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シダ植物におけるミトコンドリアゲノム全長解読と計算機科学的な「細胞分画法」の開発

研究課題

研究課題/領域番号 26650146
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生物多様性・分類
研究機関日本女子大学

研究代表者

大槻 涼  日本女子大学, 理学部, 研究員 (10646962)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード次世代シーケンス / シダ植物 / ミトコンドリアゲノム / 無配生殖 / 次世代シーケンサー / ゲノム / ミトコンドリア / ヤブソテツ
研究成果の概要

本研究により、次世代シーケンスデータを使って、ヤブソテツの葉緑体全長配列を決定することに成功した。また、ヤブソテツのミトコンドリアゲノムのうち、主要な遺伝子の全長配列を決定することができた。しかし、ミトコンドリアゲノムに構造的な複数の構造(マルチパータイト構造)が存在する可能性が強く示され、当初の計画通りの遺伝子間領域を全て含む完全なミトコンドリアゲノム配列は決定に至らなかった。今後、より長いDNA断片からのシーケンスデータを利用することにより、完全な配列が得られることが期待できる。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] "PAFFT: A new homology search algorithm for third-generation sequencers."2015

    • 著者名/発表者名
      Misawa, Kazuharu, and Ryo Ootsuki.
    • 雑誌名

      Genomics

      巻: 106.5 ページ: 265-267

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] イチョウ(Ginkgo biloba)に見られる2種類の葉緑体ゲノム2017

    • 著者名/発表者名
      大槻涼 関本弘之
    • 学会等名
      日本植物分類学会 第16回大会
    • 発表場所
      京都大学(京都府京都市)
    • 年月日
      2017-03-09
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ヤブソテツ(Cyrtomium fortunei)オルガネラゲノムにおけるマルチパータイト構造の解析2016

    • 著者名/発表者名
      大槻涼 関本弘之
    • 学会等名
      日本植物学会 第80回大会
    • 発表場所
      沖縄コンベンションセンター(沖縄県宜野湾市)
    • 年月日
      2016-09-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 4^20 1兆通りの中の“使われていない”配列2016

    • 著者名/発表者名
      大槻涼 関本弘之
    • 学会等名
      日本進化学会 第18回大会
    • 発表場所
      東京工業大学(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-08-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ヤブソテツにおける葉緑体全長配列の解読2015

    • 著者名/発表者名
      大槻涼 関本弘之 三澤計治
    • 学会等名
      日本植物分類学会第14回大会
    • 発表場所
      福島大学(福島県福島市)
    • 年月日
      2015-03-05 – 2015-03-08
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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