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次世代DNAシークエンサーによるカンキツおよびその近縁植物の遺伝的分化過程の解析

研究課題

研究課題/領域番号 26450039
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 園芸科学
研究機関佐賀大学

研究代表者

永野 幸生  佐賀大学, 総合分析実験センター, 准教授 (00263038)

研究分担者 山本 雅史  鹿児島大学, 農水産獣医学域農学系, 教授 (00305161)
古藤田 信博  佐賀大学, 農学部, 准教授 (50355426)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2014年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードカンキツ / ヒマラヤンライム / ゲノム / 次世代シーケンサー / カンキツ近縁属 / 遺伝資源 / RAD-Seq / メキシカンライム / 遺伝子資源 / RAD-seq
研究成果の概要

最先端分析機器「次世代シーケンサー」を用いてDNAを分析することで、様々なカンキツの類縁関係を調べた。その結果、既知の知見をより厳密に再確認し、さらに、新規な発見をした。中でも特筆すべき発見は、新たに命名したヒマラヤンライムの発見である。ブータンで見つけたヒマラヤンライムは、世界中で知られているメキシカンライムと形態的に似ているが、DNAを調べるとメキシカンライムとは異なるものであった。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 3件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] 再生可能自然資源研究センター(ブータン)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] 雲南農業大学(中国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] RAD-Seq analysis of typical and minor <i>Citrus</i> accessions, including Bhutanese varieties2016

    • 著者名/発表者名
      Penjor T, Mimura T, Kotoda N, Matsumoto R, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H, Yamamoto M, Nagano Y.
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 66 号: 5 ページ: 797-807

    • DOI

      10.1270/jsbbs.16059

    • NAID

      130005290452

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Arabidopsis LBP/BPI related-1 and-2 bind to LPS directly and regulate PR1 expression2016

    • 著者名/発表者名
      Sayaka Iizasa, Ei'ichi Iizasa, Sawako Matsuzaki, Hiroyuki Tanaka, Yutaka Kodama,Keiichi Watanabe, Yukio Nagano
    • 雑誌名

      Scientific reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 27527-27527

    • DOI

      10.1038/srep27527

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Bacillus thuringiensis Serovar Tolworthi Strain Pasteur Institute Standard2015

    • 著者名/発表者名
      Kohzo Kanda, Kaede Nakashima, Yukio Nagano
    • 雑誌名

      Genome Announcements

      巻: 3 号: 4

    • DOI

      10.1128/genomea.00710-15

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 相同組換えで色々できちゃうDNAクローニング2015

    • 著者名/発表者名
      永野幸生・飯笹英一
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 93 ページ: 623-626

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Characterization of limes (Citrus aurantifolia) grown in Bhutan and Indonesia using high-throughput sequencing2014

    • 著者名/発表者名
      Tshering Penjor, Takashi Mimura, Ryoji Matsumoto, Masashi Yamamoto, Yukio Nagano
    • 雑誌名

      Sci. Rep

      巻: 4 号: 1 ページ: 4853-4853

    • DOI

      10.1038/srep04853

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ブータン王国における在来カンキツ類の調査とその葉緑体DNA分析2014

    • 著者名/発表者名
      Tshering Penjor, 永野幸生, 三村高史, 松本亮司, 山本雅史
    • 雑誌名

      園芸学研究

      巻: 13 号: 4 ページ: 307-314

    • DOI

      10.2503/hrj.13.307

    • NAID

      130004938804

    • ISSN
      1347-2658, 1880-3571
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Characterization of chloroplast matK sequences of Citrus tachibana and Citrus depressa, two indigenous species in Japan2014

    • 著者名/発表者名
      Yukio Nagano, Sayuri Inafuku-Teramoto, Misako Hashimoto, Takashi Mimura, Ryoji Matsumoto, Masashi Yamamoto
    • 雑誌名

      Advances in Horticultural Science

      巻: 28 ページ: 95-99

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] LPS誘導性遺伝子群のジーンオントロジー解析におけるArabidopsis LBP/BPI related-2 (AtLBR-2)の重要性について2017

    • 著者名/発表者名
      飯笹さやか, 飯笹英一, 渡邉啓一, 永野幸生
    • 学会等名
      第58回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Himalayan lime, a new citrus variety found in Bhutan2016

    • 著者名/発表者名
      Yukio Nagano
    • 学会等名
      Third Myanmar-Japan International Symposium
    • 発表場所
      Pathein University, Myanmar
    • 年月日
      2016-12-03
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Arabidopsis LBP/BPI related-2 (AtLBR-2) binds to LPS directly and regulates LPS-induced defense responses2016

    • 著者名/発表者名
      Sayaka Iizasa, Ei'ichi Iizasa, Keiichi Watanabe,Yukio Nagano
    • 学会等名
      The Cold Spring Harbor Asia conference on Latest Advances in Plant Development & Environmental Responses
    • 発表場所
      淡路夢舞台国際会議場
    • 年月日
      2016-11-29
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RAD-Seq analysis of Citrus species2016

    • 著者名/発表者名
      Yukio Nagano
    • 学会等名
      The 3rd International Workshop for Conservation Genetics of Mangroves
    • 発表場所
      琉球大学・西表研究施設
    • 年月日
      2016-10-18
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 完全配列を決定した Bacillus thuringiensis subsp. tolworthi のプロファージと転位領域の特徴づけ2016

    • 著者名/発表者名
      石動丸文子, 神田康三, 永野幸生
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度西日本支部大会
    • 発表場所
      長崎大学
    • 年月日
      2016-09-15
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ヒマラヤンライム等のブータンで発見した興味深いカンキツ遺伝資源2016

    • 著者名/発表者名
      永野幸生, Tshering Penjor, 三村高史, 古藤田信博, 松本亮司, 永野惇, 本庄三恵, 工藤洋, 山本雅史
    • 学会等名
      園芸学会
    • 発表場所
      名城大学
    • 年月日
      2016-09-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 中国雲南省におけるカンキツ遺伝資源の調査2016

    • 著者名/発表者名
      山本雅史, 楊学虎, 北島宣, 永野幸生
    • 学会等名
      園芸学会
    • 発表場所
      名城大学
    • 年月日
      2016-09-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 苦労続きのバチルス・チューリンゲンシス亜型tolworthi の全ゲノム配列決定2015

    • 著者名/発表者名
      永野 幸生, 中嶋 楓, 神田 康三
    • 学会等名
      NGS現場の会 第四回研究会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2015-07-01
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] ヘテロ接合性喪失による無性生殖するカンキツの遺伝的分化2015

    • 著者名/発表者名
      永野幸生・Tshering Penjor・三村高史・松本亮司・山本雅史
    • 学会等名
      日本農芸化学会2015年度大会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Loss of heterozygosity as a possible mechanism of genetic diversification of Citrus species2014

    • 著者名/発表者名
      Yukio Nagano, Tshering Penjor, Takashi Mimura, Ryoji Matsumoto, Masashi Yamamoto
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 無性生殖するライムで遺伝的分化がおこる仕組みとしての「ヘテロ接合性喪失」2014

    • 著者名/発表者名
      永野幸生・Tshering Penjor・三村高史・松本亮司・山本雅史
    • 学会等名
      園芸学会平成26年度秋季大会
    • 発表場所
      佐賀大学
    • 年月日
      2014-09-27 – 2014-09-29
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] カンキツとがんの遺伝的分化機構の類似性2014

    • 著者名/発表者名
      永野幸生・Tshering Penjor・三村高史・松本亮司・山本雅史
    • 学会等名
      2014年度日本農芸化学会西日本支部大会
    • 発表場所
      佐賀大学
    • 年月日
      2014-09-18 – 2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Gap Repair2014

    • 著者名/発表者名
      永野幸生
    • 学会等名
      第38回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム
    • 発表場所
      レイクサイドホテル久山
    • 年月日
      2014-09-11 – 2014-09-13
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] ブータンとインドネシアで生育しているライムの、ハイスループット・シークエンサーによる特徴づけ

    • URL

      http://www.iac.saga-u.ac.jp/lifescience/webpage_for_lime/index.html

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] クローンで増えるカンキツの識別技術の開発

    • URL

      http://www.iac.saga-u.ac.jp/lifescience/webpage_for_lime/for_the_public.html

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2022-02-16  

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