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ゲノム網羅的な発現遺伝子を指標にしたブナ林の環境影響評価

研究課題

研究課題/領域番号 26281030
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 環境影響評価
研究機関北海道大学

研究代表者

齋藤 秀之  北海道大学, 農学研究院, 講師 (70312395)

研究分担者 瀬々 潤  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 研究チーム長 (40361539)
小倉 淳  長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授 (60465929)
山口 高志  地方独立行政法人北海道立総合研究機構, 環境科学研究センター, 研究員 (90462316)
研究協力者 野口 泉  
齋藤 央嗣  
谷脇 徹  
家合 浩明  
村中 康秀  
須田 降一  
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
12,740千円 (直接経費: 9,800千円、間接経費: 2,940千円)
2016年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2015年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2014年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
キーワード環境影響評価 / ブナ林 / ゲノム / 遺伝子発現 / ゲノミクス / トランスクリプトーム / 環境ゲノミクス / ブナ
研究成果の概要

森林生態系管理では複合的ストレス環境下で生育する樹木の環境影響を正しく評価する必要がある。本課題はブナ林を対象に、葉の遺伝子発現プロファイルに基づく環境影響評価に関する手法の開発を行った。ゲノム網羅的な発現遺伝子解析から樹勢の衰退と環境影響(酸化・高温・乾燥)を指標する遺伝子を選抜して主成分分析により指数化した。衰退指標は酸化影響と乾燥影響との間に有意な正の関係を示した。酸化影響は調査地のオゾン濃度と正の相関を示した。遺伝子ネットワーク解析はオゾンが遺伝子の機能不全をともなう成長低下の原因であることを示した。以上から、遺伝子発現解析はブナ林の環境影響評価を行う有望な手法であると考えられた。

報告書

(4件)
  • 2017 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2017 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (4件) (うち謝辞記載あり 4件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (13件) (うち招待講演 4件)

  • [雑誌論文] 細胞分裂から見たブナ花成の制御時期2017

    • 著者名/発表者名
      和田尚之・斎藤秀之・小林壱德久・星野洋一郎
    • 雑誌名

      北方森林研究

      巻: 65 ページ: 39-42

    • NAID

      130008094420

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] エピジェネティクスからみた林木の花成制御-ブナの研究事例から-2016

    • 著者名/発表者名
      和田尚之・斎藤秀之
    • 雑誌名

      北海道の林木育種

      巻: 59 ページ: 19-22

    • NAID

      40021153984

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 林木のゲノミクス解析による環境影響評価法(1)コンセプト2015

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之
    • 雑誌名

      北海道の林木育種

      巻: 58 ページ: 20-23

    • NAID

      40020748687

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 機能ゲノミクスによる林木育種研究の新展開~着花制御の技術開発にむけて~2014

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之
    • 雑誌名

      北海道の林木育種

      巻: 57 ページ: 12-17

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [学会発表] 遺伝子ネットワーク解析によるブナ衰退現象の因果推論2017

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之・小林壱德久・和田尚之・小倉淳・瀬々潤
    • 学会等名
      日本森林学会
    • 発表場所
      鹿児島大学(鹿児島市)
    • 年月日
      2017-03-26
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ブナ花成のエピジェネティック制御 ―DNAメチル化の決定時期と養分の影響―2017

    • 著者名/発表者名
      和田尚之・斎藤秀之・小林壱德久・星野洋一郎
    • 学会等名
      日本森林学会
    • 発表場所
      鹿児島大学(鹿児島市)
    • 年月日
      2017-03-26
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Field Data Transmission System, SESAME-II, by Universal Mobile Telecommunication Network2016

    • 著者名/発表者名
      Yukihisa Shigenaga, YoheiHamada, Hideyuki Saito, Mitsuru Osaki, Hidenori Takahashi, Wisnu Kenkana, Rony Teguh, Adi Jaya, and Bambang Setiadi
    • 学会等名
      The 15th International Peat Congress (IPC)
    • 発表場所
      Pullman Kuching Malaysia (Kuching Sarawak, Malaysia)
    • 年月日
      2016-08-15
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムを基盤にした森林樹木の生理生態学2016

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之
    • 学会等名
      第127回日本森林学会大会
    • 発表場所
      日本大学(神奈川県藤沢市)
    • 年月日
      2016-03-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ブナ花成のエピジェネティック制御-開葉時の養分とDNAメチル化の関係-2016

    • 著者名/発表者名
      和田尚之・斎藤秀之・渋谷正人・小池孝良
    • 学会等名
      第127回日本森林学会大会
    • 発表場所
      日本大学(神奈川県藤沢市)
    • 年月日
      2016-03-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム網羅的な発現遺伝子を用いたブナ林の環境影響評価-トランスクリプトーム解析とプロテオーム解析による衰退指標の探索-2016

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之・神村章子・小林壱徳久・高須賀太一・堀千明・杉村逸郎・和田尚之・山田宰靖・瀬々 潤・小倉淳・清水健太郎・齋藤央嗣・谷脇徹・相原敬次
    • 学会等名
      山地森林域の生物・環境モニタリング第10回ワークショップ
    • 発表場所
      新潟市万代市民文化会館(新潟県新潟市)
    • 年月日
      2016-03-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RNA-seqに基づくブナ衰退木の葉の発現変動遺伝子解析2016

    • 著者名/発表者名
      小林壱德久・斎藤秀之・齋藤央嗣・谷脇徹・相原敬次・小倉淳・瀬々潤・渋谷正人・小池孝良
    • 学会等名
      北方森林学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター (札幌市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 発現遺伝子のオミックス解析によるブナ成木の衰退度の評価法~トランスクリプトーム VS.プロテオーム~2016

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之・高須賀太一・堀千明・神村章子・小林壱徳久・和田尚之・齋藤央嗣・谷脇徹・相原敬次・小倉淳・瀬々潤
    • 学会等名
      北方森林学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター (札幌市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 酸性および酸化性ストレスがブナの葉の遺伝子発現パターンに与える影響2015

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之・神村章子・瀬々 潤・小倉淳
    • 学会等名
      日本森林学会
    • 発表場所
      北海道大学農学部(札幌市)
    • 年月日
      2015-03-27 – 2015-03-30
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム網羅的な発現遺伝子を用いたブナ林の環境影響評価法-丹沢ブナ林の事例-2015

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之・神村章子・山田宰靖・瀬々 潤・小倉淳・清水(稲継)理恵・清水健太郎・齋藤央嗣・谷脇徹
    • 学会等名
      山地森林域の生物・環境モニタリング第9回ワークショップ
    • 発表場所
      神奈川大学KUポートスクエア(横浜市)
    • 年月日
      2015-03-10 – 2015-03-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子の発現解析は林木のストレス診断に有効か?-ブナ林の事例から-2014

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之・瀬々 潤・小倉淳・ 齋藤央嗣・谷脇徹・中村佐知子・村中康秀・山口高志・野口泉
    • 学会等名
      北方森林学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-11-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 携帯電話通信網を利用したSESAME-Xによる湿地水文環境のリモート・リアルタイム観測2014

    • 著者名/発表者名
      繁永幸久・高橋英紀・斎藤秀之・大崎満・Bambang Setiadi
    • 学会等名
      日本湿地学会
    • 発表場所
      北海道大学農学部(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 機能ゲノミクスによる林木育種研究の新展開~着花制御の技術開発にむけて~2014

    • 著者名/発表者名
      斎藤秀之
    • 学会等名
      北海道林木育種協会講演会
    • 発表場所
      北海道大学学術交流会館(札幌市)
    • 年月日
      2014-06-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2019-03-29  

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