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高次倍数性作物種の遺伝解析に有用な、新規活性型レトロトランスポゾンの探索

研究課題

研究課題/領域番号 26660007
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 遺伝育種科学
研究機関岡山大学

研究代表者

門田 有希  岡山大学, 環境生命科学研究科, 助教 (30646089)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
キーワード倍数性 / 遺伝解析 / 高速シーケンサー / 転移因子 / トランスポゾン / 次世代シーケンス / サツマイモ
研究成果の概要

本研究の目的は、高次倍数性作物種の遺伝解析に有用な新規レトロトランスポゾンファミリーを同定することであった。以前開発した手法をアレンジすることで、サツマイモのような非モデル作物種にも適用可能な新たな手法を開発した。本手法を用いた解析の結果、14種類の品種間挿入多型を示す候補レトロトランスポゾンファミリーを同定した。またそれらの品種間挿入多型を実験的にも証明した。あるファミリーについては全長配列の決定、あるいは挿入部位の詳細なシーケンス解析まで達成しており、当初の目的以上の成果を得た。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2014

すべて 学会発表 (3件)

  • [学会発表] 次世代シーケンスを利用したサツマイモにおける品種間挿入多型を示す 新規レトロトランスポゾンファミリーのスクリーニング2014

    • 著者名/発表者名
      今井佑美,門田有希,岡田吉弘,謝花治,小林晃,田淵宏朗,田原誠
    • 学会等名
      第6回中国地域育種談話会
    • 発表場所
      鳥取大学 乾燥地研究センター
    • 年月日
      2014-12-20
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] A novel method for screening retrotransposons that show high insertion polymorphism among sweet potato cultivars via high-throughput sequencing platform2014

    • 著者名/発表者名
      Yumi IMAI, Yuki MONDEN, Yoshihiro OKADA, Osamu JAHANA, Akira KOBAYASHI, Hiroaki TABUCHI, Makoto TAHARA
    • 学会等名
      6th Japan -China- Korea Sweetpotato Workshop
    • 発表場所
      Kagoshima Prefectural Citizens Exchange Center
    • 年月日
      2014-11-29
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 次世代シーケンスを利用したサツマイモにおける品種間挿入多型を示す 新規レトロトランスポゾンファミリーのスクリーニング2014

    • 著者名/発表者名
      今井 佑美,門田 有希,岡田 吉弘,謝花 治,小林 晃,田淵 宏朗,田原 誠
    • 学会等名
      日本育種学会 第126回講演会
    • 発表場所
      南九州大学
    • 年月日
      2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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