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DNAの鎖を切る代わりに塩基を切り出す制限酵素

研究課題

研究課題/領域番号 26650123
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 遺伝・染色体動態
研究機関東京大学

研究代表者

小林 一三  東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (30126057)

連携研究者 矢野 大和  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任助教 (20646773)
井出 博  広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (30223126)
福世 真樹  千葉大学, 医学研究院, 特任助教 (40639085)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2014年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
キーワードエピジェネティクス / 制限酵素 / 制限修飾系 / 細菌 / 塩基除去 / AP リアーゼ / DNA グリコシラーゼ / ピロリ菌
研究成果の概要

私達は、「動く遺伝子」としての性質に基づいて、 新しい基本立体構造を持つ制限酵素(R.PabI)を発見し、それに「塩基の切り出し活性 」(DNAグリコシラーゼ活性)を証明した(Miyazono et al. Nature Communications, 2014)。
本研究では、(1) 脱塩基サイトでDNAを切断する活性(AP リアーゼ)を証明した。(2) 鎖切断を作らないで、形質転換活性を損なうことを証明した。(3) 中温菌から、ホモログを精製し、DNA切断活性を証明した。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 6件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (11件) (うち招待講演 6件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Restriction-modification system with methyl-inhibited base excision and abasic-site cleavage activities2015

    • 著者名/発表者名
      Masaki Fukuyo, Toshiaki Nakano, Yingbiao Zhang, Yoshikazu Furuta, Ken Ishikawa, Miki Watanabe-Matsui, Hirokazu Yano, Takeshi Hamakawa, Hiroshi Ide, Ichizo Kobayashi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: Vol. 43, No. 5 号: 5 ページ: 2841-2852

    • DOI

      10.1093/nar/gkv116

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Microevolution of virulence-related genes in Helicobacter pylori familial infection.2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshikazu Furuta, Mutsuko Konno, Takako Osaki, Hideo Yonezawa, Taichiro Ishige, Misaki Imai, Yuh Shiwa, Mari Shibata-Hatta, Yu Kanesaki, Hirofumi Yoshikawa, Shigeru Kamiya, Ichizo Kobayashi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] To be or not to be: regulation in restriction-modification systems and other toxin-antitoxin systems2014

    • 著者名/発表者名
      Iwona Mruk, Ichizo Kobayashi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 42 (1) 号: 1 ページ: 70-86

    • DOI

      10.1093/nar/gkt711

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A sequence-specific DNA glycosylase mediates restriction-modification in Pyrococcus abyssi.2014

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Miyazono, Yoshikazu Furuta, Miki Watanabe-Matsui, Takuya Miyakawa, Tomoko Ito, Ichizo Kobayashi, Masaru Tanokura
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 5 号: 1 ページ: 3178-3178

    • DOI

      10.1038/ncomms4178

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Methylome diversification through changes in DNA methyltransferase sequence specificity.2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshikazu Furuta, Hiroe Namba-Fukuyo, Tomoko F. Shibata, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Mitsuyasu Hasebe, Ichizo Kobayashi
    • 雑誌名

      PLoS Genetics

      巻: 10

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DNA Double‐strand Breaks and Their Consequences in Bacteria and Their Genomes.2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi, Naofumi Handa, Kohji Kusano
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Life Sciences (eLS)

      巻: -

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Alterations in rRNA-mRNA interaction during plastid evolution.2014

    • 著者名/発表者名
      Kyungtaek Lim, Ichizo Kobayashi, and Kenta Nakai
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 31 号: 7 ページ: 1728-1740

    • DOI

      10.1093/molbev/msu120

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Epigenetics Driven Evolution2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      Baylor Collge での講演
    • 発表場所
      ヒューストン(米国)
    • 年月日
      2014-12-08
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] H. pylori evolution2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      VI International Symposium of Helicobacter pylori: natural history and implications for human health
    • 発表場所
      サンホセ(コスタリカ)
    • 年月日
      2014-12-03
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Epigenetics-driven Evolution2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      Emory University での講演
    • 発表場所
      アトランタ(米国)
    • 年月日
      2014-11-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Base-excising restriction enzymes!2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      Conference on Repair of Endogenous DNA Damage
    • 発表場所
      サンタフェ(米国)
    • 年月日
      2014-11-12 – 2014-11-16
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 細菌エピゲノムの進化:PacBioマ シンによるピロリ菌メチローム解読から2014

    • 著者名/発表者名
      小林一三
    • 学会等名
      第97回日本細菌学会関東支部総会
    • 発表場所
      東京ドームホテル(東京都文京区)
    • 年月日
      2014-10-30 – 2014-10-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Genome/methylome evolution in H. pylori: oncogenic bacteria2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      Center for Disease Control of China における講演
    • 発表場所
      北京(中国)
    • 年月日
      2014-10-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAから塩基を切り出す制限酵素2014

    • 著者名/発表者名
      小林一三
    • 学会等名
      日本遺伝学会第86回大会
    • 発表場所
      長浜バイオ大学(滋賀県長浜市)
    • 年月日
      2014-09-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Epigenetics-driven evolution?2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      16th Annual Meeting of the Society of Evolutionary Studies
    • 発表場所
      高槻現代劇場(大阪府高槻市)
    • 年月日
      2014-08-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Evolution of H. pylori2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      11th International Workshop on Pathogenesis and Host Response in Helicobacter Infections
    • 発表場所
      ヘルシンゴー(デンマーク)
    • 年月日
      2014-07-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Evolution of H. pylori2014

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi
    • 学会等名
      グダンスク大学生物学部微生物学科における講演
    • 発表場所
      グダンスク(ポーランド)
    • 年月日
      2014-07-01
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA methylation and base excision2014

    • 著者名/発表者名
      小林一三
    • 学会等名
      41th IMSUT Founding Commemorative Symposium (医科研創立記念シンポジウム)
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所(東京都港区)
    • 年月日
      2014-05-30 – 2014-05-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] Stress and Environmental Control of Gene Expression in Bacteria2016

    • 著者名/発表者名
      Iwona Mruk and Ichizo Kobayashi, Frans J. de Bruijn, Editor
    • 出版者
      Wiley-Blackwell Publishers
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 「種生物学研究」第39号 「エコロジカル・エピジェネティクス-生物の柔軟性の分子生態学-」2015

    • 著者名/発表者名
      小林一三、責任編集者:荒木希和子・土畑重人
    • 出版者
      種生物学会
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] Helicobacter pylori Research: From Bench to Bedside2015

    • 著者名/発表者名
      Ichizo Kobayashi, Steffen Backert and Yoshio Yamaoka eds.
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] 小林研究室ホームページ

    • URL

      http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/ikobaya/index.html

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2016-06-03  

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