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シリカ細孔内におけるRNA3塩基認識の熱力学

研究課題

研究課題/領域番号 26620112
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 分析化学
研究機関茨城大学

研究代表者

山口 央  茨城大学, 理学部, 准教授 (10359531)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワードナノ細孔 / 三塩基認識 / DNA / 3塩基認識 / 3塩基認識
研究成果の概要

本研究では,リボソームなどで見られる3塩基認識の詳細解明を目的として,メソポーラスシリカが持つ均一メソ細孔空間を反応場とする実験系を構築し,以下の研究課題を遂行した。(1) 細孔内過冷却水を利用した短鎖DNA二重鎖の構造安定性評価:シリカメソ細孔内では3塩基認識が効率的に進行することを見いだした。(2) ループ構造を持つヘアピンループ構造の細孔内安定性:ループ部位のわずかな構造変化によって構造安定性が細孔内で低下することを見いだした。(3) 短鎖DNA二重鎖の安定性におよぼす空隙サイズの影響:サイズマッチングによる飛躍的な構造安定化を定量的に評価した。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 謝辞記載あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Stability of hairpin structure of (CCG)4 trinucleotide repeats inside amine-functionalized silica mesopores2016

    • 著者名/発表者名
      Akira Yamaguchi, Kazuyoshi Nasu, Naruki Wakaume, Yuuta Shibuya, Jun Kijima, Tetsuji Itoh
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 45 号: 12 ページ: 1425-1427

    • DOI

      10.1246/cl.160835

    • NAID

      130005475719

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] High-performance bio-sensor with enzymes immobilized on mesoporous membranes: Nanosized pores just corresponding to the size of an enzyme improve the stability of the sensor drastically2016

    • 著者名/発表者名
      Tetsuji Itoh, Akira Yamaguchi, Takashi Kyotani, Taka-aki Hanaoka, Fujio Mizukami
    • 雑誌名

      Adv. Porous Mater.

      巻: 4 号: 3 ページ: 157-165

    • DOI

      10.1166/apm.2016.1119

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thermodynamics of Complexation between Thiourea-Based Receptor and Acetate in Water/Acetonitrile Mixture2016

    • 著者名/発表者名
      T. Suzuki, Y. Shibuya, T. Sato, S. Nishizawa, I. Sato, A. Yamaguchi
    • 雑誌名

      Anal. Sci.

      巻: in press

    • NAID

      130005163085

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] シリカメソ細孔内でのヘアピン型DNAの二次構造安定性評価2016

    • 著者名/発表者名
      若梅成輝,那須一啓,渋屋祐太,木島惇,伊藤徹二,山口央
    • 学会等名
      第13回茨城地区分析技術交流会
    • 発表場所
      いばらき量子ビーム研究センター
    • 年月日
      2016-12-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 短鎖DNAの会合エネルギーと細孔サイズの相関2016

    • 著者名/発表者名
      増田翼,小林沙弥華,鈴木崇太郎,渋屋祐太,山口央
    • 学会等名
      第27回日本化学会関東支部茨城地区研究交流会
    • 発表場所
      東海村産業・情報プラザ
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] シリカメソ細孔内でのヘアピン型DNAの二次構造安定性評価2016

    • 著者名/発表者名
      若梅 成輝、 那須 一啓,渋屋 祐太,木島 惇,伊藤 徹二,山口 央
    • 学会等名
      日本分析化学会第65年会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2016-09-14
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Correlation between duplex formation of DNA fragments and pore size2016

    • 著者名/発表者名
      Tsubasa Masuda, Sayaka Kobayashi, Soutaro Suzuki, Yuuta Shibuya, Akira Yamaguchi
    • 学会等名
      RSC Tokyo International Conference 2016
    • 発表場所
      幕張メッセ
    • 年月日
      2016-09-08
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Optical Waveguide Spectroscopy for Study of Biological Events inside Inorganic Nanopores2015

    • 著者名/発表者名
      Akira Yamaguchi
    • 学会等名
      PACIFICHEM 2015
    • 発表場所
      Honolulu, Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-15
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] チオ尿素型アニオンレセプターと酢酸イオンの錯形成におよぼす水和の影響2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴矢,山口央
    • 学会等名
      第26回日本化学会関東支部茨城地区研究交流会
    • 発表場所
      日立市多賀市民プラザ
    • 年月日
      2015-11-27
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] チオ尿素型アニオンレセプターと酢酸イオンの錯形成の温度依存性2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴矢,山口央
    • 学会等名
      日本分析化学会第64年会
    • 発表場所
      九州大学伊都キャンパス
    • 年月日
      2015-09-09
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 水/アセトニトリル混合系におけるチオ尿素型レセプターの水素結合型錯体形成の温度依存性2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴矢,山口央
    • 学会等名
      平成27年度関東支部分析若手交流会
    • 発表場所
      晴海グランドホテル
    • 年月日
      2015-06-26
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] シリカナノ細孔内における3 塩基DNA 二重鎖形成の配列依存性2014

    • 著者名/発表者名
      吉田量子、山口央
    • 学会等名
      第11回茨城地区分析技術交流会
    • 発表場所
      いばらき量子ビーム研究センター
    • 年月日
      2014-12-05
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] アルミナナノ細孔内における4 塩基DNA の二重鎖の形成2014

    • 著者名/発表者名
      木村彩歩、佐藤翔平、山口央
    • 学会等名
      第11回茨城地区分析技術交流会
    • 発表場所
      いばらき量子ビーム研究センター
    • 年月日
      2014-12-05
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] シリカ細孔内における(CCG)n ヘアピン型2 次構造の安定性2014

    • 著者名/発表者名
      那須一啓, 渋屋祐太,山口央
    • 学会等名
      第11回茨城地区分析技術交流会
    • 発表場所
      いばらき量子ビーム研究センター
    • 年月日
      2014-12-05
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] アルミナナノ細孔を利用したバイオセンサー2014

    • 著者名/発表者名
      山口央
    • 学会等名
      第31回金属のアノード酸化皮膜の機能化部会(ARS)足柄コンファレンス
    • 発表場所
      いこいの村あしがら
    • 年月日
      2014-11-24 – 2014-11-28
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アルミナナノ細孔内における短鎖DNAの低温ハイブリダイゼーション2014

    • 著者名/発表者名
      山口央, 佐藤翔平
    • 学会等名
      第74回分析化学討論会
    • 発表場所
      日本大学工学部
    • 年月日
      2014-05-24 – 2014-05-25
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] 山口研究室HP

    • URL

      http://anal.sci.ibaraki.ac.jp/yama/yamalab.html

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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