mRNA前駆体の組織特異的転写後プロセシングの制御機構の解明

• 研究課題/領域番号: 26291003
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 分子生物学
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 黒柳 秀人 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (30323702)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 16,640千円 (直接経費: 12,800千円、間接経費: 3,840千円); 2016年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2015年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2014年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
• キーワード: 遺伝子発現 / 新生RNA / 線虫 / 組織特異性 / 転写後プロセシング / mRNA / ChIP-seq / 代謝標識 / RNAseq / mRNA前駆体

研究成果の概要

転写とスプライシングの両方を制御する新奇因子LST-3が発現遺伝子のプロモーター領域に結合することを明らかにし、共沈するタンパク質を多数同定して、スプライシング制御機構を明らかにした。線虫のトロポミオシンをコードするlev-11遺伝子の組織特異的選択的スプライシングパターンを明らかにした。線虫における選択的スプライシング制御機構についての総説を発表した。TU-tagging法による線虫での組織特異的新生RNA標識法の課題を明らかにした。

研究成果

• [国際共同研究] Emory University(米国)
• [国際共同研究] University of California, Los Angeles/Emory University(米国)
• [雑誌論文] Tropomyosin isoforms differentially affect muscle contractility in the head and body regions of the nematode Caenorhabditis elegans (2018)
  • 著者名/発表者名: Barnes Dawn E.、Watabe Eichi、Ono Kanako、Kwak Euiyoung、Kuroyanagi Hidehito、Ono Shoichiro
  • 雑誌名: Molecular Biology of the Cell 巻: 29 号: 9 ページ: 1075-1088
  • DOI: 10.1091/mbc.e17-03-0152
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] An emerging model organism Caenorhabditis elegans for alternative pre-mRNA processing in vivo (2017)
  • 著者名/発表者名: Shotaro Wani & Hidehito Kuroyanagi
  • 雑誌名: Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA 巻: 印刷中 号: 6
  • DOI: 10.1002/wrna.1428
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Splicing factors control C. elegans behavioural learning in a single neuron by producing DAF-2c receptor. (2016)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Tomioka, Yasuki Naito, Hidehito KUROYANAGI, and Yuichi Iino.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: - 号: 1 ページ: 11645-11645
  • DOI: 10.1038/ncomms11645
  • NAID: 120006348540
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Evolutionarily conserved autoregulation of alternative pre-mRNA splicing by ribosomal protein L10a. (2016)
  • 著者名/発表者名: Satomi Takei, Marina Togo-Ohno, Yutaka Suzuki and Hidehito Kuroyanagi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: - 号: 12 ページ: 5585-5596
  • DOI: 10.1093/nar/gkw152
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] RBFOX and SUP-12 sandwich a guanine base to form a stable complex and regulate tissue-specific splicing. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kuwasako K, Takahashi M, Unzai S, Tsuda K, Yoshikawa S, He F, Kobayashi N, Guntert P, Shirouzu M, Ito T, Tanaka A, Yokoyama S, Hagiwara M, Kuroyanagi H, and Muto Y.
  • 雑誌名: Nat. Struct. Mol. Biol. 巻: 21(9) 号: 9 ページ: 778-86
  • DOI: 10.1038/nsmb.2870
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 組織特異的にスプライシング反応を制御するRBFOXファミリーRNA結合タンパク質およびSUP-12によるRNAの協働的な認識の機構. (2014)
  • 著者名/発表者名: 桑迫香奈子、高橋真梨、黒柳秀人、武藤 裕.
  • 雑誌名: ライフサイエンス 新着論文レビュー 巻: archives ページ: 9218-9218
• [学会発表] Genome-Wide Kinetic Analysis of Pre-mRNA Processing in Living Animals (2018)
  • 著者名/発表者名: 渡部栄地
  • 学会等名: 東京地区線虫勉強会
• [学会発表] C. elegans代謝関連遺伝子のスプライシング制御における食餌の影響 (2018)
  • 著者名/発表者名: 和仁翔太郎
  • 学会等名: 東京地区線虫勉強会
• [学会発表] 個体レベルで行うmRNA前駆体プロセシングの動態の解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 渡部栄地、黒柳秀人
  • 学会等名: 第19回日本RNA学会年会
• [学会発表] C. elegans代謝関連遺伝子のスプライシング制御における食餌の影響 (2017)
  • 著者名/発表者名: 和仁翔太郎、黒柳秀人
  • 学会等名: 第19回日本RNA学会年会
• [学会発表] Genome-wide kinetic analysis of pre-mRNA processing in living animals (2017)
  • 著者名/発表者名: Eichi Watabe, Hidehito Kuroyanagi
  • 学会等名: CSHL Meeting on 40 YEARS OF mRNA SPLICING: FROM DISCOVERY TO THERAPEUTICS
• [学会発表] 個体レベルで行う mRNA前駆体プロセシングの動態の解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 渡部栄地、黒柳秀人
  • 学会等名: ConBio2017（2017年度生命科学系学会合同年次大会）
• [学会発表] 生体内mRNA前駆体プロセシングの動態の解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 渡部栄地
  • 学会等名: 東京地区線虫勉強会
  • 発表場所: 東京大学
• [学会発表] Spatial and temporal analysis of nascent pre-mRNAs in living animals. (2016)
  • 著者名/発表者名: Eichi Watabe and Hidehito Kuroyanagi
  • 学会等名: RNA 2016: The 21st Annual Meeting of the RNA Society（第18回日本RNA学会年会共催）
  • 発表場所: 国立京都国際会館
  • 年月日: 2016-06-28
  • 国際学会
• [学会発表] 個体レベルで行う組織特異的転写後プロセシングの空間的・時間的動態の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 渡部栄地、黒柳秀人
  • 学会等名: 冬の若手ワークショップ201６＠山中湖
  • 発表場所: 山梨県南都留郡山中湖村
  • 年月日: 2016-02-04
• [学会発表] "Non-Coding mRNAs" from Protein-Coding Genes through Alternative Pre-mRNA Splicing. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hidehito Kuroyanagi
  • 学会等名: 19th Tokyo RNA Club
  • 発表場所: 東京大学
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] mRNA前駆体の転写とスプライシングを自己制御する因子の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 黒柳秀人
  • 学会等名: 東京地区線虫勉強会
  • 発表場所: 東京大学浅野キャンパス
  • 年月日: 2015-11-07
• [学会発表] RBFOX and SUP-12 cooperatively regulate muscle-specific alternative splicing to determine ligand-binding specificity of FGF receptors in C. elegans (2014)
  • 著者名/発表者名: Hidehito Kuroyanagi
  • 学会等名: 理研シンポジウム「Noncoding RNA Regulation」
  • 発表場所: 理化学研究所 和光キャンパス 鈴木梅太郎ホール
  • 年月日: 2014-10-01
  • 招待講演
• [学会発表] 選択的スプライシング制御因子ASD-1とSUP-12による協働的なRNA 認識の構造基盤 (2014)
  • 著者名/発表者名: 桑迫香奈子，高橋真梨，雲財悟，津田健吾，吉川征子，何発虎，小林直弘，Peter Güntert，白水美香子，伊藤拓宏，田仲昭子，横山茂之，萩原正敏，黒柳秀人，武藤裕.
  • 学会等名: 第16回日本RNA 学会年会
  • 発表場所: ウィンクあいち
  • 年月日: 2014-07-23 – 2014-07-25
• [学会発表] Cooperative regulation of tissue-specific alternative splicing by multiple splicing factors determines ligand-binding specificity of FGF receptors. (2014)
  • 著者名/発表者名: Hidehito Kuroyanagi.
  • 学会等名: The 9th International Symposium of the Institute Network
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2014-06-19 – 2014-06-20
  • 招待講演
• [図書] 遺伝子発現制御機構 (2017)
  • 著者名/発表者名: 田村隆明、浦聖惠（編）
  • 総ページ数: 264
  • 出版者: 東京化学同人
  • ISBN: 9784807909179
• [図書] 基礎分子生物学II:遺伝子発現制御機構ークロマチン，転写制御，エピジェネティクスー(仮称) (2017)
  • 著者名/発表者名: 田村隆明・浦聖恵（編） 黒柳秀人を含むのべ38名（著）
  • 出版者: 東京化学同人
• [備考] 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 フロンティア研究室 遺伝子発現制御学
  • URL: http://www.tmd.ac.jp/end/
• [備考] 新学術領域研究「ノンコーディングRNAネオタクソノミ」研究成果紹介
  • URL: https://ncrna.jp/blog/item/370-rouge
• [備考] みらいぶプラス
  • URL: https://www.milive-plus.net/newleader/049/
• [備考] 東京医科歯科大学難治疾患研究所遺伝子発現制御学 研究成果の紹介
  • URL: http://www.tmd.ac.jp/end/research/
• [備考] UTokyo Research
  • URL: http://www.u-tokyo.ac.jp/ja/utokyo-research/research-news/production-of-a-molecule-for-memory-of-salt-concentration.html
• [備考] 東京医科歯科大学難治疾患研究所フロンティア研究室遺伝子発現制御学
  • URL: http://www.tmd.ac.jp/end/
• [備考] 東京医科歯科大学難治疾患研究所
  • URL: http://www.tmd.ac.jp/mri/press/