フェノタイピング可能なゲノムデータベースの開発と検証

• 研究課題/領域番号: 26460855
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 病院・医療管理学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 立川 察理 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助手 (90621483)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 中途終了 (2014年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2016年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2014年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / 分散処理

研究実績の概要

交付内定後より購入した文献にもとづいて、研究プロジェクトの基本的な技術的基盤についての調査を実施した。主な調査対象は、1) アラインメントなどの基本的なバイオインフォマティックスの基礎技術 2) MapReduce などの分散処理についての基本的知識 3) Hadoop や Spark による具体的な分散処理フレームワークである。
この調査を参考にして、まず Smith-WatermanならびにNeedleman-Wunschのアラインメントアルゴリズムをプログラミング言語 scala で試験実装した。つぎに分散処理システム spark を本研究費をもちいて契約した Amazon EC2上のサーバーに試験的に導入することに成功した。
しかしながら諸般の事情により、7月末日をもって東北大学を辞職するにいたった。
以後、医師としての診療業務に携わり、研究機関には所属しないため、科研費にもとづく研究の継続が不可能となった。