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温帯古代湖・琵琶湖の魚類群集における湖沼適応の実態と遺伝基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 26291079
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関京都大学

研究代表者

渡辺 勝敏  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (00324955)

研究分担者 馬渕 浩司  東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (50401295)
小北 智之  福井県立大学, 公私立大学の部局等, 准教授 (60372835)
連携研究者 武島 弘彦  統合地球環境学研究所, 特任助教 (50573086)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
15,730千円 (直接経費: 12,100千円、間接経費: 3,630千円)
2016年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2015年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2014年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
キーワード古代湖 / 琵琶湖 / 固有種 / 適応進化 / 遺伝基盤 / 人口統計学 / 分子系統 / 次世代シーケンサー / 集団・種多様性 / 適応 / 淡水魚
研究成果の概要

温帯古代湖である琵琶湖のユニークな魚類相における固有種の起源と適応進化の遺伝基盤を明らかにするために、複数の固有種群を対象に、形態分析や次世代シーケンサーを用いたミトゲノム、発現遺伝子解析、ゲノムワイド多型分析等を行った。それらにより、4つの柱で研究を展開し、琵琶湖固有種の適応進化に関する理解を深めた。(1)湖適応に関する形態および遺伝子発現を含む表現型を明確化にした。(2)ミトゲノムや核ゲノムの遺伝変異を用いて強固な系統関係と人口学的歴史を推定した。(3)適応関連候補遺伝子のスクリーニングに基づき、種群間の共通性と多様性を明らかにした。(4)QTL分析に基づき、適応関連領域を検出した。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 謝辞記載あり 9件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (30件) (うち国際学会 1件、 招待講演 6件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Morphological features of an endangered Japanese strain of Cyprinus carpio: reconstruction based on seven SNP markers2017

    • 著者名/発表者名
      Atsumi K, H Y Song, H Senou, K Inoue and K Mabuchi
    • 雑誌名

      Journal of Fish Biology

      巻: 90 号: 3 ページ: 936-953

    • DOI

      10.1111/jfb.13213

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Rapid and effective isolation of candidate sequences for development of microsatellite markers in 30 fish species by using kit-based target capture and multiplexed parallel sequencing2017

    • 著者名/発表者名
      Hirohiko Takeshima, Nozomu Muto, Yasuyuki Sakai, Naoya Ishiguro, Keiichiro Iguchi, Satoshi Ishikawa, Mutsumi Nishida
    • 雑誌名

      Conservation Genetics Resources

      巻: online first 号: 3 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1007/s12686-017-0699-z

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Genetic population structure of the Japanese torrent catfish Liobagrus reinii (Amblycipitidae) inferred from mitochondrial cytochrome b variations2016

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa H, S Seki, T Ishikawa and K Watanabe
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 63 号: 3 ページ: 333-346

    • DOI

      10.1007/s10228-015-0503-6

    • NAID

      40020886702

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Phylogeny and historical demography of endemic fishes in Lake Biwa: the ancient lake as a promoter of evolution and diversification of freshwater fishes in western Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Tabata R, R Kakioka, K Tominaga, T Komiya and K Watanabe
    • 雑誌名

      Evolution and Ecology

      巻: 6 号: 8 ページ: 2601-2623

    • DOI

      10.1002/ece3.2070

    • NAID

      120005973364

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Cryptic divergence and phylogeography of the pike gudgeon Pseudogobio esocinus (Teleostei: Cyprinidae): a comprehensive case of freshwater phylogeography in Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Tominaga K, J Nakajima and K Watanabe
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 63 号: 1 ページ: 79-93

    • DOI

      10.1007/s10228-015-0478-3

    • NAID

      40020707392

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A method for PCR-based identification of fish eggs attached to vegetation in Lake Biwa, Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi K
    • 雑誌名

      Conservation Genetics Resources

      巻: 8 号: 3 ページ: 215-217

    • DOI

      10.1007/s12686-016-0536-9

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Complete mitochondrial genomes of five introduced strains of common carp Cyprinus carpio in Japan with 29 diagnostic SNPs distinguishable by restriction enzyme analysis2016

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi K
    • 雑誌名

      Mitochondrial DNA Part B: Resources

      巻: online 号: 1 ページ: 261-263

    • DOI

      10.1080/23802359.2016.1159931

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Phylogeny, hybridization, and life history evolution of Rhinogobius gobies in Japan, inferred from multiple nuclear gene sequences2015

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki YY, M Nishida, T Suzuki, T Mukai and K Watanabe
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      巻: 90 ページ: 20-33

    • DOI

      10.1016/j.ympev.2015.04.012

    • NAID

      120005611374

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Population structure and cryptic replacement of local populations in the endangered bitterling Acheilognathus cyanostigma2015

    • 著者名/発表者名
      Kitajima J, M Matsuda, S Mori, T Kokita and K Watanabe
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 62 号: 2 ページ: 122-130

    • DOI

      10.1007/s10228-014-0412-0

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic architecture of habitat-related divergence and signature of directional selection in the body shapes of Gnathopogon fishes2015

    • 著者名/発表者名
      Kakioka, R., T. Kokita, H. Kumada, K. Watanabe and N. Okuda
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

      巻: 24 号: 16 ページ: 4159-4174

    • DOI

      10.1111/mec.13309

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 2014 年度日本魚類学会シンポジウム「魚類における適応と種分化の進化遺伝機構 :研究最前線と今後の展望」の開催報告2015

    • 著者名/発表者名
      小北智之・渡辺勝敏
    • 雑誌名

      魚類学雑誌

      巻: 62 ページ: 93-96

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] フナ属魚類における無性型頻度の地理的パターン:有性と無性の共存機構との関連性2017

    • 著者名/発表者名
      三品達平・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第64回日本生態学会大会
    • 発表場所
      早稲田大学(東京都新宿区)
    • 年月日
      2017-03-15
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] RNA-seqに基づく琵琶湖固有魚種の分岐年代と適応進化2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤僚祐・三品達平・田畑諒一・小北智之・武島弘彦・橋口康之・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第64回日本生態学会大会
    • 発表場所
      早稲田大学(東京都新宿区)
    • 年月日
      2017-03-15
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖の魚類の生い立ち―分子データからのアプローチ2016

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 学会等名
      化石研究会第146回例会
    • 発表場所
      滋賀県立琵琶湖博物館(滋賀県草津市)
    • 年月日
      2016-11-20
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 琵琶湖の成り立ちと固有魚類の進化2016

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 学会等名
      琵琶湖博物館開館20週年国際シンポジウム:古代湖の魅力~琵琶湖と世界の古代湖
    • 発表場所
      滋賀県立琵琶湖博物館(滋賀県草津市)
    • 年月日
      2016-10-22
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ミトコンドリア全ゲノム情報に基づく琵琶湖産魚類の高精度な人口学的歴史の推定2016

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・武島弘彦・平瀬祥太朗・西田 睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第49回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      岐阜大学(岐阜県岐阜市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖産ヒガイ類の色彩変異に関する形質遺伝学的解析2016

    • 著者名/発表者名
      上野浩太郎・木下直樹・松田征也・渡辺勝敏・小北智之
    • 学会等名
      第49回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      岐阜大学(岐阜県岐阜市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 日本産タモロコ属魚類におけるゲノムワイドな遺伝的変異2016

    • 著者名/発表者名
      柿岡 諒・近藤剛毅・永野 惇・手塚あゆみ・奥田 昇・小北智之
    • 学会等名
      第49回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      岐阜大学(岐阜県岐阜市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ミトコンドリアDNA分析に基づく日本産ナマズ属3種の系統地理2016

    • 著者名/発表者名
      佐久間啓・松崎慎一郎・金尾滋史・舟尾俊範・鹿野雄一・武島弘彦
    • 学会等名
      第49回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      岐阜大学(岐阜県岐阜市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 大規模な地点サンプリングの戦略により明らかとなったアユの遺伝的集団構造2016

    • 著者名/発表者名
      武島弘彦・井口恵一朗・橋口康之・西田 睦
    • 学会等名
      第49回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      岐阜大学(岐阜県岐阜市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖沖合における日本在来および導入コイの遊泳行動2016

    • 著者名/発表者名
      吉田 誠・馬渕浩司・井上広滋・佐藤克文
    • 学会等名
      第49回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      岐阜大学(岐阜県岐阜市)
    • 年月日
      2016-09-24
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖の固有魚類相の形成史に関する論考2016

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 学会等名
      総合研究「自然観」(前近代を中心とした琵琶湖周辺地域における自然および自然観の通時的変遷に関する研究)第7回研究会
    • 発表場所
      滋賀県立琵琶湖博物館(滋賀県草津市)
    • 年月日
      2016-09-04
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] コイは外来種か? 最新のDNA研究から見えてきたこと2016

    • 著者名/発表者名
      馬渕浩司
    • 学会等名
      日本魚類学会2016年度市民公開講座
    • 発表場所
      名城大学天白キャンパス(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2016-08-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 定性トランスクリプトーム解析を用いた琵琶湖固有魚種の湖沼適応遺伝子の探索2016

    • 著者名/発表者名
      伊藤僚祐・三品達平・橋口康之・小北智之・武島弘彦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本進化学会第18回東京大会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-08-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 交雑起源の無性生殖種のゲノムワイドなアリル発現パターン:遺伝的不和合の補償との関連性2016

    • 著者名/発表者名
      三品達平・橋口康之・武島弘彦・川原玲香・佐々木 剛・遠藤未来美・西田 睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本進化学会第18回東京大会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-08-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖内にみられるコイの体型の地域間変異2016

    • 著者名/発表者名
      渥美圭佑・馬渕浩司・瀬能 宏・井上広滋
    • 学会等名
      日本生態学会第63回大会
    • 発表場所
      仙台市国際センター、仙台市情報・産業プラザ(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-03-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 有性・無性の生殖サイクルを介した稀な遺伝子流動が促進するフナ類の多様化2015

    • 著者名/発表者名
      三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・田畑諒一・西田 睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第48回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      近畿大学奈良キャンパス(奈良県奈良市)
    • 年月日
      2015-09-06
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ウキゴリ属魚類のロドプシン進化パターン2015

    • 著者名/発表者名
      伊藤僚祐・原田慈雄・田畑諒一・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第48回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      近畿大学奈良キャンパス(奈良県奈良市)
    • 年月日
      2015-09-06
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖水系における底生魚カマツカの形態的多様性と遺伝的集団構造2015

    • 著者名/発表者名
      遠藤千晴・富永浩史・三品達平・山﨑 曜・武島弘彦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第48回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      近畿大学奈良キャンパス(奈良県奈良市)
    • 年月日
      2015-09-06
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 明治10年代の琵琶湖のコイ:パリ国立自然史博物館標本にもとづく考察2015

    • 著者名/発表者名
      渥美圭佑・馬渕浩司・瀬能 宏・井上広滋・滝川祐子
    • 学会等名
      第48回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      近畿大学奈良キャンパス(奈良県奈良市)
    • 年月日
      2015-09-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖水系のタモロコ属ペア種におけるOXPHOS関連遺伝子群の共適応の可能性2015

    • 著者名/発表者名
      近藤剛毅・小北智之
    • 学会等名
      第48回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      近畿大学奈良キャンパス(奈良県奈良市)
    • 年月日
      2015-09-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Comparative mitogenomics of endemic fishes in Lake Biwa: evidence of natural selection and adaptation to lake environments2015

    • 著者名/発表者名
      Tabata, R., H. Takeshima, S. Hirase, M. Nishida and K. Watanabe
    • 学会等名
      Speciation in Ancient Lakes 7
    • 発表場所
      Great Lakes Institute for Environmental Research(カナダ)
    • 年月日
      2015-08-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 日本のコイ:DNAデータが語るその起源2015

    • 著者名/発表者名
      馬渕浩司
    • 学会等名
      在来家畜研究会・日本動物遺伝育種学会合同シンポジウム
    • 発表場所
      宇都宮大学峰キャンパス,宇都宮
    • 年月日
      2015-03-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 琵琶湖の淡水魚カマツカにおける形態の多様化およびその摂餌機能との関連性2015

    • 著者名/発表者名
      遠藤千晴・富永浩史・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第62回日本生態学会大会
    • 発表場所
      鹿児島大学,鹿児島市
    • 年月日
      2015-03-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 隠れた外来種問題:コイ日本在来系統と導入系統の形態比較2015

    • 著者名/発表者名
      渥美圭佑・馬渕浩司・瀬能 宏・井上広滋
    • 学会等名
      第62回日本生態学会大会
    • 発表場所
      鹿児島大学,鹿児島市
    • 年月日
      2015-03-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Japanese native strain of common carp (Cyprinus carpio) and Lake Biwa as a refuge from biological invasion of introduced "Eurasian" strains2015

    • 著者名/発表者名
      Kohji Mabuchi
    • 学会等名
      International Sancheoneo Symposium in Hwacheon
    • 発表場所
      Hwacheon, Korea
    • 年月日
      2015-01-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 日本の古代湖「琵琶湖」における固有魚類群集の起源と適応2014

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 学会等名
      第47回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      神奈川県立生命の星・地球館,小田原市
    • 年月日
      2014-11-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 日本列島のフナの集団構造2014

    • 著者名/発表者名
      三品達平・高田未来美・武島弘彦・井口恵一朗・西田 睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第47回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      神奈川県立生命の星・地球館,小田原市
    • 年月日
      2014-11-15 – 2014-11-16
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖における淡水魚カマツカの形態変異と遺伝的集団構造2014

    • 著者名/発表者名
      遠藤千晴・富永浩史・三品達平・山﨑 曜・武島弘彦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第47回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      神奈川県立生命の星・地球館,小田原市
    • 年月日
      2014-11-15 – 2014-11-16
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖固有魚類の比較ミトゲノミクス:自然淘汰の痕跡と琵琶湖環境への適応2014

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・武島弘彦・平瀬祥太朗・西田 睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第47回日本魚類学会年会
    • 発表場所
      神奈川県立生命の星・地球館,小田原市
    • 年月日
      2014-11-15 – 2014-11-16
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 御蔵島・御代が池のコイが語る外来系統の導入史2014

    • 著者名/発表者名
      馬渕浩司
    • 学会等名
      生き物文化誌学会
    • 発表場所
      東京大学,東京
    • 年月日
      2014-08-02 – 2014-08-03
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] Chapter 7. Japanese freshwater fishes: biogeography and cryptic diversity. In: Species Diversity of Animals in Japan, Diversity and Commonality in Animals (M. Motokawa and H. Kajihara eds.)2016

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, K., K. Tominaga, J. Nakajima, R. Kakioka and R. Tabata
    • 総ページ数
      721
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 淡水魚遺伝的多様性データベースGEDIMAP

    • URL

      http://gedimap.zool.kyoto-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] GEDIMAP: 淡水魚遺伝的多様性データベース

    • URL

      http://gedimap.zool.kyoto-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] GEDIMAP:淡水魚遺伝的多様性データベース

    • URL

      http://gedimap.zool.kyoto-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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