| 研究課題/領域番号 |
26330275
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ソフトコンピューティング
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| 研究機関 | 鳥取大学 |
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研究代表者 |
木村 周平 鳥取大学, 工学研究科, 教授 (20342777)
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| 研究協力者 |
岡田 眞里子
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2018年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2018年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2017年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2016年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2015年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2014年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
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| キーワード | 遺伝子ネットワーク / 階層性 / ブートストラップ法 / 遺伝子ネットワーク同定 / Genetic network / GENIE3 / 階層構造 / 事前知識 / 疑似焼きなまし法 / 階層構造推定 |
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| 研究成果の概要 |
推定された遺伝子ネットワークには一般に多くの間違いが含まれている．そのような間違いを減らすために本研究では「生物ネットワークは階層性を持つ」という性質を利用する．ネットワークの階層性の検知にはClausetらの提案したHRGモデルを利用する．遺伝子ネットワーク同定法の推定した相互作用が，推定した階層性と矛盾する場合，それらの信用度を低いと判断する．しかしそもそも同定したネットワークには間違いが多いため，そこから階層性を推定することは簡単ではない．そこで本研究ではブートストラップ法と組み合わせた同定法によって，多数のネットワークを推定し，それらの多くに矛盾しない階層性を抽出する方法を提案した．
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
遺伝子ネットワーク同定は，がんなどの遺伝子を原因とする疾病に対する薬剤の標的遺伝子を見つけるためなどに利用可能と考えられている．本研究では遺伝子ネットワークの同定精度を改善するために，これまでに利用できなかった「ネットワークの階層性」という性質を利用する方法を開発した．提案手法は階層性だけでなく，これまで利用の難しかった複数の知識を利用することが可能と考えられ，さらなる同定精度の改善が期待できる．
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