次世代シーケンサーを用いたゲノム損傷マッピング

• 研究課題/領域番号: 26550030
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 放射線・化学物質影響科学
• 研究機関: 広島大学
• 研究代表者: 井出 博 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (30223126)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2015年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円); 2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: 放射線 / DNA損傷 / DNA修復

研究成果の概要

DNA-タンパク質クロスリンク（DPC）は，放射線や架橋性抗がん剤で生成する普遍的なゲノム損傷である。本研究では，ゲノム全体にわたるDPC損傷の分布を解析するための手法を検討した。DNAにクロスリンクしたタンパク質をビオチン標識し，アビジンビーズを用いてpull downすることによりDPCを含むDNA断片（DPC-DNA）を選択的に濃縮する方法を確立した。さらに，塩基配列解析のために，DPC-DNAにアダプターDNAを付加しPCRを行うことにより，DPC-DNAが増幅できることを確認した。

研究成果

• [雑誌論文] Role of isolated and clustered DNA damage and the post-irradiating repair process in the effects of heavy ion beam irradiation (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuka Tokuyama, Yoshiya Furusawa, Hiroshi Ide, Akira Yasui, Hiroaki Terato
  • 雑誌名: Journal of Radiation Research 巻: 56 号: 3 ページ: 000-000
  • DOI: 10.1093/jrr/rru122
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] Induction of DNA-protein cross-links by ionizing radiation and their repair in cells (2016)
  • 著者名/発表者名: Ide H, Sebata T, Kuboyama M, Xu X, Nakano T, Salem A, Shoulkamy M, Hirayama R, Uzawa A.
  • 学会等名: 14th International Workshop on Radiation Damage to DNA
  • 発表場所: Victorian Treasury Theatre, Melbourne, Australia
  • 年月日: 2016-03-20
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] DNA-タンパク質クロスリンク損傷の新規な定量法 (2015)
  • 著者名/発表者名: 瀬畑敬文，久保山政弥，中野敏彰，徐徐，Salem Amir，Shoulkamy Mahmoud，平山亮一，鵜澤玲子，井出博
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸国際展示場，神戸
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] 種々のDNA傷害因子が誘発するDNA-タンパク質クロスリンク損傷の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 久保山政弥，瀬畑敬文，謝明章，合田美月，Shoulkamy Mahmoud，Salem Amir，井出博，中野敏彰
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸国際展示場，神戸
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] X線照射したマウス腫瘍におけるDNA-タンパク質クロスリンクの生成・除去動態 (2015)
  • 著者名/発表者名: 中野敏彰，瀬畑敬文，久保山政弥，徐徐，Salem Amir，Shoulkamy Mahmoud，平山亮一, 鵜澤玲子，井出博
  • 学会等名: 日本放射線影響学会 第1回放射線ワークショップ
  • 発表場所: 富山大学黒田講堂，富山
  • 年月日: 2015-10-16
• [学会発表] Induction of DNA-protein cross-link damage by ionizing radiation and its elimination from the genome (2015)
  • 著者名/発表者名: Ide H, Nakano T, Sebata T, Kuboyama M, Hirayama R, Uzawa A, Furusawa Y.
  • 学会等名: 15th International Congress of Radiation Research
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center, Kyoto, Japan
  • 年月日: 2015-05-25
  • 国際学会
• [学会発表] アルデヒドが誘発するDNA損傷の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 中野敏彰，謝明章，合田美月，Mahmoud Shoulkamy，井出博
  • 学会等名: 日本環境変異原学会第43回大会
  • 発表場所: 一橋大学一橋講堂，東京
  • 年月日: 2014-12-04 – 2014-12-05
• [学会発表] Analysis of DNA-protein cross-link damage induced by ionizing radiation (2014)
  • 著者名/発表者名: Amir Salem，服部峻，瀬畑敬文，久保山政弥，中野敏彰，井出博
  • 学会等名: 第39回中国地区放射線影響研究会
  • 発表場所: 広島大学医学部，広島市
  • 年月日: 2014-07-18