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マウス胚ノードにおける初期左右軸形成の分子機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 26291051
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 発生生物学
研究機関九州大学

研究代表者

目野 主税  九州大学, 医学研究院, 教授 (20311764)

連携研究者 沖 真弥  九州大学, 医学研究院, 助教 (90452713)
北島 桂子  九州大学, 医学研究院, 助教 (00332784)
大川 恭行  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
16,640千円 (直接経費: 12,800千円、間接経費: 3,840千円)
2016年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2015年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2014年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワード左右軸 / データベース / ChIP-seq / 遺伝子発現 / データーベース / 胚発生 / 左右軸形成 / 発生・分化 / ChIPシークエンス / 次世代シークエンス / ソフトウェア
研究成果の概要

マウス初期胚に出現するノードは左右軸の形成装置として機能する。この機能は時空間的な位置情報と近隣組織との相互作用に依存しており、ノードを胚体制と関連づけることは左右軸形成を理解する上で重要な視点である。本研究では、ノードや左右軸形成に必要なNodalシグナルの遺伝子発現制御機構、及びノード近傍の左右軸関連遺伝子の発現に必要なWnt3aの発現制御機構を解析した。また、これらの解析を進めるツールとしてSraTailorとChIP-Atlasを開発した。ChIP-AtlasはすべてのChIP-seqデータをIGVゲノムブラウザ上で閲覧できる統合データベースである。

報告書

(5件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2018 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Newcastle University(英国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Chd2 regulates chromatin for proper gene expression toward differentiation in mouse embryonic stem cells2017

    • 著者名/発表者名
      Semba Yuichiro、Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Oki Shinya、Meno Chikara、Ueda Jun、Yamagata Kazuo、Suzuki Atsushi、Onimaru Mitsuho、Nogami Jumpei、Okada Seiji、Akashi Koichi、Ohkawa Yasuyuki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 45 号: 15 ページ: 8758-8772

    • DOI

      10.1093/nar/gkx475

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Leukotriene B4 receptor type 2 (BLT2) enhances skin barrier function by regulating tight junction proteins.2016

    • 著者名/発表者名
      Ishii Y, Saeki K, Liu M, Sasaki F, Koga T, Kitajima K, Meno C, Okuno T, Yokomizo T
    • 雑誌名

      FASEB J

      巻: 30 号: 2 ページ: 933-947

    • DOI

      10.1096/fj.15-279653

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Hyperglycemia impairs left-right axis formation and thereby disturbs heart morphogenesis in mouse embryos.2015

    • 著者名/発表者名
      Hachisuga M, Oki S, Kitajima K, Ikuta S, Sumi T, Kato K, Wake N, Meno C.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A.

      巻: 112 号: 38 ページ: 5300-5307

    • DOI

      10.1073/pnas.1504529112

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Chd5 Regulates MuERV-L/MERVL Expression in Mouse Embryonic Stem Cells Via H3K27me3 Modification and Histone H3.1/H3.2.2015

    • 著者名/発表者名
      Hayashi M, Maehara K, Harada A, Semba Y, Kudo K, Takahashi H, Oki S, Meno C, Ichiyanagi K, Akashi K, Ohkawa Y.
    • 雑誌名

      J Cell Biochem

      巻: 117 号: 3 ページ: 780-792

    • DOI

      10.1002/jcb.25368

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The importance of being isomeric.2015

    • 著者名/発表者名
      Anderson RH, Brown NA, Meno C, Spicer DE
    • 雑誌名

      Clinical Anatomy

      巻: 28 号: 4 ページ: 477-486

    • DOI

      10.1002/ca.22517

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SraTailor: graphical user interface software for processing and visualizing ChIP-seq data.2014

    • 著者名/発表者名
      Oki S, Maehara K, Ohkawa Y, Meno C
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 19 号: 12 ページ: 919-926

    • DOI

      10.1111/gtc.12190

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions2018

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
    • 学会等名
      Keystone Symposium; Gene Control in Development and Disease
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions2017

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
    • 学会等名
      50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 既報の ChIP-seq データの利活用術2017

    • 著者名/発表者名
      沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 畠中 秀樹, 小笠原 理, 奥田 喜広, 川路 英哉, 仲木 竜, 瀬々 潤, 目野 主税
    • 学会等名
      第4回 発生における代謝を考える会
    • 発表場所
      京都大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The transcription factor landscape decodes the enhancers and risk variants in non-coding regions2017

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
    • 学会等名
      Keystone Symposium; Epigenetics and Human Disease: Progress from Mechanisms to Therapeutics
    • 発表場所
      Seattle
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ChIP-Atlas: Comprehensive and integrative database for visualizing and mining all published ChIP-seq data.2016

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Ryo Nakaki, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideki Hatanaka, Chikara Meno
    • 学会等名
      SYSTEMS BIOLOGY: GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION
    • 発表場所
      Cold spring harbor laboratory, USA
    • 年月日
      2016-03-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 妊娠前糖尿病における左右軸形成異常2016

    • 著者名/発表者名
      蜂須賀 正紘、北島 桂子 、沖 真弥、生田 智美、目野 主税
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 網羅的かつ統合的な ChIP-seq データの解析2016

    • 著者名/発表者名
      沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 畠中 秀樹, 小笠原 理, 奥田 喜広, 川路 英哉, 仲木 竜, 瀬々 潤, 目野 主税
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース2015

    • 著者名/発表者名
      沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 仲木 竜, 目野 主税
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜市
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ChIP-seq SRA を利活用するための統合データベース2015

    • 著者名/発表者名
      沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 目野 主税
    • 学会等名
      NGS現場の会第四回研究会
    • 発表場所
      つくば市
    • 年月日
      2015-07-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ChIP-Atlas: Comprehensive database for visualizing all published ChIP-seq data2015

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Chikara Meno
    • 学会等名
      48th Annual Meeting of JSDB
    • 発表場所
      つくば市
    • 年月日
      2015-06-02
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール2014

    • 著者名/発表者名
      沖 真弥, 前原 一満, 大川 恭行, 目野 主税
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会
    • 発表場所
      横浜市
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 高血糖症はマウス胚の左右軸形成を阻害することで心臓形態形成を撹乱する2014

    • 著者名/発表者名
      蜂須賀 正紘、沖 真弥、北島 桂子、角 智行、目野 主税
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会
    • 発表場所
      横浜市
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] SraTailor: GUI software for visualizing high-throughput sequence read archives2014

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Chikara Meno
    • 学会等名
      47th Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists
    • 発表場所
      名古屋市
    • 年月日
      2014-05-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] ChIP-Atlas

    • URL

      http://chip-atlas.org

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書 2015 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.devbio.med.kyushu-u.ac.jp/sra_tailor/

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2022-01-31  

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