ヒストン修飾パターンによる転写制御の解明

• 研究課題/領域番号: 26293059
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 医化学一般
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 中山 啓子 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (60294972)
• 研究分担者: 舟山 亮 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (20452295) ; 細金 正樹 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助手 (30734347)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 16,120千円 (直接経費: 12,400千円、間接経費: 3,720千円); 2016年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円); 2015年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円); 2014年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
• キーワード: ヒストン修飾 / Ｂリンパ球 / ChIPシークエンス / 乳癌細胞株 / リンパ球 / Bリンパ球 / インスリン分泌細胞

研究成果の概要

乳癌細胞株をTGF-βで処理すると、上皮間葉転換を誘導できる。EZH2のノックダウンでH3K27me3の修飾レベルを低下させ、修飾の有無による転写変化を調べた。その結果、転写には著しい変化をもたらさなかった。
EZH2欠失B細胞を解析し、H3K27me3のレベルの低下によって、転写が活性化している遺伝子リストを得た。この時のエンハンサーの活性を調べるためにヒストンH3K4me1の変化を調べた。EZH2欠失によりH3K4me1が変化しているゲノム領域を確認することができたが、その領域がエンハンサーとしていずれの遺伝子を制御しているかについては、明確な結論を得ることができなかった。

研究成果

• [雑誌論文] Geminin is an indispensable inhibitor of Cdt1 in mouse embryonic stem cells. (2017)
  • 著者名/発表者名: Hosogane, M., Bosu, L., Fukumoto, E., Yamada, H., Sato, S., Nakayama, K.
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 印刷中 号: 4 ページ: 360-375
  • DOI: 10.1111/gtc.12482
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A Bach2-Cebp gene regulatory network for the commitment of multipotent hematopoietic progenitors. (2017)
  • 著者名/発表者名: Itoh-Nakadai, A., Matsumoto, M., Kato, H., Sasaki, J., Uehara, Y., Sato, Y., Ebina-Shibuya, R., Morooka, M., Funayama, R., Nakayama, K., Ochiai, K., Muto, A. and Igarashi, K.
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: 18 号: 10 ページ: 2401-2414
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2017.02.029
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A large-scale targeted proteomics assay resource based on an in vitro human proteome. (2017)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto M, Matsuzaki F, Oshikawa K, Goshima N, Mori M, Kawamura Y, Ogawa K, Fukuda E, Nakatsumi H, Natsume T, Fukui K, Horimoto K, Nagashima T, Funayama R, Nakayama K, Nakayama KI.
  • 雑誌名: Nat Methods 巻: 14 号: 3 ページ: 251-258
  • DOI: 10.1038/nmeth.4116
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Regulatory signatures of liver regeneration distilled by integrative analysis of mRNA, histone methylation, and proteomics. (2017)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Katoh, Y., Matsumoto, M., Sato, M., Ebina, M., Itoh-Nakadai, A., Funayama, R., Nakayama, K., Unno, M., Igarashi, K.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 巻: 印刷中 号: 19 ページ: 8019-8037
  • DOI: 10.1074/jbc.m116.774547
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Exome sequencing deciphers a germline MET mutation in familial epidermal growth factor receptor-mutant lung cancer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Tode N, Kikuchi T, Sakakibara T, Hirano T, Inoue A, Ohkouchi S, Tamada T, Okazaki T, Koarai A, Sugiura H, Niihori T, Aoki Y, Nakayama K, Matsumoto K, Matsubara Y, Yamamoto M, Watanabe A, Nukiwa T, Ichinose M.
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 印刷中 号: 6 ページ: 1263-1270
  • DOI: 10.1111/cas.13233
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The aryl hydrocarbon receptor AhR links atopic dermatitis and air pollution via induction of the neurotrophic factor artemin. (2017)
  • 著者名/発表者名: Hidaka, T., Ogawa, E., Kobayashi, E.H., Suzuki, T., Funayama, R., Nagashima, T., Fujimura, T., Aiba, S., Nakayama, K., Okuyama, R., Yamamoto, M.
  • 雑誌名: Nat. Immunol. 巻: 18 号: 1 ページ: 64-73
  • DOI: 10.1038/ni.3614
  • 査読あり
• [雑誌論文] The SCFβ-TRCP E3 ubiquitin ligase complex targets Lipin1 for ubiquitination and degradation to promote hepatic lipogenesis. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shimizu K, Fukushima H, Ogura K, Lien EC, Nihira NT, Zhang J, North BJ, Guo A, Nagashima K, Nakagawa T, Hoshikawa S, Watahiki A, Okabe K, Yamada A, Toker A, Asara JM, Fukumoto S, Nakayama KI, Nakayama K, Inuzuka H, Wei W.
  • 雑誌名: Sci Signal. doi: 10.1126/scisignal.aah4117. 巻: 10 号: 460 ページ: 1-15
  • DOI: 10.1126/scisignal.aah4117
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Homeostatic Shift Facilitates Endoplasmic Reticulum Proteostasis through Transcriptional Integration of Proteostatic Stress Response Pathways. (2017)
  • 著者名/発表者名: Baird L, Tsujita T, Kobayashi E, Funayama R, Nagashima T, Nakayama K, and Yamamoto M.
  • 雑誌名: Mol Cell Biol 巻: 37 号: 4
  • DOI: 10.1128/mcb.00439-16
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Dramatic response after functional hemispherectomy in a patient with epileptic encephalopathy carrying a de novo COL4A1 mutation. (2017)
  • 著者名/発表者名: Hino-Fukuyo, N., Kikuchi, A., Iwasaki, M., Sato, Y., Kubota, Y., Kobayashi, T., Nakayama, T., Haginoya, K., Arai-Ichinoi, N., Niihori, T., Sato, R., Suzuki, T., Kudo, H., Funayama, R., Nakayama, K., Aoki, Y., Kure, S.
  • 雑誌名: Brain Dev. 巻: 39 号: 4 ページ: 337-340
  • DOI: 10.1016/j.braindev.2016.11.006
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ubiquitylation of Ku80 by RNF126 Promotes Completion of Nonhomologous End Joining-Mediated DNA Repair. (2017)
  • 著者名/発表者名: Ishida N, Nakagawa T, Iemura SI, Yasui A, Shima H, Katoh Y, Nagasawa Y, Natsume T, Igarashi K, Nakayama K.
  • 雑誌名: Mol Cell Biol 巻: 37 号: 4
  • DOI: 10.1128/mcb.00347-16
  • 査読あり
• [雑誌論文] Wnt-beta-catenin signaling regulates ABCC3 (MRP3) transporter expression in colorectal cancer. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi, M., Funayama, R., Ohnuma, S., Unno, M., Nakayama, K.
  • 雑誌名: Cancer Sci. 巻: 107 号: 12 ページ: 1776-1784
  • DOI: 10.1111/cas.13097
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Lack of genetic variation prevents adaptation at the geographic range margin in a damselfly. (2016)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, Y., Suyama, Y., Matsuki, Y., Funayama, R., Nakayama, K., Kawata, M.
  • 雑誌名: Mol. Ecol. 巻: 25 号: 18 ページ: 4450-4460
  • DOI: 10.1111/mec.13782
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Tohoku Medical Megabank Project: Design and Mission (2016)
  • 著者名/発表者名: Kuriyama S, Yaegashi N, et al. (Tamiya G; 11th in 58 authors)
  • 雑誌名: Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ 巻: 26 号: 9 ページ: 493-511
  • DOI: 10.2188/jea.JE20150268
  • NAID: 130005409018
  • ISSN: 0917-5040, 1349-9092
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Lack of Transcription Triggers H3K27me3 Accumulation in the Gene Body. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hosogane, M., Funayama, R., Shirota, M., Nakayama, K.
  • 雑誌名: Cell Rep. 巻: 16 号: 3 ページ: 696-706
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2016.06.034
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The double knockout of Bach1 and Bach2 in mice reveals shared compensatory mechanisms in regulating alveolar macrophage function and lung surfactant homeostasis. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ebina-Shibuya, R., Watanabe-Matsui, M., Matsumoto, M., Itoh-Nakadai, A., Funayama, R., Nakayama, K., Muto, A., Igarashi, K.
  • 雑誌名: J. Biochem. 巻: 160 ページ: 333-344
  • NAID: 40021050454
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genomewide approaches for BACH1 target genes in mouse embryonic fibroblasts showed BACH1-Pparg pathway in adipogenesis. (2016)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto M, Kondo K, Shiraki T, Brydun A, Funayama R, Nakayama K, Yaegashi N, Katagiri H, Igarashi K.
  • 雑誌名: Genes Cells. 巻: in press 号: 6 ページ: 553-567
  • DOI: 10.1111/gtc.12365
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Human genetic variation database, a reference database of genetic variations in the Japanese population. (2016)
  • 著者名/発表者名: Higasa K, Miyake N, Yoshimura J, Okamura K, Niihori T, Saitsu H, Doi K, Shimizu M, Nakabayashi K, Aoki Y, Tsurusaki Y, Morishita S, Kawaguchi T, Migita O, (中略), Matsumoto N, Matsuda F.
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: advance online publication 号: 6 ページ: 547-553
  • DOI: 10.1038/jhg.2016.12
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Nrf2 suppresses macrophage inflammatory response by blocking proinflammatory cytokine transcription. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi EH, Suzuki T, Funayama R, Nagashima T, Hayashi M, Sekine H, Tanaka N, Moriguchi T, Motohashi H, Nakayama K, Yamamoto M.
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: 7 号: 1 ページ: 11624-11624
  • DOI: 10.1038/ncomms11624
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Genomic analysis identifies candidate pathogenic variants in 9 of 18 patients with unexplained West syndrome. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hino-Fukuyo N, Kikuchi A, Arai-Ichinoi N, Niihori T, Sato R, Suzuki T, Kudo H, Sato Y, Nakayama T, Kakisaka Y, Kubota Y, Kobayashi T, Funayama R, Nakayama K, Uematsu M, Aoki Y, Haginoya K, Kure S.
  • 雑誌名: Hum Genet. 巻: 134 号: 6 ページ: 649-658
  • DOI: 10.1007/s00439-015-1553-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mutations in PIGL in a patient with Mabry syndrome. (2015)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara I, Murakami Y, Niihori T, Kanno J, Hakoda A, Sakamoto O, Okamoto N, Funayama R, Nagashima T, Nakayama K, Kinoshita T, Kure S, Matsubara Y, Aoki Y.
  • 雑誌名: Am J Med Genet A. 巻: in press 号: 4 ページ: 777-785
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.36987
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Protein monoubiquitylation: targets and diverse functions (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa T, Nakayama K
  • 雑誌名: Genes to cells 巻: 7 号: 7 ページ: 543-562
  • DOI: 10.1111/gtc.12250
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Role of the Atg9a gene in intrauterine growth and survival of fetal mice. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kojima T, Yamada T, Akaishi R, Furuta I, Saitoh T, Nakabayashi K, Nakayama KI, Nakayama K, Akira S, Minakami H
  • 雑誌名: Reprod.Biol. 巻: 15 号: 3 ページ: 131-138
  • DOI: 10.1016/j.repbio.2015.05.001
  • NAID: 120005828503
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The artificial loss of Runx1 reduces the expression of quiescence-associated transcription factors in CD4(+) T lymphocytes. (2015)
  • 著者名/発表者名: Wong WF, Kohu K, Nagashima T, Funayama R, Matsumoto M, Movahed E, Tan GM, Yeow TC, Looi CY, Kurokawa M, Osato M, Igarashi K, Nakayama K, Satake M.
  • 雑誌名: Mol Immunol. 巻: 68 号: 2 ページ: 223-33
  • DOI: 10.1016/j.molimm.2015.08.012
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Rho-kinase inhibition during early cardiac development causes arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy in mice. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ellawindy A, Satoh K, Sunamura S, Kikuchi N, Suzuki K, Minami T, Ikeda S, Tanaka S, Shimizu T, Enkhjargal B, Miyata S, Taguchi Y, Handoh T, Kobayashi K, Kobayashi K, Nakayama K, Miura M, Shimokawa H.
  • 雑誌名: Arterioscler Thromb Vasc Biol. 巻: 35 号: 10 ページ: 2172-2184
  • DOI: 10.1161/atvbaha.115.305872
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] S6 Kinase- and beta-TrCP2-Dependent Degradation of p19Arf Is Required for Cell Proliferation (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa T, Araki T, Nakagawa M, Hirao A, Unno M, Nakayama K
  • 雑誌名: Molecular and cellular biology 巻: 20 号: 20 ページ: 3517-3527
  • DOI: 10.1128/mcb.00343-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] CRL4 E3 Ligase Promotes Monoubiquitylation and Chromatin Binding of TET Dioxygenases (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, T., Lv, L., Nakagawa, M., Yu, Y., Yu, C., D'Alessio, A. C., Nakayama, K., Fan, H., Chen, X. & Xiong, Y.
  • 雑誌名: Mol Cell 巻: 57 号: 2 ページ: 247-260
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2014.12.002
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Identification of acquired mutations by whole-genome sequencing in GATA-2 deficiency evolving into myelodysplasia and acute leukemia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara, T., Fukuhara, N., Funayama, R., Nariai, N., Kamata, M., Nagashima, T., Kojima, K., Onishi, Y., Sasahara, Y., Ishizawa, K., Nagasaki, M., Nakayama, K. & Harigae, H
  • 雑誌名: Ann Hematol 巻: 93 号: 9 ページ: 1515-1522
  • DOI: 10.1007/s00277-014-2090-4
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] HCV infection enhances Th17 commitment, which could affect the pathogenesis of autoimmune diseases (2014)
  • 著者名/発表者名: Kondo Y, Ninomiya M, Kimura O, Machida K, Funayama R, Nagashima T, Kobayashi K, Kakazu E, Kato T, Nakayama K, Lai MM, Shimosegawa T.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9(6) 号: 6 ページ: e98521-e98521
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0098521
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] GNE myopathy associated with congenital thrombocytopenia: a report of two siblings. (2014)
  • 著者名/発表者名: Izumi R, Niihori T, Suzuki N, Sasahara Y, Nishiyama A, Nishiyama S, Endo K, Kato M, Warita H, Konno H, Tateyama M, Nagashima T, Funayama R, Nakayama K, Kure S, Matsubara Y, Aoki Y, Aoki M.
  • 雑誌名: Neuromuscul. Disord. 巻: 24(12) 号: 12 ページ: 1068-1072
  • DOI: 10.1016/j.nmd.2014.07.008
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] Molecular analysis of Amyotrophic Lateral Sclerosis associated Cyclin F mutants. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yujiao Yu, Akane Morohoshi, Tadashi Nakagawa, Keiko Nakayama.
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2016-12-01
• [学会発表] ユビキチン化によるFACT複合体の機能制御 (2016)
  • 著者名/発表者名: 諸星茜、中川直、中山啓子
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2016-12-01
• [学会発表] H3K27ヒストン修飾によるエンハンサー制御のゲノムワイド解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 細金正樹、中山啓子
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2016-12-01
• [学会発表] 大腸がんにおけるタンパク質シトルリン化酵素PADI2の役割 (2016)
  • 著者名/発表者名: 舟山亮、谷口肇、水間正道、藤島史喜、小林実、大沼忍、海野倫明、中山啓子
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2016-12-01
• [学会発表] Reactivation of cell proliferation by continuous TGF-β treatment. (2016)
  • 著者名/発表者名: Tadashi Nakagawa, Masaki Hosogane, Ryo Funayama, Keiko Nakayama.
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2016-11-30
• [学会発表] 大腸癌で発現が抑制されるPeptidylarginine deiminase2の機能解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 谷口肇、舟山亮、小林実、高館達之、阿部友哉、水間正道、藤島史喜、大沼忍、内藤剛、海野倫明、中山啓子
  • 学会等名: 第75回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2016-10-06
• [学会発表] がん原遺伝子RASによる遺伝子サイレンシングの分子機構の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 舟山亮、細金正樹、長嶋剛史、中山啓子
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸コンベンションセンター（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] TGF-β刺激によるTFIID構成因子TAF7の分解とその役割の解明 (2015)
  • 著者名/発表者名: 中川直、細金正樹、舟山亮、中山啓子
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸コンベンションセンター（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] セルトリ細胞特異的β-TrCPノックアウトマウスの解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 諸星茜、中川直、中野星児、中山啓子.
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸コンベンションセンター（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] マウスES細胞におけるgemininの細胞周期と分化に対する制御. (2014)
  • 著者名/発表者名: 福本恵美子, Kundu, Lena Rani, 佐藤聡一郎, 細金正樹 & 中山啓子
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-11-27
• [学会発表] H3K27me3修飾パターン形成過程の時系列解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 細金正樹, 舟山亮, 城田松之 & 中山啓子
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-11-27
• [学会発表] 精子形成におけるE3ユビキチンリガーゼβ-TrCPの新規基質の同定と解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 久志瞭, 中川直, 中野星児, 遠藤尚博 & 中山啓子
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-11-25
• [学会発表] TFIID complex changes accompany epithelial-mesenchymal transition (EMT). (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, Tadashi & Nakayama, Keiko
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-11-25
• [学会発表] がん遺伝子による転写変化とエピゲノム変化 (2014)
  • 著者名/発表者名: 中山啓子
  • 学会等名: 第23回長崎障害者支援再生医療研究会
  • 発表場所: 長崎大学医学部良順会館（長崎県長崎市）
  • 年月日: 2014-11-04
  • 招待講演
• [備考] 東北大学がん医学コアセンター細胞増殖制御分野
  • URL: http://www.devgen.med.tohoku.ac.jp/
• [備考] がん医学コアセンター 細胞増殖制御分野
  • URL: http://www.devgen.med.tohoku.ac.jp/index.html