)
• 研究代表者: 五斗 進 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 教授 (40263149)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 15,210千円 (直接経費: 11,700千円、間接経費: 3,510千円); 2017年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円); 2016年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円); 2015年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円); 2014年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
• キーワード: 抗原変異 / 比較ゲノム / 遺伝子ファミリー / 進化 / 病原微生物 / バイオインフォマティクス

研究成果の概要

様々な感染症を引き起こす病原微生物が、ヒトをはじめとする宿主の免疫系から逃れるための仕組みの一つである抗原変異という現象に着目し、それが関与するタンパク質の進化メカニズムをゲノム情報から明らかにするためのデータベースを構築した。特にマラリア原虫に対する情報について関連遺伝子を網羅的に収集し、種間比較などができるようにした。また、それらの進化的な関係を解析するためのパイプラインを構築し、人類進化の解析や物質生産に関わる生合成経路の進化解析に応用した。

研究成果

• [雑誌論文] Type III polyketide synthases: functional classification and phylogenomics. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y., Ogata, H. and Goto, S.
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 18 号: 1 ページ: 50-65
  • DOI: 10.1002/cbic.201600522
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Discriminating the reaction types of plant type III polyketide synthases. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y., Ogata, H. and Goto, S.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 印刷中 号: 13 ページ: 1937-1943
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btx112
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Revealing phenotype-associated functional differences by genome-wide scan of ancient haplotype blocks. (2017)
  • 著者名/発表者名: Onuki, R., Yamaguchi, R., Shibuya, T., Kanehisa, M. and Goto, S.
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 印刷中
  • NAID: 120006309307
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [備考] varDB: Antigenic variation database
  • URL: http://www.vardb.org/
• [備考] varDB: Antigenic variation database（開発サイト）
  • URL: http://vardb.dbcls.jp/
• [備考] 抗原変異遺伝子ファミリーデータベース varDB
  • URL: http://www.vardb.org/
• [備考] 抗原変異データベース varDB
  • URL: http://www.vardb.org/