ノンコーディングRNA機能による種特異性獲得の分子基盤解明

• 研究課題/領域番号: 26650001
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 分子生物学
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 廣瀬 哲郎 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (30273220)
• 研究協力者: 中條 岳志
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2014年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: 核酸 / 細胞・組織 / 発現制御 / 遺伝子 / 蛋白質 / ノンコーディングRNA / 核内構造体 / 種特異性 / エンハンサー

研究成果の概要

ヒト特異的NBPF ncRNAは核内構造体に局在し、ヒト特異的リピートクラスターのイントロン領域に由来する。まずスプライシング阻害剤を用いて、NBPF ncRNAが前駆体RNAからスプライシングで切り出されたイントロンに由来することが明らかにした。次にNBPF ncRNAを核内RNAノックダウン法で機能阻害し、次世代シーケンサーのRNA-seq解析を実施したところ、近傍のNOTCH2NLの発現を活性化していることが明らかになった。またNBPF ncRNAがRNA抽出過程で、著しい難溶性を示すことを発見し、それが核内構造体RNAであるNEAT1と共通の性質であることが明らかになった。

研究成果

• [国際共同研究] 西オーストラリア大学(オーストラリア)
• [雑誌論文] Architectural RNAs (arcRNAs): A class of long noncoding RNAs that functions as the scaffold of nuclear bodies (2016)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Chujo, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
  • 雑誌名: Biochim Biophys Acta 巻: 1859 号: 1 ページ: 139-146
  • DOI: 10.1016/j.bbagrm.2015.05.007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prion-like domains in RNA binding proteins are essential for building subnuclear paraspeckles. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hennig S, Kong G, Mannen T, Sadowska A, Kobelke S, Blythe A, Knott G, Iyer S, Ho D, Newcombe EA, Hosoki K, Goshima N, Hatters D, Trinkle-Mulcahy L, Hirose T*, Bond CS*, Fox AH* (*co-corresponding)
  • 雑誌名: J. Cell Biol. 巻: 210 号: 4 ページ: 3529-539
  • DOI: 10.1083/jcb.201504117
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Clues to long noncoding RNA taxonomy. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hirose T, Nakagawa S.
  • 雑誌名: Biochim. Biophys. Acta. 巻: 1859 号: 1 ページ: 1-2
  • DOI: 10.1016/j.bbagrm.2015.11.011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rapid and Efficient Elimination of Specific Nuclear Noncoding RNAs in Mammalian Cells with Antisense Oligonucleotides. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hirose, T., Mannen, T.
  • 雑誌名: Methods Mol. Biol. 巻: 1206 ページ: 149-156
  • DOI: 10.1007/978-1-4939-1369-5_13
  • ISBN: 9781493913688, 9781493913695
  • 査読あり
• [雑誌論文] Elements and machinery of non-coding RNAs: toward their taxonomy (2014)
  • 著者名/発表者名: Tetsuro Hirose, Yuichiro Mishima, Yukihide Tomari
  • 雑誌名: EMBO Reports 巻: 印刷中 号: 5 ページ: 489-507
  • DOI: 10.1002/embr.201338390
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Re-quantification of paraspeckle architectural components and an exploratory search for novel nuclear RNA bodies by using an improved RNA extraction method (2016)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Chujo, Tomohiro Yamazaki, Shinichi Nakagawa, Tetsuya Kawaguchi, Chikako Fujikawa, Ayaka Kubota, Toru Takumi, Tetsuro Hirose
  • 学会等名: Keystone symposia
  • 発表場所: Santa Fe,USA
  • 年月日: 2016-02-21
  • 国際学会
• [学会発表] NEAT1 lncRNAの難溶性を考慮したパラスペックル構造因子の再定量と構造構築原理の探究 (2015)
  • 著者名/発表者名: 中條 岳志、中川 真一、川口哲哉、内匠 透、廣瀬 哲郎
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] ノンコーディングRNAによる核内アーキテクチュア (2015)
  • 著者名/発表者名: 廣瀬哲郎
  • 学会等名: Aging, Bone and Cnacer Frontline Forum
  • 発表場所: 庭のホテル（東京都千代田区）
  • 年月日: 2015-05-25
  • 招待講演
• [学会発表] RNA機能と神経変性 (2015)
  • 著者名/発表者名: 廣瀬哲郎
  • 学会等名: 日本神経学会北海道支部会
  • 発表場所: 北海道大学（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2015-03-08
  • 招待講演
• [学会発表] Subnuclear architecture by long noncoding RNAs (2014)
  • 著者名/発表者名: Tetsuro Hirose
  • 学会等名: 理研セミナー
  • 発表場所: 理化学研究所横浜キャンパス（神奈川県・横浜市）
  • 年月日: 2014-12-08
  • 招待講演
• [学会発表] 難溶性RNAの解析：NEAT1 ncRNAの細胞内再定量と新しいRNA群の探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 中條岳志、廣瀬哲郎
  • 学会等名: 日本RNA学会年会
  • 発表場所: ウィンクあいち（愛知県・名古屋市）
  • 年月日: 2014-07-23 – 2014-07-25
• [図書] Long Noncoding RNAs: Structures and Functions (2015)
  • 著者名/発表者名: Mannen, T., Chujo, T., Hirose, T
  • 総ページ数: 22
  • 出版者: Springer