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In situ 蛋白質 NMR 構造解析技術

研究課題

研究課題/領域番号 26291013
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関横浜国立大学 (2016-2017)
大阪大学 (2014-2015)

研究代表者

児嶋 長次郎  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 教授 (50333563)

研究分担者 藤原 敏道  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (20242381)
連携研究者 松木 陽  大阪大学, 蛋白質研究所, 准教授 (70551498)
杉木 俊彦  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任助教 (70635698)
古板 恭子  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任助教 (30727665)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
16,640千円 (直接経費: 12,800千円、間接経費: 3,840千円)
2016年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2015年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2014年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワードNMR / 蛋白質 / 立体構造 / in situ
研究成果の概要

本研究では生きている細胞で働いている蛋白質を、そのままの状態で立体構造決定するためのNMR技術を開発した。具体的には、目的蛋白質の領域選択的かつアミノ酸選択的な安定同位体標識技術、還元耐性スピンラベル試薬およびキレート試薬を用いたNMR測定解析技術、生細胞内の蛋白質のNMR測定技術、全自動NMR構造解析システム、効率的なメチル基間NOEの取得技術、などの開発に成功し、細胞内で働いている蛋白質の立体構造を決定するための基盤を整えた。

報告書

(5件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2018 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 国際共同研究 (7件) 雑誌論文 (23件) (うち国際共著 13件、 査読あり 23件、 オープンアクセス 7件、 謝辞記載あり 9件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 5件、 招待講演 6件)

  • [国際共同研究] Academy of Sciences(チェコ)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Marquette University(米国)

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      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Universite de Sherbrooke(Canada)

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      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Academy of Science/Czech Technical University(チェコ)

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      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Wisconsin-Madison/University of California(米国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Athens(Greece)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] IOCB AS CR(チェコ)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] TFL1-Like Proteins in Rice Antagonize Rice FT-Like Protein in Inflorescence Development by Competition for Complex Formation with 14-3-3 and FD.2018

    • 著者名/発表者名
      Kaneko-Suzuki M, Kurihara-Ishikawa R, Okushita-Terakawa C, Kojima C, Nagano-Fujiwara M, Ohki I, Tsuji H, Shimamoto K, Taoka KI.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol.

      巻: 59 号: 3 ページ: 458-468

    • DOI

      10.1093/pcp/pcy021

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Current NMR Techniques for Structure-Based Drug Discovery2018

    • 著者名/発表者名
      Sugiki Toshihiko、Furuita Kyoko、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 号: 1 ページ: 148-148

    • DOI

      10.3390/molecules23010148

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Production of Single-Chain Fv Antibodies Specific for GA-Pyridine, an Advanced Glycation End-Product (AGE), with Reduced Inter-Domain Motion2017

    • 著者名/発表者名
      Fukuda N、Noi K、Weng L、Kobashigawa Y、Miyazaki H、Wakeyama Y、Takaki M、Nakahara Y、Tatsuno Y、Uchida-Kamekura M、Suwa Y、Sato T、Ichikawa-Tomikawa N、Nomizu M、Fujiwara Y、Ohsaka F、Saitoh T、Maenaka K、Kumeta H、Shinya S、Kojima C、Ogura T、Morioka H
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 22 号: 10 ページ: 1695-1695

    • DOI

      10.3390/molecules22101695

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and Functional Analysis of the C-Terminal Region of FliG, an Essential Motor Component of Vibrio Na + -Driven Flagella2017

    • 著者名/発表者名
      Miyanoiri Yohei、Hijikata Atsushi、Nishino Yuuki、Gohara Mizuki、Onoue Yasuhiro、Kojima Seiji、Kojima Chojiro、Shirai Tsuyoshi、Kainosho Masatsune、Homma Michio
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 25 号: 10 ページ: 1540-1548

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.08.010

    • NAID

      120006375873

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Protein 19F-labeling using transglutaminase for the NMR study of intermolecular interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Hattori Yoshikazu、Heidenreich David、Ono Yuki、Sugiki Toshihiko、Yokoyama Kei-ichi、Suzuki Ei-ichiro、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 68 号: 4 ページ: 271-279

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0125-6

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: Concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine.2017

    • 著者名/発表者名
      Jakub Sebera, Yoshikazu Hattori, Daichi Sato, David Reha, Radim Nencka, Takashi Kohno, Chojiro Kojima, Yoshiyuki Tanaka, and Vladimir Sychrovsky
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 45 号: 9 ページ: 5231-5242

    • DOI

      10.1093/nar/gkx157

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] NMR line shape analysis of a multi-state ligand binding mechanism in chitosanase2017

    • 著者名/発表者名
      Shinya Shoko、Ghinet Mariana G.、Brzezinski Ryszard、Furuita Kyoko、Kojima Chojiro、Shah Sneha、Kovrigin Evgenii L.、Fukamizo Tamo
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 67 号: 4 ページ: 309-319

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0109-6

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Cold-Shock Expression System in E. coli for Protein NMR Studies2017

    • 著者名/発表者名
      Sugiki Toshihiko、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1586 ページ: 345-357

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-6887-9_23

    • ISBN
      9781493968855, 9781493968879
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Substrate specificity of TOR complex 2 is determined by a ubiquitin-fold domain of the Sin1 subunit2017

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Tatebe, Shinichi Murayama, Toshiya Yonekura, Tomoyuki Hatano, David Richter, Tomomi Furuya, Saori Kataoka, Kyoko Furuita, Chojiro Kojima, and Kazuhiro Shiozaki
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 6

    • DOI

      10.7554/elife.19594

    • NAID

      120005983409

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Publication of nuclear magnetic resonance experimental data with semantic web technology and the application thereof to biomedical research of proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Masashi Yokochi, Naohiro Kobayashi, Eldon L. Ulrich, Akira R. Kinjo, Takeshi Iwata, Yannis E. Ioannidis, Miron Livny, John L. Markley, Haruki Nakamura, Chojiro Kojima, and Toshimichi Fujiwara
    • 雑誌名

      J. Biomed. Semant.

      巻: 7 ページ: 16-16

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Expression, purification, and crystallization of a plant-specific DUF1110 protein from Oryza sativa2016

    • 著者名/発表者名
      Harada K, Yamashita E, Inoue K, Yamaguchi K, Fujiwara T, Nakagawa A, Kawasaki T, and Kojima C.
    • 雑誌名

      Acta Cryst.

      巻: 72 号: 6 ページ: 480-484

    • DOI

      10.1107/s2053230x16007573

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Solution NMR structure and inhibitory effect against amyloid-β fibrillation of Humanin containing a D-isomerized serine residue2016

    • 著者名/発表者名
      Nesreen Alsanousi, Toshihiko Sugiki, Kyoko Furuita, Masatomo So, Young-Ho Lee, Toshimichi Fujiwara, and Chojiro Kojima
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 477 号: 4 ページ: 647-653

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.06.114

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The Structure Determination of AgI-mediated Cytosine-Cytosine Base Pair within DNA Duplex in Solution with 1H/15N/109Ag NMR Spectroscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Takenori Dairaku, Kyoko Furuita, Hajime Sato, Jakub Sebera, Katsuyuki Nakashima, Jiro Kondo, Daichi Yamanaka, Yoshinori Kondo, Itaru Okamoto, Akira Ono, Vladimir Sychrovsky, Chojiro Kojima, and Yoshiyuki Tanaka
    • 雑誌名

      Chemistry

      巻: 22 号: 37 ページ: 13028-13031

    • DOI

      10.1002/chem.201603048

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Noncovalent forces tune the electron transfer complex between ferredoxin and sulfite reductase to optimize enzymatic activity2016

    • 著者名/発表者名
      Ju Yaen Kim, Misaki Kinoshita, Satoshi Kume, Guy T. Hanke, Toshihiko Sugiki, John E. Ladbury, Chojiro Kojima, Takahisa Ikegami, Genji Kurisu, Yuji Goto, Toshiharu Hase, and Young-Ho Lee
    • 雑誌名

      Biochem. J.

      巻: 473 ページ: 3837-3854

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] HgII/AgI-mediated base pairs and their NMR spectroscopic studies2016

    • 著者名/発表者名
      Takenori Dairaku, Kyoko Furuita, Hajime Sato, Jakub Sebera, Katsuyuki Nakashima, Akira Ono, Vladimir Sychrovsky, Chojiro Kojima, and Yoshiyuki Tanaka
    • 雑誌名

      Inorg. Chim. Acta

      巻: 452 ページ: 34-42

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct Detection of the Mercury-Nitrogen Bond in the Thymine-HgII-Thymine Base-pair with 199Hg NMR Spectroscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Takenori Dairaku, Kyoko Furuita, Hajime Sato, Jakub Sebera, Daichi Yamanaka, Hiroyuki Otaki, Shoko Kikkawa, Yoshinori Kondo, Ritsuko Katahira, F. Matthias Bickelhaupt, Celia Fonseca Guerra, Akira Ono, Vladimir Sychrovsky, Chojiro Kojima and Yoshiyuki Tanaka
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 51 号: 40 ページ: 8488-8491

    • DOI

      10.1039/c5cc02423d

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Physicochemical Nature of Interfaces Controlling Ferredoxin NADP+ Reductase Activity through Its Interprotein Interactions with Ferredoxin2015

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita Misaki, Kim Ju Yaen, Kume Satoshi, Sakakibara Yukiko, Sugiki Toshihiko, Kojima Chojiro, Kurisu Genji, Ikegami Takahisa, Hase Toshiharu, Kimata-Ariga Yoko, Lee Young-Ho
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta-Bioenergetics

      巻: 1847 号: 10 ページ: 1200-1211

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2015.05.023

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Exploring a DNA sequence for the three-dimensional structure determination of a silver(I)-mediated C-C base pair in a DNA duplex by 1H NMR spectroscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Takenori Dairaku, Kyoko Furuita, Hajime Sato, Yoshinori Kondo, Chojiro Kojima, Akira Ono and Yoshiyuki Tanaka
    • 雑誌名

      Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids

      巻: 34 号: 12 ページ: 877-900

    • DOI

      10.1080/15257770.2015.1088160

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The crystal structure of the plant small GTPase OsRacl reveals its mode of binding to NADPH oxidase.2015

    • 著者名/発表者名
      Kosami KI, Ohki I, Nagano M, Furuita F, Sugiki T, Kawano Y, Kawasaki T, Fujiwara T, Nakagawa A, Shimamoto K, Kojima C
    • 雑誌名

      The Journal of Biological Chemistry

      巻: 289 号: 41 ページ: 28569-78

    • DOI

      10.1074/jbc.m114.603282

    • 説明
      (in press)(印刷中)
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Utilization of paramagnetic relaxation enhancements for high-resolution NMR structure determination of a soluble loop-rich protein with sparse NOE distance restraints2015

    • 著者名/発表者名
      Kyoko Furuita, Saori Kataoka, Toshihiko Sugiki, Yoshikazu Hattori, Naohiro Kobayashi, Takahisa Ikegami, Kazuhiro Shiozaki, Toshimichi Fujiwara and Chojiro Kojima
    • 雑誌名

      J. Biomol. NMR

      巻: 61 号: 1 ページ: 55-64

    • DOI

      10.1007/s10858-014-9882-7

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] ^<1>H, ^<15>N and ^<13>C resonance assignments of the conserved region in the middle domain of S. pombe Sin1 protein.2014

    • 著者名/発表者名
      Kataoka S, Furuita K Hattori Y, Kobayashi N, Ikegami T, Shiozaki K, Fujiwara T, Kojima C
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: (印刷中) 号: 1 ページ: 89-92

    • DOI

      10.1007/s12104-014-9550-6

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bacterial effector modulation of host E3 ligase activity suppresses PAMP-triggered immunity in rice.2014

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, K., Yamaguchi, K., Sakamoto, K., Yoshimura, S., Inoue, K., Tsuge, S., Kojima, C., Kawasaki, T.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 5 号: 1 ページ: 5430-5430

    • DOI

      10.1038/ncomms6430

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Latest approaches for efficient protein production in drug discovery2014

    • 著者名/発表者名
      Toshihiko Sugiki, Toshimichi Fujiwara and Chojiro Kojima
    • 雑誌名

      Expert Opin. Drug Discov.

      巻: 9 号: 10 ページ: 1189-1204

    • DOI

      10.1517/17460441.2014.941801

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] PRE and PCS techniques utilized for high-resolution protein structure determination2015

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 発表場所
      Sheraton Waikiki (Honolulu)
    • 年月日
      2015-12-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] NMR tools developed for drug discovery2015

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      International Symposium on Structure and Folding of Disease Related Proteins
    • 発表場所
      Seoul National University (Seoul)
    • 年月日
      2015-12-04
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Utilization of Paramagnetic NMR techniques for protein structure determination2015

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      The 6th Asia-Pacific NMR Symposium
    • 発表場所
      The Hong Kong University of Science and Technology (Hong Kong)
    • 年月日
      2015-08-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Paramagnetic NMR techniques utilized for protein structure analysis2015

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      The 3rd Awaji International Workshop on “Electron Spin Science & Technology: Biological and Materials Science Oriented Applications”
    • 発表場所
      The Awaji Yumebutai International Conference Center (Awaji)
    • 年月日
      2015-06-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Drug screening using NMR to regulate protein function2015

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      The First Trilateral Workshop For Frontier Protein Studies
    • 発表場所
      Peking University (Beijing)
    • 年月日
      2015-04-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Paramagnetic NMR utilized for high-resolution protein structure determination2014

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      The 5th Japan-Taiwan bilateral NMR symposium
    • 発表場所
      Hokkaido University (Sapporo)
    • 年月日
      2014-09-29 – 2014-09-30
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2022-05-13  

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