| 研究課題/領域番号 |
26450256
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
水圏生産科学
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| 研究機関 | 北海道大学 |
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研究代表者 |
東 典子 北海道大学, 水産科学研究科(研究院), 助教 (20374704)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
中途終了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2016年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2015年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2014年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
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| キーワード | アムールチョウザメ / 分子遺伝マーカー / STR / 遺伝的多様性 / 系統解析 / 水産養殖の遺伝的管理 / マイクロサテライトマーカー / 倍数性 |
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| 研究実績の概要 |
次世代シーケンスシステムによって、飼育下のアムールチョウザメ１個体のゲノムの網羅的解析を行い、Short tandem repeat（STR) 領域を含む約400bpの配列を数万配列抽出、整理し、その中で変異が出そうでかつジェノタイピング可能と思われる300配列について、PCRプライマーを設計し、その中から２段階の選抜を経て、国内に流通しているアムールチョウザメの親子判定・血縁判定などに有効とみられる28座を特定した。さらにこのマーカーの有効性を、飼育系統の３組の親子（計96個体）で確認し、最終的に最も有効で再現性の高いマーカーとして11座を選定した。マーカーのうち8座は3塩基モチーフ、3座は2塩基モチーフの繰り返し配列を含んでいた。3塩基モチーフのほうが遺伝子型判定がしやすいというメリットがあり、良質なマーカーを確立できたことになる。確立したマーカーによって、他の飼育系統魚のほか、北海道周辺に来遊した天然アムールチョウザメの遺伝子プロファイリングも試みた。これによって、マーカーの有効性が確立しただけでなく、天然魚の遺伝的多様性が飼育系統に比べてかなり高いことがわかった。また、ここで開発したマーカーだけでなく、ミトコンドリアDNAの部分配列・核DNAの部分配列、既報のSTRマーカーによる解析も試み、天然アムールチョウザメ・来遊個体数が多いダウリアチョウザメ・アムール＋ダウリア雑種を、形態によらず分子マーカーのみで判別する方法も開発した。この、天然アムールチョウザメの遺伝子プロファイリングについては、学会発表（日本水産学会平成28年度秋季大会）および国際誌での論文発表（Azuma et al. 2016, Ichthyological Research)を行った。
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