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文献全文からの網羅的な生物メタ情報抽出技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 26330343
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等)

研究代表者

山本 泰智  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授 (50470076)

研究分担者 川島 秀一  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任助教 (50314274)
片山 俊明  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任助教 (60396869)
岡本 忍  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授 (90623893)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2014年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードテキストマイニング / 微生物ゲノム / セマンティックウェブ / マニュアルアノテーション / 論文全文 / オープンアクセス / 文献全文 / 微生物 / ゲノム / NER / バクテリア
研究成果の概要

生命科学の基盤となる遺伝情報が収められたゲノムに関する情報を、その機能に着目して整理したり俯瞰したりするためにセマンティックウェブ(SW)と呼ばれる技術が注目されている。しかし、このゲノム情報を解釈する上で必須の知見の多くが、いまだ学術文献という自然言語で記載された媒体に収められているままであり、SW技術を利用したゲノム情報解析がしにくい状況にある。本研究では学術論文全文から生物学的に重要なデータを抽出する技術を開発し、その結果をResource Description Framework (RDF)で構造化した。

報告書

(5件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2018 2016 その他

すべて 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [学会発表] Towards Making Knowledge in Literature LOD2018

    • 著者名/発表者名
      Yasunori Yamamoto, Shinobu Okamoto, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama
    • 学会等名
      Biocuration 2018
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Text2LOD: building high-quality linked open annotation data concerning biological interests2016

    • 著者名/発表者名
      Yasunori Yamamoto
    • 学会等名
      Biocuration 2016
    • 発表場所
      ジュネーブ、スイス
    • 年月日
      2016-04-10
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] TogoGenome

    • URL

      http://togogenome.org/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2019-03-29  

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