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大規模DNAバーコーディングで食物網解析を革新する

研究課題

研究課題/領域番号 26650144
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生物多様性・分類
研究機関京都大学

研究代表者

東樹 宏和  京都大学, 人間・環境学研究科(研究院), 助教 (60585024)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2014年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード生態学 / 群集 / 食物網 / ネットワーク / DNAバーコーディング / クモ / 群集生態学
研究成果の概要

本研究では、次世代シーケンシングに基づく大規模DNAバーコーディングによって、微小な捕食性節足動物類の体内に存在する餌種の検出技術の構築を行った。この新しい研究アプローチの確立には、サンプリングからDNA抽出、PCRプライマー設計、PCR増幅、シーケンシング、バイオインフォマティクス処理、および、群集生態学的統計解析と、多くのステップでの技術革新が求められ、当初、複数の問題から、技術開発が難航した。しかし、ひとつひとつの過程での技術改良を進めた結果、研究対象とする生物群を選ばずに、捕食-被食網といった生物間相互作用ネットワークを大規模に解明する一連の手法を開発することに成功した。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] High-throughput DNA barcoding for ecological network studies2015

    • 著者名/発表者名
      Toju H
    • 雑誌名

      Population Ecology

      巻: 57 号: 1 ページ: 37-51

    • DOI

      10.1007/s10144-014-0472-z

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 次世代シーケンサーで相互作用ネットワークを描く2015

    • 著者名/発表者名
      東樹宏和
    • 学会等名
      応用動物昆虫学会
    • 発表場所
      山形大学
    • 年月日
      2015-03-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 「エコミメティクス」の創成;ミクロ生命圏の異分野融合研究プロジェクトが目指す生態学の発展と応用2015

    • 著者名/発表者名
      東樹宏和
    • 学会等名
      日本生態学会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 年月日
      2015-03-22
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [図書] DNA情報で生態系を読み解く―環境DNA・大規模群集調査・生態ネットワーク―2016

    • 著者名/発表者名
      東樹宏和
    • 総ページ数
      224
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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