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ナイロン加水分解酵素の分子設計と産業応用への基盤研究

研究課題

研究課題/領域番号 26289317
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

根来 誠司  兵庫県立大学, 工学研究科, 教授 (90156159)

研究分担者 武尾 正弘  兵庫県立大学, 工学研究科, 教授 (40236443)
加藤 太一郎  鹿児島大学, 理工学域理学系, 助教 (60423901)
研究協力者 樋口 芳樹  
柴田 直樹  
重田 育照  
後藤 祐児  
永井 圭介  
竹原 一起  
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
15,990千円 (直接経費: 12,300千円、間接経費: 3,690千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2016年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2015年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2014年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワードナイロン分解酵素 / アミド合成 / タンパク質工学 / ナイロン / 耐熱性酵素 / 有機溶媒耐性 / 二次構造予測 / エチレングリコール / NylC / 分子設計 / 代謝工学 / 再資源化 / 酵素耐熱化 / 生分解性プラスチック / バイオコンバージョン / タンパク質安定化 / 分子動力学 / 耐熱化機構 / サブユニット間相互作用 / 酵素反応 / バイオテクノロジー / 廃棄物再資源化 / 加水分解酵素 / 熱安定性 / サブユニット / 立体構造 / X線結晶構造解析 / 耐熱化 / 生分解
研究成果の概要

6ナイロンはεカプロラクタムの開環重合により合成されるが、副産物として合成が途中で停止した6-アミノヘキサン酸オリゴマーを生じる。同基質に作用する酵素として、NylA(環状2量体分解酵素)、NylB(直鎖状2量体分解酵素)、NylC(エンド型オリゴマー分解酵素)を見いだしている。NylBは、Ahx直鎖状2量体のみならず、5~10量体の直鎖状オリゴマーをエキソ型様式で分解する酵素である。本研究では、NylBの構造進化・触媒機構を解析するとともに、加水分解の逆反応によるアミド合成において、酵素反応の方向性とアミド合成収率に影響を与える変異効果について、酵素の内部平衡の観点から検討を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

加水分解酵素の逆反応によるアミド・エステル合成では、合成収率は基本的には、化学平衡で決定される。NylBでは、水分含量の高い条件、90% t-ブタノール / 10%水系で、高収率でアミド合成反応を触媒する。同条件では、有機溶媒と水が溶解した1相系であり、基質・生成物とも溶解しているが、アミド合成の収率は80%以上に達する。これに対し、高い加水分解機能を有するにもかかわらず、合成反応が殆ど進行しない変異体を取得した(1%以下)。さらに、両変異体では、アミド合成・分解の触媒機能に大きな差異がある。このように、触媒中心近傍の構造と反応方向性を変化させることが可能であるという結果を得ることができた。

報告書

(6件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2018 2017 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 2件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 4件) 学会発表 (33件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Stability and subunit assembly of nylon hydrolase: structural basis of correct subunit assembly, aggregation, and intracellular degradation of the precursor protein2018

    • 著者名/発表者名
      Seiji Negoro, Naoki Shibata, Young-Ho Lee, Ikki Takehara, Ryo Kinugasa, Keisuke Nagai, Yusuke Tanaka, Dai-ichiro Kato, Masahiro Takeo, Yuji Goto and Yoshiki Higuchi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 号: 1 ページ: 9725-9725

    • DOI

      10.1038/s41598-018-27860-w

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of the 3-methyl-4-nitrophenol degradation pathway and genes of Pseudomonas sp. strain TSN1.2018

    • 著者名/発表者名
      Takeo M, Yamamoto K, Sonoyama M, Miyanaga K, Kanbara N, Honda K, Kato DI, Negoro S.
    • 雑誌名

      J Biosci Bioeng

      巻: 126 号: 3 ページ: 355-362

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2018.04.001

    • NAID

      40021667183

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biosynthetic Pathway and Genes of Chitin/Chitosan-Like Bioflocculant in the Genus Citrobacter.2018

    • 著者名/発表者名
      Takeo M, Kimura K, Mayilraj S, Inoue T, Tada S, Miyamoto K, Kashiwa M, Ikemoto K, Baranwal P, Kato D, Negoro S.
    • 雑誌名

      Polymers (Basel).

      巻: 10 号: 3 ページ: 237-237

    • DOI

      10.3390/polym10030237

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Metabolic pathway of 6-aminohexanoate in the nylon oligomer-degrading bacterium Arthrobacter sp. KI72: identification of the enzymes responsible for the conversion of 6-aminohexanoate to adipate2018

    • 著者名/発表者名
      Takehara I, Fujii T, Tanimoto Y, Kato DI, Takeo M, Negoro S
    • 雑誌名

      Appl Microbiol Biotechnol

      巻: 102 号: 2 ページ: 801-814

    • DOI

      10.1007/s00253-017-8657-y

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Draft genome sequence of the nylon oligomer-degrading bacterium Arthrobacter sp. strain KI722017

    • 著者名/発表者名
      Takehara I, Kato D, Takeo M, Negoro S
    • 雑誌名

      Genome A

      巻: 217 号: 17 ページ: 17-17

    • DOI

      10.1128/genomea.00217-17

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Biosynthesis-inspired deracemizative production of d-luciferin by combining luciferase and thioesterase2017

    • 著者名/発表者名
      Maeda J, Kato DI, Okuda M, Takeo M, Negoro S, Arima K, Ito Y, Niwa K
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta

      巻: 1861 ページ: 2112-2118

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutations affecting the internal equilibrium of the reaction catalyzed by 6-aminohexanoate-dimer hydrolase2016

    • 著者名/発表者名
      Negoro S, Kawashima Y, Shibata N, Kobayashi T, Baba T, Lee YH, Kamiya K, Shigeta Y, Nagai K, Takehara I, Kato D, Takeo M, Higuchi Y
    • 雑誌名

      FEBS Lett

      巻: 590 号: 18 ページ: 3133-3143

    • DOI

      10.1002/1873-3468.12354

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Unraveling the degradation of artificial amide bonds in Nylon oligomer hydrolase: From induced-fit to acylation processes2015

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Baba, Mauro Boero, Katsumasa Kamiya, Hiroyuki Ando, Seiji Negoro, Masayoshi Nakano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      巻: 17 号: 6 ページ: 4492-4504

    • DOI

      10.1039/c4cp04419c

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書 2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Nylon-Oligomer Hydrolase Promoting Cleavage Reactions in Unnatural Amide Compounds2014

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Takeshi Baba, Mauro Boero, Toru Matsui, Seiji Negoro, and Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 5 号: 7 ページ: 1210-1216

    • DOI

      10.1021/jz500323y

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enzymatic hydrolysis of nylons: quantification of the reaction rate of nylon hydrolase for thin-layered nylons2014

    • 著者名/発表者名
      K. Nagai, K. Iida, K. Shimizu, R. Kinugasa, M. Izumi, D. Kato, M. Takeo, K. Mochiji, S. Negoro
    • 雑誌名

      Appl. Microbiol. Biotechnol.

      巻: 98 号: 20 ページ: 8751-8761

    • DOI

      10.1007/s00253-014-5885-2

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 高分子ナイロンを加水分解する酵素(NylC)の発見2014

    • 著者名/発表者名
      加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 92 ページ: 415-419

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 酵素の潜在能力を引き出す設計・戦略2014

    • 著者名/発表者名
      加藤太一郎, 根来誠司
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 92 ページ: 410-410

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Protein stability and subunit assembly of nylon hydrolase; structural basis discriminating correct subunit assembly, aggregation, and intracellular degradation of precursor protein2018

    • 著者名/発表者名
      S. Negoro
    • 学会等名
      World Congress on Applied Microbiology 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Enzymes responsible for the degradation of nylons and related compounds2018

    • 著者名/発表者名
      S. Negoro
    • 学会等名
      Petrochemistry and Natural Resources 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー分解菌Arthrobacter の2 種類の6-アミノヘキサン酸アミノトランスフェラーゼ NylD1・NylD2 の機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      藤井 翼, 竹原 一起, 橋本 悠, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ノニルフェノール酸化酵素遺伝子を用いたビスフェノールS の完全無機化の取り組み2018

    • 著者名/発表者名
      武尾 正弘, 近成 直斗, 栗岡 純平, 猪野 椋太, 根来 誠司
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子破壊によるCitrobacter 属細菌のキトサン様バイオ凝集剤高生産株の育種2018

    • 著者名/発表者名
      金尾 圭太, 柏 雅美, 木村 和幸, 宮本 弘毅,山口 翔太, バランワル プリヤンカ, 根来 誠司, 武尾 正弘
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] エチレングリコール中におけるナイロン加水分解酵素の構造と酵素活性に対する変異効果2018

    • 著者名/発表者名
      生越大輔、綛野太貴、岡崎秀明、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      第80回酵素工学研究会講演会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 6-アミノヘキサン酸アミノトランスフェラーゼの速度論解析と類縁酵素の立体構造を基盤とした触媒機構モデル2018

    • 著者名/発表者名
      藤井 翼、赤木 心、岸本彰伍、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      第80回酵素工学研究会講演会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Arthrobacter sp.KI72におけるナイロンモノマー代謝に関する遺伝子クローニングと代謝経路の同定2018

    • 著者名/発表者名
      藤井 翼、竹原 一起、橋本 悠、加藤 太一郎、武尾 正弘、根来 誠司
    • 学会等名
      2018年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] エチレングリコール中におけるナイロン加水分解酵素の構造と機能相関2018

    • 著者名/発表者名
      岡崎 秀明、生越 大輔、戸田 光、麦田 悠紀、竹原 一起、武尾 正弘、根来 誠司
    • 学会等名
      2018年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] エチレングリコール中におけるナイロン加水分解酵素の構造と機能相関2017

    • 著者名/発表者名
      生越 大輔, 岡崎 秀明, 伊東 雅人, 竹原 一起, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • 学会等名
      第69回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ナイロン加水分解酵素の構造安定化機構の解析2017

    • 著者名/発表者名
      岡崎 秀明, 生越 大輔, 伊東 雅人, 戸田 光, 竹原 一起, 武尾 正弘, 重田 育照, 根来 誠司
    • 学会等名
      第69回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] rthrobacter sp. KI72 におけるナイロンモノマー代謝系の同定と酵素の特徴2017

    • 著者名/発表者名
      竹原 一起, 藤井 翼, 加藤 太一郎, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • 学会等名
      第69回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 有機溶媒中におけるナイロン加水分解酵素の構造と機能相関2017

    • 著者名/発表者名
      生越大輔、岡崎秀明、伊東雅人、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      2017年酵素・補酵素研究会講演会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Arthrobacter sp.KI72 におけるナイロンモノマー代謝系の同定と酵素の特徴2017

    • 著者名/発表者名
      藤井 翼、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      2017年酵素・補酵素研究会講演会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学計算を用いたナイロン加水分解酵素の熱安定化機構解析2016

    • 著者名/発表者名
      大塚裕斗、伊東雅人、衣笠 凌、羽田圭吾、竹原一起、馬場剛史、重田育照、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      酵素工学研究会第76回講演会
    • 発表場所
      東京大学 (東京都)
    • 年月日
      2016-10-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ナイロンの酵素的モノマー化手法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      生越大輔、岡崎秀明、伊東雅人、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      酵素工学研究会第76回講演会
    • 発表場所
      東京大学 (東京都)
    • 年月日
      2016-10-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Arthrobacter sp. KI72 におけるナイロンモノマー代謝系の同定と酵素の特徴2016

    • 著者名/発表者名
      藤井 翼、竹原一起、谷本悠樹、加藤太一郎、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      酵素工学研究会第76回講演会
    • 発表場所
      東京大学 (東京都)
    • 年月日
      2016-10-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ナイロン加水分解酵素のサブユニット会合と熱安定化機構の解析2016

    • 著者名/発表者名
      伊東雅人、 衣笠 凌、羽田圭吾、大塚裕人、竹原一起、重田育照、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      第68回 日本生物工学会 大会
    • 発表場所
      富山国際会議場 (富山県)
    • 年月日
      2016-09-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 有機溶媒中でのナイロンの酵素分解2016

    • 著者名/発表者名
      岡崎秀明、伊東雅人、生越大輔、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      第68回 日本生物工学会 大会
    • 発表場所
      富山国際会議場 (富山県)
    • 年月日
      2016-09-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー分解菌Arthrobacter sp. KI72における6-アミノヘキサン酸代謝系の同定2016

    • 著者名/発表者名
      竹原一起、藤井翼、加藤太一郎、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      第68回 日本生物工学会 大会
    • 発表場所
      富山国際会議場 (富山県)
    • 年月日
      2016-09-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ナイロン加水分解酵素のサブユニット界面でのアミノ酸置換と熱安定化効果2015

    • 著者名/発表者名
      衣笠 凌, 羽田 圭吾, 谷本 悠樹, 竹原 一起, 柴田 直樹, 加藤 太一郎, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • 学会等名
      第67回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      城山観光ホテル(鹿児島市)
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 酵素的モノマー化を考慮したナイロンの探索(1):6 ナイロンの分子量と分子量分布の効果2015

    • 著者名/発表者名
      清水 公晶, 岡崎 秀明, 飯田 一希, 永井 圭介,中山 敦好, 川崎 典起, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • 学会等名
      第67回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      城山観光ホテル(鹿児島市)
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 酵素的モノマー化を考慮したナイロンポリマーの探索(2):4 ナイロンの分解性2015

    • 著者名/発表者名
      伊東 雅人, 清水 公晶, 中山 敦好, 川崎 典起,加藤 太一郎, 竹原 一起, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • 学会等名
      第67回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      城山観光ホテル(鹿児島市)
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ナイロン加水分解酵素のサブユニット間相互作用と熱安定性との関係2015

    • 著者名/発表者名
      衣笠 凌、羽田圭吾、谷本悠樹、竹原一起、柴田直樹、武尾正弘、根来誠司
    • 学会等名
      酵素工学研究会 第74回講演会
    • 発表場所
      東京大学 山上会館 (東京都)
    • 年月日
      2015-10-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 酵素的モノマー化を考慮したナイロンの開発2015

    • 著者名/発表者名
      伊東雅人, 清水公明,中山敦好, 川崎典起, 竹原一起,武尾正弘,根来誠司
    • 学会等名
      酵素工学研究会 第74回講演会
    • 発表場所
      東京大学 山上会館 (東京都)
    • 年月日
      2015-10-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ナイロン分解酵素の分子設計とモノマー化を考慮したポリマー開発2015

    • 著者名/発表者名
      根来誠司
    • 学会等名
      第54回関西バイオポリマー研究会講演会
    • 発表場所
      京都工芸繊維大学(京都府・京都市)
    • 年月日
      2015-02-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 合成高分子ナイロンを分解する酵素の発見と作用機構の解明2014

    • 著者名/発表者名
      根来誠司
    • 学会等名
      ライブ・オン・バイオテクノロジー
    • 発表場所
      崇城大学(熊本県・熊本市)
    • 年月日
      2014-11-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナイロン加水分解酵素NylCのサブユニット間相互作用と耐熱性との関係2014

    • 著者名/発表者名
      衣笠 凌, 永井圭介, 柴田直樹, 樋口芳樹, 李 映昊, 後藤祐児, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ナイロン薄膜を用いた酵素分解評価系の構築2014

    • 著者名/発表者名
      清水公晶, 永井圭介, 飯田一希, 衣笠 凌, 伊藤雅人, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 化学・生物発光特性から考察するホタルルシフェラーゼによるアミノルシフェリンの認識方法2014

    • 著者名/発表者名
      加藤太一郎, 白川大暉, 前中美華, 丹羽一樹, 武尾正弘, 根来誠司
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] L-ルシフェリンを用いたホタル発光システム2014

    • 著者名/発表者名
      加藤太一郎, 奥田真利, 丹羽一樹, 武尾正弘, 根来誠司
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] キトサン様バイオ凝集剤生産菌 Citrobacter freundii IFO13545 株のアミノ糖合成経路遺伝子の強化による凝集活性の改善2014

    • 著者名/発表者名
      柏 雅美, 木村和幸, 井上卓弥, 宮本弘毅, 長山尚輝, 加藤太一郎, 根来誠司, 武尾正弘
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 携帯型自動ELISA分析機の開発と内分泌撹乱物質・ノニルフェノールの測定2014

    • 著者名/発表者名
      武尾正弘, 早草奈希, 仁井翔一, 加藤太一郎, 根来誠司, 遊佐真一, 内海裕一, 才木常正
    • 学会等名
      第66回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2020-03-30  

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