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脂肪細胞の分化転換における遺伝子ネットワークの網羅的解析技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 26280106
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関大阪大学

研究代表者

松田 秀雄  大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (50183950)

研究分担者 瀬尾 茂人  大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (30432462)
連携研究者 河田 照雄  京都大学, 大学院農学研究科, 教授 (10177701)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
14,170千円 (直接経費: 10,900千円、間接経費: 3,270千円)
2016年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2015年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2014年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワード遺伝子ネットワーク / 脂肪細胞 / ベイジアンネットワーク / 遺伝子発現解析 / バイオインフォマティクス / microRNA / 細胞分化 / 熱産生 / 褐色脂肪細胞 / 大規模データ解析
研究成果の概要

哺乳類において、寒冷刺激により脂肪細胞が褐色化し熱産生能を持つことが知られていたが、なぜ一部の脂肪細胞のみ褐色化するかは未解明であった。そこで、寒冷刺激下での脂肪組織について時系列遺伝子発現データを取得し、遺伝子ネットワークの解析を行った結果、ある種の炎症性サイトカインが脂肪細胞の褐色化を抑制していることを見出した。また、脂肪細胞の褐色化に関与する遺伝子の発現を制御するmicroRNAについてターゲット遺伝子の予測手法を開発した。さらに、脂肪細胞の褐色化での脂肪の分解に伴う細胞の縮小を定量化するため、脂肪組織画像の深層学習による細胞領域の抽出と面積の計測を行う手法を開発した。

報告書

(5件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2018 2017 2016 2014

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 5件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] A Phytol-Enriched Diet Activates PPAR-α in the Liver and Brown Adipose Tissue to Ameliorate Obesity-Induced Metabolic Abnormalities2018

    • 著者名/発表者名
      Ji-Yeong An 、Huei-Fen Jheng、Hiroyuki Nagai、Kohei Sanada、Haruya Takahashi、Mari Iwase、Natsumi Watanabe、Young-Il Kim、Aki Teraminami、Nobuyuki Takahashi、Rieko Nakata、Hiroyasu Inoue、Shigeto Seno、et.al
    • 雑誌名

      Molecular Nutrition & Food Research

      巻: - 号: 6 ページ: 1700688-1700688

    • DOI

      10.1002/mnfr.201700688

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The hepatokine FGF21 is crucial for peroxisome proliferator-activated receptor-α agonist-induced amelioration of metabolic disorders in obese mice2017

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Goto、Mariko Hirata、Yumeko Aoki、Mari Iwase、Haruya Takahashi、Minji Kim、Yongjia Li、Huei-Fen Jheng、Wataru Nomura、Nobuyuki Takahashi、Chu-Sook Kim、Rina Yu、Shigeto Seno、et.al
    • 雑誌名

      The Journal of Biological Chemistry

      巻: 292 号: 22 ページ: 9175-9190

    • DOI

      10.1074/jbc.m116.767590

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Proinflammatory cytokine interleukin-1β suppresses cold-induced thermogenesis in adipocytes2016

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Goto, Supaporn Naknukool, Rieko Yoshitake, Yuki Hanafusa, Soshi Tokiwa, Yongjia Li, Tomoya Sakamoto, Takahiro Nitta, Minji Kim, Nobuyuki Takahashi, Rina Yu, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Teruo Kawada
    • 雑誌名

      Cytokine

      巻: 77 ページ: 107-114

    • DOI

      10.1016/j.cyto.2015.11.001

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detecting shifts in gene regulatory networks during time-course experiments at single-time-point temporal resolution2016

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      J. Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 13 号: 05 ページ: 1543002-1543020

    • DOI

      10.1142/s0219720015430027

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Metagenome fragment classification based on multiple motif-occurrence profiles2014

    • 著者名/発表者名
      Naoki Matsushita, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      PeerJ

      巻: 2: e559 ページ: 1-13

    • DOI

      10.7717/peerj.559

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 畳み込みニューラルネットワークを用いた脂肪細胞セグメンテーションにおける分割精度改善手法の提案2017

    • 著者名/発表者名
      薮崎隼人, 瀬尾茂人, 竹中要一, 後藤剛, 河田照雄, 松田秀雄
    • 学会等名
      情報処理学会 第112回数理モデル化と問題解決研究発表会
    • 発表場所
      清温荘 (岩手県)
    • 年月日
      2017-02-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Clustering of cells for single cell analysis using latent Dirichlet allocation2017

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhiro Eto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2017)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 一細胞解析のための潜在的ディリクレ配分法を用いた遺伝子群の機能予測手法2017

    • 著者名/発表者名
      江藤充宏, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 学会等名
      NGS現場の会 第五回研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 1細胞RNA-seqの特性を考慮した遺伝子発現差解析手法の検討2017

    • 著者名/発表者名
      大里直樹, 繁田浩功, 瀬尾茂人, 松田秀雄
    • 学会等名
      NGS現場の会 第五回研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] An accurate estimation method for expression profiles of novel transcripts from RNA-Seq data2016

    • 著者名/発表者名
      F. Iwasaki, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2016)
    • 発表場所
      Swan and Dolphin Hotel, Orlando, USA
    • 年月日
      2016-07-08
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A method for reducing false positives of target genes of microRNAs by combining two prediction tools2016

    • 著者名/発表者名
      H. Matsuda, J. Tsuda, S. Seno, Y. Takenaka
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2016)
    • 発表場所
      Swan and Dolphin Hotel, Orlando, USA
    • 年月日
      2016-07-08
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamic analysis of gene regulations using leaving-one-out expression profile2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Takenaka, S. Seno, H. Matsuda
    • 学会等名
      International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2016)
    • 発表場所
      UCLA, Los Angeles, USA
    • 年月日
      2016-04-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bayesian network inference from gene expression profiles with a small number of samples2016

    • 著者名/発表者名
      K. Saito, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2016)
    • 発表場所
      UCLA, Los Angeles, USA
    • 年月日
      2016-04-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 小サンプル数データに対するベイジアンネットワークのスコアベース構造学習改善手法2016

    • 著者名/発表者名
      齋藤和正, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 学会等名
      情報処理学会第45回バイオ情報学研究発表会
    • 発表場所
      北陸先端科学技術大学院大学(石川県)
    • 年月日
      2016-03-18
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム情報からのビッグデータの解析2014

    • 著者名/発表者名
      松田秀雄
    • 学会等名
      情報処理学会 組込みシステムシンポジウム
    • 発表場所
      国立オリンピック記念青少年センター(東京都)
    • 年月日
      2014-10-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 脂肪細胞の遺伝子解析:白色脂肪細胞の寒冷刺激による褐色化の機構解明2014

    • 著者名/発表者名
      松田秀雄
    • 学会等名
      第3回生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      仙台国際センター(宮城県)
    • 年月日
      2014-10-04
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ライフサイエンスにおけるビッグデータの解析2014

    • 著者名/発表者名
      松田秀雄
    • 学会等名
      グリッド協議会神戸セミナー
    • 発表場所
      理化学研究所 計算科学研究機構(兵庫県)
    • 年月日
      2014-09-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ベイジアンネットワークによる遺伝子制御ネットワーク推定結果の反復構築のための計算速度向上手法2014

    • 著者名/発表者名
      津田絢子, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 学会等名
      情報処理学会 第38回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      沖縄科学技術大学院大学(沖縄県)
    • 年月日
      2014-06-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2019-03-29  

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