| 研究課題/領域番号 |
26540159
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 早稲田大学 (2016)
国立研究開発法人産業技術総合研究所 (2014-2015) |
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研究代表者 |
清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2016年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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| キーワード | 次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン / 次世代シークエンスデータ / Alignment free / Structural variation |
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| 研究成果の概要 |
近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データセット間で異なる特徴を持つゲノム配列のパターンを発見する手法の設計及び実装を行った．
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