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ゲノムワイド解析で解き明かす浅海性魚類の系統地理仮説―大東諸島回廊仮説の検証

研究課題

研究課題/領域番号 26650149
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生物多様性・分類
研究機関独立行政法人国立科学博物館

研究代表者

千葉 悟  独立行政法人国立科学博物館, 分子生物多様性研究資料センター, 特定非常勤研究員 (80599431)

研究分担者 栗岩 薫  国立科学博物館, 動物研究部, 短時間非常勤研究員 (50470026)
谷藤 吾朗  筑波大学, 生命環境科学研究科(系), 特任助教 (70438480)
研究協力者 後藤 亮  千葉県立中央博物館, 企画調整課, 研究員
村田 知慧  徳島大学, 大学院ヘルスバイオサイエンス研究部, 助教
片山 英里  国立科学博物館, 動物研究部, 支援研究員
小枝 圭太  鹿児島大学, 総合研究博物館, 特別研究員(PD)
吉田 朋弘  鹿児島大学, 大学院連合農学研究科, 博士後期課程
田代 郷国  鹿児島大学, 大学院連合農学研究科, 博士後期課程
小濱 久男  ダイビングサービス・ボロジノアイランド
小濱 伸也  ダイビングサービス・ボロジノアイランド
山田 捷夫  小笠原海洋開発株式会社
山田 鉄也  小笠原海洋開発株式会社
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2014年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード進化 / 集団 / RAD / 生物地理 / SNP / 生物系統地理 / 魚類相 / ddRAD / 分散 / 生物多様性 / 集団構造 / 大東諸島 / 南大東島 / ddRAD-seq
研究成果の概要

本研究は南日本の浅海性魚類相の形成メカニズムを明らかにすることを目的として,「大東諸島回廊仮説」をゲノムワイド解析によって検証しようとするものである.ユウゼンを材料とした次世代シーケンサーによる一塩基多型(SNP)の探索とジェノタイピングをおこなった.その結果,ゲノムの広範囲に分布する2278 SNPsのジェノタイプが決定された.これらのSNPsに基づき遺伝的集団構造を解析したところ,大東諸島と小笠原諸島の間で遺伝的交流の存在が示唆され,仮説が支持された.また、本研究によって生物系統地理における小規模な研究プロジェクトでも実施可能なゲノムワイド解析の基盤が整った.

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 謝辞記載あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Records of piebald individuals of Zebrasoma flavescens from the Ogasawara Islands.2016

    • 著者名/発表者名
      Keita Koeda, Kaoru Kuriiwa, Satoru N. Chiba
    • 雑誌名

      OGASAWARA RESEARCH

      巻: 42

    • NAID

      120005768002

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] First Japanese Specimen-based Record of Liopropoma tonstrinum (Teleostei: Serranidae), from Minami-daito Island, Daito Islands, southern Japan2015

    • 著者名/発表者名
      Koeda, K., S. N. Chiba and H. Motomura
    • 雑誌名

      Species Diversity

      巻: 20 号: 1 ページ: 19-22

    • DOI

      10.12782/sd.20.1.019

    • NAID

      110009963647

    • ISSN
      1342-1670, 2189-7301
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] First Records of Eight Gobioid Fishes (Perciformes, Gobioidei) from the Ryukyu Islands, Japan2014

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Suzuki, Koichi Shibukawa, I-Shiung Chen, Korechika Yano, Satoru N. Chiba, Keidou Uchino, Wataru Takase & Hiroshi Senou
    • 雑誌名

      Fauna Ryukyuana

      巻: 18 ページ: 9-38

    • NAID

      120006407189

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] RAD-sequenceデータによるユウゼン(チョウチョウウオ科)の系統地理2015

    • 著者名/発表者名
      千葉 悟,谷藤吾朗,村田智慧,後藤 亮,栗岩 薫,松浦啓一
    • 学会等名
      2015年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      近畿大奈良キャンパス
    • 年月日
      2015-09-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 南日本の沿岸性魚類の戦略的調査と魚類データベースが展望する動物地理学の新たな地平2015

    • 著者名/発表者名
      松浦啓一,瀬能 宏,本村浩之,遠藤広光,栗岩 薫,千葉 悟
    • 学会等名
      2015年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      近畿大奈良キャンパス
    • 年月日
      2015-09-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] RAD-Sequenceによる沿岸性魚類の系統地理学的研究2015

    • 著者名/発表者名
      千葉 悟
    • 学会等名
      魚類集団遺伝学若手の会研究発表会
    • 発表場所
      東海大学清水キャンパス
    • 年月日
      2015-08-28
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 海を隔て,海をつなぐ海流-タイ科魚類の系統地理と南大東島の魚類相から2014

    • 著者名/発表者名
      千葉悟
    • 学会等名
      公開シンポジウム:黒潮と南日本の魚たち-黒潮はベルトコンベヤーか障壁か?
    • 発表場所
      高知大学
    • 年月日
      2014-11-29
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] アカハタにおける遺伝的集団構造の歴史的変遷2014

    • 著者名/発表者名
      栗岩 薫
    • 学会等名
      公開シンポジウム:黒潮と南日本の魚たち-黒潮はベルトコンベヤーか障壁か?
    • 発表場所
      高知大学
    • 年月日
      2014-11-29
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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