| 研究課題/領域番号 |
26330336
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 立命館大学 |
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研究代表者 |
西川 郁子 立命館大学, 情報理工学部, 教授 (90212117)
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| 研究協力者 |
西川 建
福地 佐斗志
遠里 由佳子
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2016年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2015年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2014年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
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| キーワード | 機械学習 / ヒトタンパク質 / 天然変性領域 / リン酸化 / サポートベクターマシン / 進化的保存度 / オーソログ / 予測 / エントロピー / 進化的保存性 / タンパク質 / 独立成分分析 |
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| 研究成果の概要 |
ヒトタンパク質のリン酸化に対して、修飾部位の機械学習による予測を通して、天然変性領域(IDR)とドメインでの差に着目し，特に天然変性領域がもつ機能的役割を検討した。進化的保存性が低い領域ながら重要な翻訳後修飾も担うIDRは、部位ごとに保存性が異なり、特に機能性が確認されている修飾部位では保存性が高いことが確認できた。領域保存性を前提にできないIDRでも合理性をもつ部位特異的保存度として、複数種のオーソログを用いた定義を提案し、定量的解析を実現した。同時に、リン酸化部位も機能性の有無で分類すると、保存度に差が見られた。保存度情報も用いた機能性リン酸化部位予測は、IDRで精度82.1%を実現した。
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