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ヒドロゲナーゼ成熟化における金属クラスター組み込みの分子機構

研究課題

研究課題/領域番号 26291012
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関京都大学

研究代表者

三木 邦夫  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (10116105)

研究分担者 渡部 聡  東北大学, 多元物質科学研究所, 助教 (50432357)
連携研究者 跡見 晴幸  京都大学, 大学院工学研究科, 教授 (90243047)
研究協力者 西谷 優一  京都大学, 大学院理学研究科, 特定研究員
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
16,510千円 (直接経費: 12,700千円、間接経費: 3,810千円)
2016年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2015年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2014年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
キーワード成熟化タンパク質 / X線結晶構造解析 / 金属取り込み / Hypタンパク質 / 複合体構造 / 構造生物学 / X線結晶解析 / タンパク質
研究成果の概要

Hypタンパク質群(HypA, B, C, D, E, F)は,水素代謝を行う[NiFe]ヒドロゲナーゼにニッケル・鉄クラスターを組み込むことで,ヒドロゲナーゼを活性化させる成熟化因子である.これまでの一連のHypタンパク質およびその複合体の構造解析の成果を発展させて,成熟化過程で過渡的に形成される各種複合体(HypAB複合体,ヒドロゲナーゼ・大サブユニットHyhLとHypAおよびHypCとの複合体)やプロテアーゼHybDの構造・機能解析を行い,さらにはニッケル供給タンパク質の探索にも取り組んで,[NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構についてのさまざまな知見を得た.

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 謝辞記載あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Crystal Structure of the TK2203 Protein from Thermococcus kodakarensis, a Putative Extradiol Dioxygenase2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Nishitani, J-R. Simons, T. Kanai, H. Atomi, and K. Miki
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.

      巻: F72 号: 6 ページ: 427-433

    • DOI

      10.1107/s2053230x16006920

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of a [NiFe] Hydrogenase Maturation Protease HybD from Thermococcus kodakarensis KOD12016

    • 著者名/発表者名
      S. Kwon, Y. Nishitani, S. Watanabe, Y. Hirao, T. Imanaka, T. Kanai, H. Atomi, and K. Miki
    • 雑誌名

      Proteins: Struct., Funct., Bioinfo.

      巻: 84 号: 9 ページ: 1321-1327

    • DOI

      10.1002/prot.25070

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structural basis of a Ni acquisition cycle for [NiFe]-hydrogenase by HypA and its enhancer.2015

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, S., Kawashima, T., Nishitani, Y., Kanai, T., Wada, T., Inaba, K., Atomi, H., Imanaka, T. and Miki, K.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 112 号: 25 ページ: 7701-7706

    • DOI

      10.1073/pnas.1503102112

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ大サブユニットと成熟化タンパク質との複合体の結晶学的研究2016

    • 著者名/発表者名
      權 成鶴,西谷優一,渡部 聡,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2016年度年会
    • 発表場所
      水戸市,茨城県立県民文化センター
    • 年月日
      2016-11-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Structural Study of Hyp Protein Complexes for the Maturation of [NiFe] Hydrogenase from Thermococcus kodakarensis2016

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe, T. Kawashima, Y. Nishitani, T. Kanai, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      The 11th International Congress on Extremophiles (Extremophiles 2016)
    • 発表場所
      Kyoto University, Japan
    • 年月日
      2016-09-12
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structure Analysis of a Hydrogenase Maturation Protease from the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis2016

    • 著者名/発表者名
      S. Kwon, Y. Nishitani, S. Watanabe, Y. Hirao, T. Imanaka, T. Kanai, H. Atomi, and K. Miki
    • 学会等名
      The 11th International Congress on Extremophiles (Extremophiles 2016)
    • 発表場所
      Kyoto University, Japan
    • 年月日
      2016-09-12
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化に関わるアーキア由来HybDのX線結晶構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      権 成鶴,西谷優一,渡部 聡,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      2015年度量子ビームサイエンスフェスタ,第7回MLFシンポジウム,第33回PFシンポジウム
    • 発表場所
      つくば市,つくば国際会議場エポカル
    • 年月日
      2016-03-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化に関わるアーキア由来HybDのX線結晶構造解析2015

    • 著者名/発表者名
      權 成鶴,西谷優一,渡部 聡,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2015年度年会
    • 発表場所
      堺市,大阪府立大学
    • 年月日
      2015-10-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe] ヒドロゲナーゼへNiを組み込むHypAB複合体の結晶構造解析2015

    • 著者名/発表者名
      河島拓未,渡部 聡,西谷優一,金井 保,和田健彦,稲葉謙次,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      徳島市,あわぎんホール
    • 年月日
      2015-06-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化に関与するHypAB複合体のX線結晶構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      河島拓未,渡部 聡,西谷優一,金井 保,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2014年度年会
    • 発表場所
      東京都,東京大学農学部
    • 年月日
      2014-11-01 – 2014-11-03
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Studies on intermediate HypAB complexes for Ni insertion during [NiFe] hydrogenase maturation2014

    • 著者名/発表者名
      T. Kawashima, S. Watanabe, Y. Nishitani, T. Kanai, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌市,札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis for the biosynthesis of the CN ligand of [NiFe] hydrogenase2014

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe, T. Tominaga, R. Matsumi, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      XXIII Congress and General Assembly, International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Montréal, Canada
    • 年月日
      2014-08-05 – 2014-08-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質結晶学の歴史 - はじめに2014

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜市,ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化におけるシアノ基生合成中間体の構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      渡部 聡,富永大河,松見理恵,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜市,ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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