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汎ネットワーク初期化機構の探索研究

研究課題

研究課題/領域番号 26540157
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関前橋工科大学

研究代表者

坂田 克己  前橋工科大学, 工学部, 教授 (90545419)

連携研究者 齋藤 俊行  独立行政法人放射線医学総合研究所, 重粒子医科学センター, 主任研究員 (90205667)
小松 節子  独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構・作物研究所, 畑作物研究領域, 上席研究員 (90355751)
研究協力者 大柳 一  King Abdullah科学技術大学, 研究員
奥村 惇  前橋工科大学, 大学院工学研究科, 学生
石毛 健太郎  前橋工科大学, 大学院工学研究科, 学生
山下 祥平  前橋工科大学, 大学院工学研究科, 学生
藤枝 舜祐  前橋工科大学, 工学部, 学生
日高 拓未  前橋工科大学, 工学部, 学生
ラメシュ カタム  フロリダ農工大学, 生物学科, 専任講師
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2014年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードネットワークトポロジー / システムバイオロジー
研究成果の概要

ヒト免疫細胞株の細胞分化過程における転写因子約2,300 個から成る転写ネットワーク解析を行った。それにより、相互に抑制しあう二つの系列から成るシステムワイドな梯子状構造が転写ネットワーク中に有り、そのシステムワイドな構造が分化する細胞の状態遷移を誘導する事が示唆された。
転写ネットワーク、食物網および神経網の各ネットワーク挙動を表す数学モデルに基づいて共通の特性を探る研究を進めた。その結果、ネットワークを構成する実体に関わらない汎ネットワークなダイナミクスが示唆された。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Loss of variation of state detected in soybean metabolic and human myelomonocytic leukaemia cell transcriptional networks under external stimuli2016

    • 著者名/発表者名
      坂田 他
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 35946-35946

    • DOI

      10.1038/srep35946

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] System-wide analysis of the transcriptional network of human myelomonocytic leukemia cells predicts attractor structure and phorbol-ester-induced differentiation and dedifferentiation transitions2015

    • 著者名/発表者名
      Katsumi Sakata, Hajime Ohyanagi, Toshiyuki Saito, et al.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 8283-8283

    • DOI

      10.1038/srep08283

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] A stability analysis of the biological networks, transcriptional network, neural circuit and ecosystem2016

    • 著者名/発表者名
      坂田 克己
    • 学会等名
      SIAM Conferences on the Life Sciences
    • 発表場所
      ボストン(米国)
    • 年月日
      2016-07-11
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Stability Analysis of the Biological Networks, Transcriptional Network, Neural Circuit and Ecosystem2016

    • 著者名/発表者名
      Katsumi Sakata
    • 学会等名
      2016 SIAM Annual Meeting SIAM Conference on the Life Sciences
    • 発表場所
      Boston, MA, USA
    • 年月日
      2016-07-11
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 生命系ネットワークの安定性に関する解析研究2016

    • 著者名/発表者名
      山下祥平,藤枝舜祐,坂田克己
    • 学会等名
      情報処理学会、第78回全国大会
    • 発表場所
      慶應義塾大学 矢上キャンパス
    • 年月日
      2016-03-10
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 汎生物ネットワーク的な動特性の解析2015

    • 著者名/発表者名
      坂田 克己, 大柳 一, 齋藤 俊行
    • 学会等名
      日本応用数理学会2015年 研究部会連合発表会
    • 発表場所
      明治大学 中野キャンパス
    • 年月日
      2015-03-06 – 2015-03-07
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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