研究課題/領域番号 |
26330014
|
研究種目 |
基盤研究(C)
|
配分区分 | 基金 |
応募区分 | 一般 |
研究分野 |
情報学基礎理論
|
研究機関 | 京都大学 |
研究代表者 |
ジャンソン ジェスパー 京都大学, 白眉センター, 特定准教授 (60536100)
|
研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2018-03-31
|
研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
|
配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2016年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2015年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
|
キーワード | Algorithm theory / Computational complexity / Implementations / Graph algorithms / Phylogenetic tree / Consensus tree / Supertree / algorithm / computational complexity / phylogenetic tree / consensus tree |
研究成果の概要 |
本研究では、同意木の中でもよく使われる、過半数に基づく同意木、緩やかな同意木、貪欲同意木、頻度差同意木、アダムス同意木、R*同意木と2種類の局地同意木に関して高速アルゴリズムを構築した。上記のうちのいくつかは、数十年ぶりに改善に成功したものである。 次に、いくつかの基礎的な合成木問題の計算複雑さを示し、NP困難性を示す派生問題に対し近似アルゴリズムを設計した。ふたつの進化系統樹に対する根付き三つ組を計算するための、高速かつメモリ効率的な重心道に基づくアルゴリズムを示した。 最後に、閉路が互いに素な進化系統ネットワークであるゴールド木間の根付き三つ組距離を高速に計算する手法を示した。
|