エピジェネティクス解析を用いたヒスタミン産生調節因子の探索

• 研究課題/領域番号: 26461482
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 膠原病・アレルギー内科学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 工藤 久智 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 助教 (80647678)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円); 2016年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
• キーワード: ヒスタミン / ヒスチジン脱炭酸酵素

研究成果の概要

ヒスタミン産生誘導実験と細胞試料の調整としてマウスマスト細胞細胞株P815の脱メチル化による転写活性実験を行った。P815細胞株を脱メチル化剤・5-アザシチジンを用いて処理するとプロモーター領域に脱メチル化が起こり、Hdc遺伝子の転写活性化が促進されることが報告されており、同様の処理を行いクロマチン免疫沈降(ChIP)解析のための試料調整を行った。この際に同時に調整した試料からcDNAを合成し、発現解析を行ったところHdc遺伝子の発現上昇が上記報告と同様に示された。また、ChIP解析予定のプロモーター領域にプライマーを設計し、PCRを行ったところ17箇所中15箇所で増幅の確認を示した。

研究成果

• [雑誌論文] バイオバンクにおける試料の品質管理 ― 東北メディカル・メガバンク計画での取り組み (2017)
  • 著者名/発表者名: 工藤久智，寺川貴裕，山下理宇
  • 雑誌名: ヒト疾患のデータベースとバイオバンク情報をどう使い、どう活かすか？ゲノム医療をどう実現するか？ 2017年 実験医学増刊 巻: 35 ページ: 122-127
• [雑誌論文] Adjustment of Cell-Type Composition Minimizes Systematic Bias in Blood DNA Methylation Profiles Derived by DNA Collection Protocols. (2015)
  • 著者名/発表者名: Shiwa Y, Hachiya T, Furukawa R, Ohmomo H, Ono K, Kudo H, Hata J, Hozawa A, Iwasaki M, Matsuda K, Minegishi N, Satoh M, Tanno K, Yamaji T, Wakai K, Hitomi J, Kiyohara Y, Kubo M, Tanaka H, Tsugane S, Yamamoto M, Sobue K, Shimizu A.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6 号: 1 ページ: 8018-8018
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0147519
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Validation of multiple single nucleotide variation calls by additional exome analysis with a semiconductor sequencer to supplement data of whole-genome sequencing of a human population (2014)
  • 著者名/発表者名: Motoike IN, Matsumoto M, Danjoh I, Katsuoka F, Kojima K, Nariai N, Sato Y, Yamaguchi-Kabata Y, Ito S, Kudo H, Nishijima I, Nishikawa S, Pan X, Saito R, Saito S, Saito T, Shirota M, Tsuda K, Yokozawa J, Igarashi K, Minegishi N, Tanabe O, Fuse N, Nagasaki M, Kinoshita K, Yasuda J, and Yamamoto M.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 10 号: 1 ページ: 637-637
  • DOI: 10.1186/1471-2164-15-673
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Evaluation of Biobank Sample Correctness and Integrity in TMM Biobank (2017)
  • 著者名/発表者名: Hisaaki Kudo
  • 学会等名: ISBER2017 Annual Meeting and Exhibits
  • 国際学会
• [学会発表] ゲノムコホート研究を支えるバイオバンクの構築について (2017)
  • 著者名/発表者名: 工藤久智
  • 学会等名: NGS現場の会 第5回研究会
  • 招待講演
• [学会発表] Reliability of ID Management in a Japanese Population-Based Biobank (2016)
  • 著者名/発表者名: Hisaaki Kudo, Ichiko Nishijima, Takahiro Terakawa, Takahiro Nobukuni, Noriko Ishida, Riu Yamashita, Yumi Yamaguchi-Kabata, Kaname Kojima, Sakae Saito, Soichi Ogishima, Fumiki Katsuoka, Masao Nagasaki, Jun Yasuda, Mamoru Satoh, Naoko Minegishi, Makoto Sasaki, Masayuki Yamamoto
  • 学会等名: Europe Biobank Week 2016
  • 発表場所: オーストリア、ウィーン
  • 年月日: 2016-09-13
  • 国際学会
• [学会発表] Assessment of ID Integrity with ABO blood typing from Questionnaire to Genomic Data in Japanese Biobank: ToMMo (2015)
  • 著者名/発表者名: Hisaaki Kudo, Ichiko Nishijima, Takahiro Terakawa, Takahiro Nobukuni , Sakae Saito, Soichi Ogishima, Fumiki Katsuoka, Masao Nagasaki, Jun Yasuda, Naoko Minegishi, Masayuki Yamamoto
  • 学会等名: ISBER 2015 Annual Meeting and Exhibits
  • 発表場所: アメリカ合衆国アリゾナ州フェニックス、シェラトンフェニックスダウンタウン
  • 年月日: 2015-05-05
  • 国際学会
• [学会発表] バイオバンクにおけるメガ級（数百万本）のサンプル管理について (2014)
  • 著者名/発表者名: 工藤久智
  • 学会等名: 第３回生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 宮城県仙台市 仙台国際センター
  • 年月日: 2014-10-04
  • 招待講演