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環境DNAから多種多様な生物種を同定する新規手法への挑戦

研究課題

研究課題/領域番号 26550089
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 自然共生システム
研究機関九州大学

研究代表者

佐藤 哲也  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (00457425)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2015年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード生物多様性 / 環境DNA / 環境保全 / 次世代シーケンサー / ユニバーサルプライマー
研究成果の概要

湖沼や河川では、生物の排泄物などから生じたと考えられる環境DNAが検出される。このようなDNAは環境中に生息する生物の種類を同定するために利用できるが、既存の方法では生物種特異的なプライマーを利用するため限定された生物種しか調べることができない。そこで本研究では、ユニバーサルプライマー配列を設計して、環境中に生息する多種多様な生物種を同定する新規手法を開発した。本研究の成果から、生物多様性の調査や保全への応用が期待される。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2015 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] ChromContact: A web tool for analyzing spatial contact of chromosomes from Hi-C data.2015

    • 著者名/発表者名
      Sato T, Suyama M.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 16 号: 1 ページ: 1060-1060

    • DOI

      10.1186/s12864-015-2282-x

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] GenomeCons: a web server for manipulating multiple genome sequence alignments and their consensus sequences2015

    • 著者名/発表者名
      Sato T, Suyama M
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 31 号: 8 ページ: 1293-1295

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btu803

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 環境DNAから多種多様な生物種を同定する新規手法2015

    • 著者名/発表者名
      佐藤哲也,大川恭行,須山幹太
    • 学会等名
      日本生態学会第62回全国大会
    • 発表場所
      鹿児島大学(鹿児島県・鹿児島市)
    • 年月日
      2015-03-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] ChromContactウェブサーバ

    • URL

      http://bioinfo.sls.kyushu-u.ac.jp/chromcontact/

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] GenomeConsウェブサーバ

    • URL

      http://bioinfo.sls.kyushu-u.ac.jp/genomecons/

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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