| 研究課題/領域番号 |
26462124
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
呼吸器外科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
長山 和弘 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (00647935)
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| 研究分担者 |
中島 淳 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (90188954)
村川 知弘 東京大学, 医学部附属病院, 登録研究員 (50359626)
安樂 真樹 東京大学, 医学部附属病院, 特任准教授 (70598557)
似鳥 純一 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (40424486)
北野 健太郎 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (70647073)
垣見 和宏 東京大学, 医学部附属病院, 特任教授 (80273358)
松下 博和 東京大学, 医学部附属病院, 特任講師 (80597782)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2016年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2014年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
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| キーワード | 肺癌 / 遺伝子変異 / パッセンジャー変異 / neoantigen / 個別化医療 / 網羅的遺伝子解析 / エクソーム / トランスクリプトーム / ネオアンチゲン / 肺癌個別化医療 / 肺癌遺伝子変異の網羅的同定 / 変異検出パイプライン構築 |
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| 研究成果の概要 |
パッセンジャー変異を主とする腫瘍特異的遺伝子変異に由来する固有抗原を予測するシステムを構築した。まず肺癌6例のエクソームデータに対して、複数のソフトウェアを用いてミスセンス変異を検出するアルゴリズムを構築した。続いて、腫瘍特異的変異に対してMHC結合予測プログラムを用いて15例の肺癌患者の固有抗原を予測した。固有抗原候補の大半は、患者間で共有される頻度の高い変異由来でなく、個々の患者で異なるパッセンジャー変異に由来するものであることが確認された。そして、エクソームとトランスクリプトームデータを組み合わせることで、発現した変異mRNAに由来するn固有抗原候補に効率的に絞り込む手法を確立した。
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