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ゲノム変異によらない環境適応とそれを安定かつ長期的に記憶する機構

研究課題

研究課題/領域番号 26650138
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 進化生物学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

鈴木 真吾  国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員 (60379154)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2015年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2015年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード環境適応 / 実験進化 / ゲノム変異 / ゲノム立体構造 / 核様体タンパク質 / 細胞壁合成阻害剤 / 大腸菌 / ゲノム重複
研究実績の概要

生物システムは一般に、環境の変化に応じて表現型と遺伝子型を柔軟に変化させ、その環境に適応することが可能である。代表者らの先行研究により、ストレス環境下における耐性株の出現は、突然変異と選択からなる一般的な進化機構に加え、ゲノム変異を伴わない環境適応とその表現型を安定かつ長期的に記憶する機構が寄与していることが示唆されている。本課題では、抗菌薬の一種である細胞壁合成阻害剤に対する耐性能獲得をモデルとし、記憶機構を担う遺伝子群の同定およびその分子機構の解明を目指した。
ゲノムDNA立体構造の変化およびそれが保持されることによって適応能が安定かつ長期的に記憶されているという仮説のもと、昨年度は、ゲノムDNAの立体構造を制御するNAPs(Nucleoid Associated Proteins)遺伝子群破壊株の作製およびその進化実験により、記憶機構に関与すると考えられる複数のNAPs遺伝子の同定に成功した。また、細胞壁合成阻害剤に対する耐性能の獲得には、点変異や小規模な欠損および挿入変異の他に大規模なゲノム重複も大きく寄与することを明らかにした。
そこで本年度は、同定されたNAPs遺伝子群のさらなる解析を目指し、より詳細な進化実験を執り行ったところ、lrp、ihfA破壊株の耐性能獲得は顕著に抑制されることが判明した。また、大規模なゲノム重複に関与するとされているリコンビナーゼ遺伝子recA破壊株の進化実験およびゲノム変異解析を行ったところ、細胞壁合成阻害剤に対する耐性能の獲得過程においてゲノム重複が抑制され、少数の変異のみにて耐性化がなされていることが判明した。しかしながら、同定された変異を親株のゲノムに導入しても耐性能が付与されない場合が多々あり、ゲノム変異を伴わない環境適応および記憶機構の存在がより強く示唆された。

報告書

(2件)
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Phenotypic changes associated with the fitness cost in antibiotic resistant Escherichia coli strains2016

    • 著者名/発表者名
      Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa
    • 雑誌名

      Molecular Biosystems

      巻: Vol.12  No.2 号: 2 ページ: 414-420

    • DOI

      10.1039/c5mb00590f

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Suppression of antibiotic resistance acquisition by combined use of antibiotics2015

    • 著者名/発表者名
      S. Suzuki, T. Horinouchi, C. Furusawa
    • 雑誌名

      Jour. Biosci. Bioeng

      巻: - 号: 4 ページ: 467-469

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2015.02.003

    • NAID

      110010010232

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles2014

    • 著者名/発表者名
      S. Suzuki, T. Horinouchi, C. Furusawa
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 5 号: 1 ページ: 5792-5792

    • DOI

      10.1038/ncomms6792

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Development of an Automated Culture System for Laboratory Evolution2014

    • 著者名/発表者名
      Takaaki Horinouchi, Teruaki Minamoto, Shingo Suzuki, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa
    • 雑誌名

      Journal of Laboratory Evolution

      巻: in press 号: 5 ページ: 478-482

    • DOI

      10.1177/2211068214521417

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 実験進化による薬剤耐性菌の創出とオミクス解析を用いた耐性能推定2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾
    • 学会等名
      第75回日本寄生虫学会東日本大会
    • 発表場所
      東京都千代田区 LEN貸会議室 御茶ノ水 ニコライ堂前
    • 年月日
      2015-09-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 全自動実験進化システムによる多剤耐性菌の創出と進化プロセスの解析2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾
    • 学会等名
      新学術ゲノム支援2015年度拡大班会議
    • 発表場所
      京都府京都市 国立京都国際会館
    • 年月日
      2015-08-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Experimental evolution of antibiotic resistant Escherichia coli2015

    • 著者名/発表者名
      Shingo Suzuki
    • 学会等名
      QBiC Symposium 2015 High-Dimensional Data for the Design Principles of Life
    • 発表場所
      大阪府吹田市 理化学研究所生命システム研究センター
    • 年月日
      2015-08-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 大腸菌の実験進化による適応進化ダイナミクスの解析2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾、古澤力
    • 学会等名
      日本進化学会第17回大会
    • 発表場所
      東京都文京区 中央大学後楽園キャンパス
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of antibiotic resistance by transcritpome and genomics analyses2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾、堀之内貴明、古澤力
    • 学会等名
      第88回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      長良川国際会議場
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-28
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 実験進化とオミクス解析による微生物の適応・進化機構に関する研究2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木真吾
    • 学会等名
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      神戸大学(六甲第二キャンパス)神大会館(百年記念館)
    • 年月日
      2015-03-06 – 2015-03-08
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] バクテリアの抗生物質耐性を予測する新手法を開発

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2014/20141217_3/

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-01-06  

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