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比較保全ゲノミクスに基づくニューカレドニアの生物多様性創出機構解析と保全

研究課題

研究課題/領域番号 26304012
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分海外学術
研究分野 生物多様性・分類
研究機関京都大学

研究代表者

井鷺 裕司  京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (50325130)

研究分担者 陶山 佳久  東北大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (60282315)
内山 憲太郎  国立研究開発法人森林総合研究所, その他部局等, 研究員 (40501937)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2016年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2015年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2014年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
キーワード生物多様性保全 / トランスクリプトーム / 遺伝的分化 / 保全単位 / 空間的遺伝構造 / 絶滅危惧種 / 保全ゲノミクス / RAD-seq / RNA-seq / トランスクリプトーム解析 / 生物多様性ホットスポット / 生物保全 / RNAseq / 固有種
研究成果の概要

ニューカレドニアにおける生物多様性の実態と創出メカニズムを明らかにするために、ニューカレドニアにおいて、多様な形質を示す30種程度に種分化しているOxera属(シソ科)を解析対象分類群として、保全ゲノミクス的解析を行った。RNA-seqによって翻訳されている塩基配列情報を解読・解析することで、種分化や環境適応に関与している可能性のある遺伝子座を推定した。Oxera属のほぼ全種について網羅的なサンプリングを行い、縮約ゲノム情報を元に、有効な保全策につなげるために、種間関係、種内の遺伝的分化、種内個体群の分岐時期と有効サイズなどを明らかにした。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 4件、 招待講演 8件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [国際共同研究] Institut Agronomique Neo Caladonien(ニューカレドニア)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ニューカレドニア産希少植物 Oxera 属樹種間・種内の遺伝的関係解析2017

    • 著者名/発表者名
      藤田琴実、満行知花、綱本良啓、井鷺裕司、Gildas Gateble、陶山佳久
    • 学会等名
      第64回日本生態学会大会
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2017-03-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 著しい適応放散を示すニューカレドニア産Oxera属植物(シソ科)の保全ゲノミクス2017

    • 著者名/発表者名
      内山憲太郎、上野真義、成田あゆ、Gildas Gateble、陶山佳久、永野惇、井鷺裕司
    • 学会等名
      第64回日本生態学会大会
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] トランスクリプトームデータから探る種分化の歴史 -島嶼生態系での適応放散の事例から-2016

    • 著者名/発表者名
      内山憲太郎、上野真義、Gildas Gateble、陶山佳久、井鷺裕司
    • 学会等名
      森林遺伝育種学会第5回大会
    • 発表場所
      東京大学農学部
    • 年月日
      2016-11-11
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝的地域性の保全の必要性2016

    • 著者名/発表者名
      井鷺裕司
    • 学会等名
      第47回日本緑化工学会
    • 発表場所
      京都市、稲盛記念会館
    • 年月日
      2016-10-01
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] NGSによる大量塩基情報解読を活用した希少植物保全2016

    • 著者名/発表者名
      井鷺裕司
    • 学会等名
      日本植物学会第80回大会
    • 発表場所
      宜野湾市、沖縄コンベンションセンター
    • 年月日
      2016-09-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] genus Oxera in the south of New Caledonia.2016

    • 著者名/発表者名
      Kotomi Fujita, Yuji Isagi, Gildas Gatable, Manato Fushimi
    • 学会等名
      The 13th International Symposium on Integrated Field Science: Conservation and Utilization of Biodiversity
    • 発表場所
      Graduate School of Agriculture, Tohoku University
    • 年月日
      2016-03-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ニューカレドニア産希少シソ科木本Oxera baladicaの集団遺伝構造 -南北の分岐とその年代推定-2015

    • 著者名/発表者名
      成田あゆ、Gildas Gateble、伊津野彩子、陶山佳久、永野惇、手塚あゆみ 、井鷺裕司
    • 学会等名
      第47回種生物学シンポジウム
    • 発表場所
      かんぽの宿 岐阜羽島
    • 年月日
      2015-12-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Biological conservation by using genetic information.2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Isagi
    • 学会等名
      Oxera baladica, la Fontaine d’or de Nouvelle-Caledonie
    • 発表場所
      Mairie de Koumac, Koumac, New-Calledonia
    • 年月日
      2015-11-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Genetic differentiation among local populations of Oxera baladica.2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Suyama
    • 学会等名
      Oxera baladica, la Fontaine d’or de Nouvelle-Caledonie
    • 発表場所
      Mairie de Koumac, Koumac, New-Calledonia
    • 年月日
      2015-11-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Demographic history of Oxera baladica.2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Isagi
    • 学会等名
      Oxera baladica, la Fontaine d’or de Nouvelle-Caledonie
    • 発表場所
      Mairie de Koumac, Koumac, New-Calledonia
    • 年月日
      2015-11-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Conservation of biodiversity based on information obatined by Ubiquitous Genotyping2015

    • 著者名/発表者名
      Isagi Y
    • 学会等名
      Contribution of Genetics to Plant Conservation: International Seminar in Jardim Botânico do Rio de Janeiro
    • 発表場所
      Jardim Botânico do Rio de Janeiro, Brazil
    • 年月日
      2015-02-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of a novel method for conservation genetics with next-generation sequencing: Multiplexed ISSR (inter-simple sequence repeat) Genotyping by sequencing (MIG-seq)2015

    • 著者名/発表者名
      Suyama Y, Mastuki Y
    • 学会等名
      Contribution of Genetics to Plant Conservation: International Seminar in Jardim Botânico do Rio de Janeiro
    • 発表場所
      Jardim Botânico do Rio de Janeiro, Brazil
    • 年月日
      2015-02-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of a novel method for conservation genetics with next-generation sequencing: Multiplexed ISSR (inter-simple sequence repeat) Genotyping by sequencing (MIG-seq)2015

    • 著者名/発表者名
      Suyama Y, Mastuki Y
    • 学会等名
      Contribution of Genetics to Plant Conservation: Brazil-Japan International Workshop 2015
    • 発表場所
      Department of Genetics: Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo, Piracicaba, Brazil,
    • 年月日
      2015-02-03
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Conservation of biodiversity based on information obatined by Ubiquitous Genotyping2015

    • 著者名/発表者名
      Isagi Y
    • 学会等名
      Contribution of Genetics to Plant Conservation: Brazil-Japan International Workshop 2015
    • 発表場所
      Department of Genetics: Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo, Piracicaba, Brazil,
    • 年月日
      2015-02-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会・シンポジウム開催] Oxera baladica, la Fontaine d’or de Nouvelle-Caledonie2015

    • 発表場所
      Mairie de Koumac, Koumac, New-Calledonia
    • 年月日
      2015-11-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2022-02-01  

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