市民科学活動との協働による在来・外来オオサンショウウオの環境DNA調査

• 研究課題/領域番号: 26440238
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生態・環境
• 研究機関: 神戸大学
• 研究代表者: 源 利文 神戸大学, 人間発達環境学研究科, 特命助教 (50450656)
• 研究協力者: 冨田 勢 ; 日高 舜介 ; 福本 想
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円); 2016年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: 環境DNA / リアルタイムPCR / オオサンショウウオ / 河川 / 市民科学 / チュウゴクオオサンショウウオ / 保全 / 環境教育 / 科学教育 / 保全生態学

研究成果の概要

特別天然記念物であるオオサンショウウオの環境DNA検出手法を確立し、分布域全域である西日本の河川で検出試験を行った。12水系の331地点で調査を行った結果、111地点でオオサンショウウオのDNAを検出した。この結果をもとに、生息適地モデルを作成したところ、既知の生息地とほぼ一致するモデルが得られ、環境DNA分析を用いた希少種の生息適地探索が可能であることが示された。研究の過程では市民団体や高等学校との協働も行い、お互いにとって意義のある連携が可能であることが明らかとなった。

研究成果

• [雑誌論文] Environmental DNA analysis for estimating the abundance and biomass of stream fish (2017)
  • 著者名/発表者名: Doi, H., Inui, R., Akamatsu, Y., Kanno, K., Yamanaka, H., Takahara, T., Minamoto, T.
  • 雑誌名: Freshwater Biology 巻: 62 号: 1 ページ: 30-39
  • DOI: 10.1111/fwb.12846
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nuclear internal transcribed spacer-1 as a sensitive genetic marker for environmental DNA studies in common carp Cyprinus carpio (2017)
  • 著者名/発表者名: Minamoto, T., Uchii, K., Takahara, T., Kitayoshi, T., Tsuji, S., Yamanaka, H., Doi, H.
  • 雑誌名: Molecular Ecology Resources 巻: 17 号: 2 ページ: 324-333
  • DOI: 10.1111/1755-0998.12586
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A simple method for preserving environmental DNA in water samples at ambient temperature by addition of cationic surfactant (2017)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, H., Minamoto, T., Matsuura, J., Sakurai, S., Tsui, S., Motozawa, H., Hongo, M., Sogo, Y., Kakimi, N., Teramura, I., Sugita, M., Baba, M., Kondo, A.
  • 雑誌名: Limnology 巻: 17 号: 2 ページ: 233-241
  • DOI: 10.1007/s10201-016-0508-5
  • NAID: 120006220788
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 環境DNA分析の手法開発の現状 -淡水域の研究事例を中心にして- (2016)
  • 著者名/発表者名: 高原輝彦・山中裕樹・源利文・土居秀幸・内井喜美子
  • 雑誌名: 日本生態学会誌 巻: 66 ページ: 583-599
  • NAID: 130006778156
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 環境DNA分析の野外調査への展開 (2016)
  • 著者名/発表者名: 山中裕樹・源利文・高原輝彦・内井喜美子・土居秀幸
  • 雑誌名: 日本生態学会誌 巻: 66 ページ: 601-611
  • NAID: 130006778146
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 在来希少種カワバタモロコの環境DNAによる検出系の確立 (2016)
  • 著者名/発表者名: 福岡有紗・高原輝彦・松本宗弘・兵庫県立農業高校生物部・丑丸敦史・源利文
  • 雑誌名: 日本生態学会誌 巻: 66 ページ: 613-620
  • NAID: 130006778145
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 環境DNA分析：新しい水棲生物分布調査法 (2016)
  • 著者名/発表者名: 内井喜美子・源利文・土居秀幸・高原輝彦・山中裕樹・片野泉
  • 雑誌名: 日本生態学会誌 巻: 66 ページ: 581-582
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] 環境DNA分析のさらなる進展にむけて (2016)
  • 著者名/発表者名: 源利文・内井喜美子・山中裕樹・高原輝彦・片野泉・土居秀幸
  • 雑誌名: 日本生態学会誌 巻: 66 ページ: 621-623
  • NAID: 130006778144
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] 環境ＤＮＡ分析手法による高校生研究活動への支援 (2016)
  • 著者名/発表者名: 源利文・伊藤真之・蛯名邦禎
  • 雑誌名: 日本科学教育学会研究会研究報告 巻: 30 ページ: 21-24
  • NAID: 130006655903
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] 市民による科学情報読み解きへの支援 -「IPCCレポートを根掘り葉掘り読む会」- (2016)
  • 著者名/発表者名: 蛯名邦禎・伊藤真之・梅村界渡・源利文
  • 雑誌名: 日本科学教育学会研究会研究報告 巻: 30 ページ: 17-20
  • NAID: 130006655906
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] On-site filtration of water samples for environmental DNA analysis to avoid DNA degradation during transportation (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, H., Motozawa, H., Tsuji, S., Miyazawa, R. C., Takahara, T., Minamoto, T.
  • 雑誌名: Ecological Research 巻: 31 号: 6 ページ: 963-967
  • DOI: 10.1007/s11284-016-1400-9
  • NAID: 40021004294
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of the environmental DNA method for estimating distribution and biomass of submerged aquatic plants (2016)
  • 著者名/発表者名: Matsuhashi, S., Doi, H., Fujiwara, A., Watanabe, S., Minamoto, T.
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 11 号: 6 ページ: e0156217-e0156217
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0156217
  • NAID: 120006220786
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Use of environmental DNA to survey the distribution of an invasive submerged plant in pond (2016)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara, A., Matsuhashi, S., Doi, H., Yamamoto, S., Minamoto, T.
  • 雑誌名: Freshwater Science 巻: 35 号: 2 ページ: 748-754
  • DOI: 10.1086/685882
  • NAID: 120006220785
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Techniques for the practical collection of environmental DNA: filter selection, preservation, and extraction (2016)
  • 著者名/発表者名: Minamoto, T., Naka, T. Moji, K and Maruyama, A.
  • 雑誌名: Limnology 巻: 17 号: 1 ページ: 23-32
  • DOI: 10.1007/s10201-015-0457-4
  • NAID: 40020699468
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The use of environmental DNA of fishes as an efficient method of determining habitat connectivity (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, H. and Minamoto, T.
  • 雑誌名: Ecological Indicators 巻: 62 ページ: 147-153
  • DOI: 10.1016/j.ecolind.2015.11.022
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel environmental DNA approach to quantify the cryptic invasion of non-native genotypes (2016)
  • 著者名/発表者名: Uchii, K., Doi, H. and Minamoto, T.
  • 雑誌名: Molecular Ecology Resources 巻: 16 号: 2 ページ: 415-422
  • DOI: 10.1111/1755-0998.12460
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of water pH and proteinase K treatment on the yield of environmental DNA from water samples (2016)
  • 著者名/発表者名: Tsuji, S., Yamanaka, H., Minamoto, T.
  • 雑誌名: Limnology 巻: 印刷中 号: 1 ページ: 1-7
  • DOI: 10.1007/s10201-016-0483-x
  • NAID: 40021062363
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preliminary experiment for detection method of fish inhabiting agricultural drainage canals using environmental DNA (2015)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Takahara, T., Minamoto, T., Doi, H., Mori, A., Watanabe, K. and Takemura, T.
  • 雑誌名: Irrigation, Drainage and Rural Engineering Journal 巻: 297
  • NAID: 130005075176
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The Release Rate of Environmental DNA from Juvenile and Adult Fish. (2015)
  • 著者名/発表者名: Maruyama, A., Nakamura, K., Yamanaka, H., Kondoh, and M., Minamoto, T.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 9 号: 12 ページ: e114639-e114639
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0114639
  • NAID: 120006220782
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Use of droplet digital PCR for estimation of fish abundance and biomass in environmental DNA surveys (2015)
  • 著者名/発表者名: DOI Hiedeyuki ; UCHII Kimiko ; TAKAHARA Teruhiko ; MATSUHASHI Saeko ; YAMANAKA Hiroki ; MINAMOTO Toshifumi
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 10 号: 3 ページ: e0122763-e0122763
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0122763
  • NAID: 120006220783
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Effects of sample processing on the detection rate of environmental DNA from the Common Carp (Cyprinus carpio) (2015)
  • 著者名/発表者名: TAKAHARA Teruhiko ; MINAMOTO Toshifumi ; Doi Hideyuki
  • 雑誌名: Biological Conservation 巻: 183 ページ: 64-69
  • DOI: 10.1016/j.biocon.2014.11.014
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A basin-scale application of environmental DNA assessment for rare endemic species and closely related exotic species in rivers: A case study of giant salamanders in Japan (2015)
  • 著者名/発表者名: FUKUMOTO Sou ; USHIMARU Atushi ; MINAMOTO Toshifumi
  • 雑誌名: Journal of Applied Ecology 巻: 52 号: 2 ページ: 358-365
  • DOI: 10.1111/1365-2664.12392
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 環境DNA：エコヘルス研究の新しいツール (2014)
  • 著者名/発表者名: 源利文
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 249 ページ: 1264-1269
• [学会発表] 環境中のDNA情報を利用した 生物相調査手法の開発と実践 (2017)
  • 著者名/発表者名: 源利文
  • 学会等名: 日本畜産学会第122回大会
  • 発表場所: 神戸大学
  • 年月日: 2017-03-28
  • 招待講演
• [学会発表] ユニバーサルプライマーを用いたサンショウウオ属(Hynobius)の環境DNA検出 (2017)
  • 著者名/発表者名: 冨田勢 ; 神松幸弘 ; 山中裕樹 ; 永野昌博 ; 佐藤拓哉 ; 高原輝彦 ; 沢田隼 ; 勝原光希 ; 源利文
  • 学会等名: 第64回日本生態学会大会
  • 発表場所: 早稲田大学
  • 年月日: 2017-03-14
• [学会発表] 環境DNA分析手法に基づいて作成した生息適地モデルの評価ーオオサンショウウオ（Andrial japonicus）を例にー (2017)
  • 著者名/発表者名: 日高舜介 ; 勝原光希 ; 富田勢 ; 丑丸敦史 ; 山本哲史 ; 源利文
  • 学会等名: 第64回日本生態学会大会
  • 発表場所: 早稲田大学
  • 年月日: 2017-03-14
• [学会発表] 兵庫県篠山市の河川における希少魚種の環境DNA検出 (2017)
  • 著者名/発表者名: 河野健 ; 清野未恵子 ; 丹羽英之 ; 篠谷和彦 ; 田井彰人 ; 坂田雅之 ; 源利文
  • 学会等名: 第64回日本生態学会大会
  • 発表場所: 早稲田大学
  • 年月日: 2017-03-14
• [学会発表] 環境DNA分析を用いた生物多様性調査法の進展と応用可能性 (2017)
  • 著者名/発表者名: 源利文
  • 学会等名: 第64回日本生態学会大会
  • 発表場所: 早稲田大学
  • 年月日: 2017-03-14
  • 招待講演
• [学会発表] Environmental DNA anlysis: introduction and some examples of target species detection (2016)
  • 著者名/発表者名: MINAMOTO Toshifumi
  • 学会等名: The 5th Japan-Taiwan Ecology Workshop
  • 発表場所: Ryukoku Univeristy
  • 年月日: 2016-11-13
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] ユニバーサルプライマーを用いたサンショウウオ類の環境DNA検出 (2016)
  • 著者名/発表者名: 冨田勢 ; 神松幸弘 ; 山中裕樹 ; 永野昌博 ; 佐藤拓哉 ; 高原輝彦 ; 沢田隼 ; 源利文
  • 学会等名: 第81回日本陸水学会大会
  • 発表場所: 琉球大学
  • 年月日: 2016-11-03
• [学会発表] 環境DNAを用いたオオサンショウウオの生息適地モデルの作成と評価 (2016)
  • 著者名/発表者名: 日高舜介 ; 勝原光希 ; 富田勢 ; 丑丸敦史 ; 山本哲史 ; 源利文
  • 学会等名: 第81回日本陸水学会大会
  • 発表場所: 琉球大学
  • 年月日: 2016-11-03
• [学会発表] 環境DNA分析の現状と課題 (2016)
  • 著者名/発表者名: 源利文
  • 学会等名: 第81回日本陸水学会大会
  • 発表場所: 琉球大学
  • 年月日: 2016-11-03
• [学会発表] Estimating the distribution of the Japanese giant salamander (Andrias japonicus) by ecological niche modeling based on environmental DNA detection (2016)
  • 著者名/発表者名: MINAMOTO Toshifumi ; HIDAKA Shunsuke ; KATSUHARA Koki ; TOMITA Sei ; YAMAMOTO Satoshi ; USHIMARU Atushi
  • 学会等名: Ecological Society of America Annual Meeting 2016
  • 発表場所: Greater Fort Lauderdale/Broward County Convention Center
  • 年月日: 2016-08-07
  • 国際学会
• [学会発表] Environmental DNA analysis provides "snapshots" of species distribution (2016)
  • 著者名/発表者名: MINAMOTO Toshifumi
  • 学会等名: nternational symposium on alternative stable states: a unifying concept in global change ecology
  • 発表場所: Kyoto University
  • 年月日: 2016-07-28
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Application of environmental DNA analysis to ecological surveysMINAMOTO Toshifumi (2016)
  • 著者名/発表者名: MINAMOTO Toshifumi
  • 学会等名: International Symposium of Probiotics Application on Aquaculture
  • 発表場所: National Kao Hsiung Marine Uiversity
  • 年月日: 2016-07-13
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 環境DNA分析手法を用いたオオサンショウウオ(Andrias japonicus)の広域調査 (2016)
  • 著者名/発表者名: 日髙舜介, 勝原光希, 冨田勢, 丑丸敦史, 源利文
  • 学会等名: 第63回日本生態学会大会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-20
• [学会発表] 環境DNA分析によってどのような情報が得られるのか？ (2016)
  • 著者名/発表者名: 源利文
  • 学会等名: 第63回日本生態学会大会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-20
  • 招待講演
• [学会発表] 新たな環境DNAマーカーとしての核DNAの利用 (2015)
  • 著者名/発表者名: 源利文, 高原輝彦, 北吉匠文, 辻冴月, 山中裕樹, 内井喜美子, 土居秀幸
  • 学会等名: 日本陸水学会第80回大会
  • 発表場所: 北海道大学函館キャンパス（北海道・函館市）
  • 年月日: 2015-09-26
• [学会発表] 水を汲むだけで生物分布がわかる？環境DNA 手法の開発と実践 (2015)
  • 著者名/発表者名: 源利文
  • 学会等名: 第30回環境計量技術事例発表会
  • 発表場所: ANAクラウンプラザホテル神戸（兵庫県・神戸市）
  • 年月日: 2015-07-03
  • 招待講演
• [学会発表] Environmental DNA assessment of rare endemic species and closely related exotic species: a case study of giant salamanders in Japan (2015)
  • 著者名/発表者名: Minamoto, T., Fukumoto, S, Hidaka, S. and Ushimaru, A.
  • 学会等名: 2015 Society of Wetland Scientist Annual Meeting
  • 発表場所: Providence (USA)
  • 年月日: 2015-05-31
  • 国際学会
• [学会発表] eDNA解析による舞鶴湾におけるマアジ資源量の推定 (2015)
  • 著者名/発表者名: 山本哲史・南憲吏・深谷肇一・益田玲爾・宮下和士・近藤倫生・源利文
  • 学会等名: 日本生態学会第62回全国大会
  • 発表場所: 鹿児島大学（鹿児島市）
  • 年月日: 2015-03-18 – 2015-03-22
• [学会発表] 環境DNAを用いたクラゲ類の分布調査～舞鶴湾のアカクラゲを例に～ (2015)
  • 著者名/発表者名: 福田向芳・益田玲爾・藤原綾香・山本哲史・源利文
  • 学会等名: 日本生態学会第62回全国大会
  • 発表場所: 鹿児島大学（鹿児島市）
  • 年月日: 2015-03-18 – 2015-03-22
• [学会発表] 環境DNAとマルチプレックスPCRを用いた複数魚種の同時検出 (2015)
  • 著者名/発表者名: 福岡有紗・丑丸敦史・源利文
  • 学会等名: 日本生態学会第62回全国大会
  • 発表場所: 鹿児島大学（鹿児島市）
  • 年月日: 2015-03-18 – 2015-03-22
• [学会発表] 環境DNA手法の新たな展開～沈水植物の検出法の開発～ (2015)
  • 著者名/発表者名: 藤原綾香・松橋彩衣子・土居秀幸・源利文
  • 学会等名: 日本生態学会第62回全国大会
  • 発表場所: 鹿児島大学（鹿児島市）
  • 年月日: 2015-03-18 – 2015-03-22
• [学会発表] 環境DNAの正体を探る：挙動の分析と観察によるアプローチ (2015)
  • 著者名/発表者名: 橋爪裕宜・源利文
  • 学会等名: 日本生態学会第62回全国大会
  • 発表場所: 鹿児島大学（鹿児島市）
  • 年月日: 2015-03-18 – 2015-03-22
• [学会発表] 環境DNA分析を用いた希少在来種と近縁外来種の流域スケール調査：京都府桂川のオオサンショウウオを例に (2015)
  • 著者名/発表者名: 福本想・丑丸敦史・源利文
  • 学会等名: 日本生態学会第62回全国大会
  • 発表場所: 鹿児島大学（鹿児島市）
  • 年月日: 2015-03-18 – 2015-03-22
• [学会発表] A basin-scale application of environmental DNA assessment for rare endemic and exotic giant salamander species in Japan (2014)
  • 著者名/発表者名: Minamoto, T., Fukumoto, S., Ushimaru, A
  • 学会等名: Joint 2014 Annual Meeting British Ecological Society and Société Française d’Ecologie
  • 発表場所: Lille, France
  • 年月日: 2014-12-09 – 2014-12-12
• [学会発表] Assessment of the effect of artificial obstructions on fish migration in a river using environmental DNA (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, H., Minamoto, T.
  • 学会等名: Joint 2014 Annual Meeting British Ecological Society and Société Française d’Ecologie
  • 発表場所: Lille, France
  • 年月日: 2014-12-09 – 2014-12-12
• [学会発表] 環境 DNA 手法の希少生物種調査への応用:兵庫県下のため池におけるカワバタモロコの分布調査 (2014)
  • 著者名/発表者名: 源利文・福岡有紗・高原輝彦・兵庫県立農業高校生物部
  • 学会等名: 日本陸水学会第79回大会
  • 発表場所: 筑波大学（つくば市）
  • 年月日: 2014-09-10 – 2014-09-13
• [学会発表] Monitoring upstream migration of fish using environmental DNA: Towards a more efficient method for assessing habitat connectivity (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, H., Minamoto, T.
  • 学会等名: 2014 ESA Annual Meeting
  • 発表場所: Sacramento, California, USA
  • 年月日: 2014-08-10 – 2014-08-15
• [学会発表] Marine fish surveys using environmental DNA (2014)
  • 著者名/発表者名: Minamoto, T., Masuda, R., Takahashi, K., Maruyama, A., Yamanaka, H., Kasai, A., Kondoh, M.
  • 学会等名: 2014 ESA Annual Meeting
  • 発表場所: Sacramento, California, USA
  • 年月日: 2014-08-10 – 2014-08-15