| 研究課題/領域番号 |
26330341
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 近畿大学 (2015-2016)
独立行政法人理化学研究所 (2014) |
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研究代表者 |
宮下 尚之 近畿大学, 生物理工学部, 准教授 (20452162)
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| 研究協力者 |
高地 達也 近畿大学, 生物理工学部
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2016年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2014年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
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| キーワード | 分子動力学シミュレーション / REMD / 膜タンパク質 / アルツハイマー病 / γ切断酵素 / APP / 結合 / レプリカ交換法 / 結合配置予測 / レプリカ交換分子動力学法 / PSH |
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| 研究成果の概要 |
大きな膜タンパク質と小さな膜タンパク質のドッキングインターフェースを見つけるためのプログラムモジュールの開発を実施した。直接の目的としては膜タンパク質であるγ切断酵素とアミロイド前駆体タンパク質(APP)のドッキングインターフェースを見つけるために作成した。
①当初の次善策であるNAMDを用いたモジュールを作成した。現在、その公開も考えている。②ターゲットとなるγ切断酵素のシミュレーションを実施し、変異によりそのタンパク質の運動に大きな違いが生じる事がわかった。③作成したプログラムモジュールをγ切断酵素とAPPのドッキングシミュレーションに使用した。現在、詳細な解析を実施中である。
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