FFPE臨床試料のプロテオーム解析プラットフォームの構築

• 研究課題/領域番号: 26505005
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: オミクス計測科学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 若林 真樹 京都大学, 薬学研究科, 助教 (70552024)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円); 2016年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: プロテオミクス / FFPE / LC-MS / プロテオーム / HE染色 / 高感度LC/MS / リン酸化プロテオミクス / 高感度分析

研究成果の概要

本研究課題を通じてFFPE組織からの効率的なタンパク質抽出法と、高感度LC-MS解析に資するタンパク質試料の前処理手法を確立し、FFPE組織の解析プラットフォームの大きな枠組みを提供することが可能となった。HE染色FFPE組織に関しては、非特異的に多量のタンパク質が染色液中に溶出し、本来のタンパク質分布などが変化していることが示唆されたため、今後プロテオーム解析に耐えうる試料であるかどうか結論付けることが必要であることも明らかとなった。

研究成果

• [雑誌論文] A conditional proteomics approach to identify proteins involved in zinc homeostasis (2016)
  • 著者名/発表者名: T. Miki, M. Awa, Y. Nishikawa, S. Kiyonaka, M. Wakabayashi, Y. Ishihama, I. Hamachi
  • 雑誌名: Nature Methods 巻: 13 号: 11 ページ: 931-937
  • DOI: 10.1038/nmeth.3998
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Extended coverage of singly and multiply phosphorylated peptides from a single titanium dioxide microcolumn (2015)
  • 著者名/発表者名: Masaki Wakabayashi, Yutaka Kyono, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
  • 雑誌名: Analytical chemistry 巻: 87 号: 20 ページ: 10213-21
  • DOI: 10.1021/acs.analchem.5b01216
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Hydrophilic Interaction Chromatography Using Meter-scale Monolithic Silica Capillary Column for Proteomics LC-MS. (2014)
  • 著者名/発表者名: Horie K, Kamakura T, Ikegami T, Wakabayashi M, Kato T, Tanaka N, Ishihama Y.
  • 雑誌名: Anal Chem 巻: 86 号: 8 ページ: 3817-24
  • DOI: 10.1021/ac4038625
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-Scale Identification of Phosphorylation Sites for Profiling Protein Kinase Selectivity. (2014)
  • 著者名/発表者名: Imamura H, Sugiyama N, Wakabayashi M, Ishihama Y.
  • 雑誌名: J Proteome Res. 巻: 13 号: 7 ページ: 3410-19
  • DOI: 10.1021/pr500319y
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [学会発表] Single cell proteome profiling using highly sensitive LC-MS system and In-capillary sample preparation method (2016)
  • 著者名/発表者名: Masaki Wakabayashi, Yasushi Ishihama
  • 学会等名: AOHUPO 2016
  • 発表場所: Nantou (Taiwan)
  • 年月日: 2016-09-22
  • 国際学会
• [学会発表] Single-cell proteome profiling: Innovations in sample preparation (2016)
  • 著者名/発表者名: Masaki Wakabayashi, Yasushi Ishihama
  • 学会等名: 15th Human Proteome Organization World Congress
  • 発表場所: Taipei (Taiwan)
  • 年月日: 2016-09-18
  • 国際学会
• [学会発表] 1細胞解析を指向した超高感度プロテオーム解析 プラットフォームの開発 (2016)
  • 著者名/発表者名: 若林 真樹、杉山 直幸、石濱 泰
  • 学会等名: 第29回バイオメディカル分析科学シンポジウム
  • 発表場所: 京都大学桂キャンパス（京都）
  • 年月日: 2016-09-02
• [学会発表] 極微量試料のプロテオーム解析手法の開発 ～1細胞プロテオーム解析プラットフォームの構築を目指して～ (2016)
  • 著者名/発表者名: 若林 真樹
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会2016年大会
  • 発表場所: 北里大学薬学部（東京）
  • 年月日: 2016-07-28
• [学会発表] 極微量プロテオーム解析手法の開発～1細胞プロテオーム解析への挑戦～ (2016)
  • 著者名/発表者名: 若林真樹
  • 学会等名: 北里疾患プロテオーム研究会
  • 発表場所: 北里大学理学部（神奈川）
  • 年月日: 2016-03-25
  • 招待講演
• [学会発表] 単一細胞プロテオーム解析技術の開発 (2015)
  • 著者名/発表者名: 若林真樹
  • 学会等名: BMAS2015
  • 発表場所: 長崎大学（長崎）
  • 年月日: 2015-08-21
• [学会発表] Single-cell proteome profiling: Innovations in sample preparation (2015)
  • 著者名/発表者名: Masaki Wakabayashi, Jordan T Aerts, Stanislav S Rubakhin, Yasushi Ishihama, Jonathan V Sweedler
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会2015年会
  • 発表場所: くまもと森都心プラザ（熊本）
  • 年月日: 2015-07-23
• [学会発表] Single cell proteome profiling using highly sensitive LC-MS system and In-capillary sample preparation (2015)
  • 著者名/発表者名: Masaki Wakabayashi, Jordan T Aerts, Elena V romanova, Stanislav S Rubakhin, Yasushi Ishihama, Jonathan V Sweedler
  • 学会等名: 63rd American society for mass spectrometry conference
  • 発表場所: St. Louis, United States
  • 年月日: 2015-05-31
• [学会発表] 超高感度LC-MSシステムを用いた単一細胞プロテオーム解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 若林真樹、Jordan T Aerts、Stanislav S Rubakhin、石濱泰、Jonathan V Sweedler
  • 学会等名: 日本薬学会第135年会
  • 発表場所: 神戸学院大学
  • 年月日: 2015-03-25 – 2015-03-28
  • 招待講演
• [学会発表] Downscaling proteome profiling: toward single cell proteomics (2014)
  • 著者名/発表者名: Masaki Wakabayashi, Jordan T Aerts, Stanislav S Rubakhin, Yasushi Ishihama, Jonathan V Sweedler
  • 学会等名: 14th Asia-Pacific International Symposium on Microscale Separations and Analysis
  • 発表場所: 京大桂キャンパス
  • 年月日: 2014-12-07 – 2014-12-10
• [学会発表] 1細胞プロテオーム解析への挑戦 (2014)
  • 著者名/発表者名: 若林真樹、Jordan T Aerts、Stanislav S Rubakhin、石濱泰、Jonathan V Sweedler
  • 学会等名: 第87回日本生化学会大会
  • 発表場所: 京都国際会館
  • 年月日: 2014-10-15 – 2014-10-18
  • 招待講演
• [学会発表] 単一細胞プロテオーム解析への挑戦 (2014)
  • 著者名/発表者名: 若林真樹、Jordan T Aerts、 Stanislav S Rubakhin、石濱泰、Jonathan V Sweedler
  • 学会等名: BMAS2014 第27回バイオメディカル分析科学シンポジウム
  • 発表場所: 帝京大学 板橋キャンパス
  • 年月日: 2014-08-20 – 2014-08-21