細菌の超低栄養好気的条件下での生育に機能する基礎代謝経路の全貌解明

• 研究課題/領域番号: 26660054
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 永田 裕二 東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (30237531)
• 研究分担者: 津田 雅孝 東北大学, 大学院生命科学研究科, 教授 (90172022) ; 大坪 嘉行 東北大学, 大学院生命科学研究科, 助教 (40342761)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2014年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
• キーワード: 炭酸固定 / oligotroph / スフィンゴモナッド / グリオキシル酸回路 / 次世代型シーケンサー / 次世代シーケンサー

研究成果の概要

典型的な好気性従属栄養環境細菌Sphingobium japonicum UT26株で見出された「adhX遺伝子が高発現すると大気中のCO2を取り込みながら有機炭素源非添加無機固体培地で生育可能となる現象」を解析し、adhXがアルコールデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードし、当該活性と本表現型とに相関関係があることを示すと共に、adhX依存的な本表現型が環境常在細菌が有する普遍性の高い低栄養環境適応戦略機構のひとつである可能性を提示した。

研究成果

• [雑誌論文] Complete genome sequence of Methylobacterium sp. strain AMS5, an isolate from a soybean stem (2016)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Minami, Yoshiyuki Ohtsubo, Mizue Anda, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Masayuki Sugawara, Kiwamu Minamisawa
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4(2) 号: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00144-16
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium sp. strain MI1205 (2016)
  • 著者名/発表者名: Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 4 号: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00246-16
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. Strain TKS, which was isolated from a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading microbial community (2016)
  • 著者名/発表者名: Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 4 号: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00247-16
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 4
  • DOI: 10.1128/genomea.00782-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a polyvinyl alcohol-degrading strain Sphingopyxis sp. 113P3 (NBRC 111507) (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y. Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 5
  • DOI: 10.1128/genomea.01169-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 22 号: 6 ページ: 413-424
  • DOI: 10.1093/dnares/dsv023
  • NAID: 120005850199
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader Burkholderia sp. HB-1 (NBRC:110738) (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Moriya A, Kato H, Ogawa N, Nagata Y, Tsuda M
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01283-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a polypropylene glycol and polyethylene glycol-degrading strain Sphingopyxis macrogoltabida EY-1 (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01399-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain Microbacterium sp. No.7 (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01400-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Sphingompyxis macrogoltabidus type strain NBRC 15033, originally isolated as a polyethylene glycol-degrader (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01401-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome (2015)
  • 著者名/発表者名: Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, and Hisayuki Mitsui
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 112(46) 号: 46 ページ: 14343-14347
  • DOI: 10.1073/pnas.1514326112
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehagoneases (2015)
  • 著者名/発表者名: Nagata Y, Ohtsubo, Y, Tsuda M
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology 巻: 99 号: 23 ページ: 9865-9881
  • DOI: 10.1007/s00253-015-6954-x
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Isolation of oxygenase genes for indigo-forming activity from an artificially polluted soil metagenome by functional screening using Pseudomonas putida strains as hosts (2015)
  • 著者名/発表者名: Hifofumi Nagayama, Tomonori Sugawara, Ryo Endo, Akira Ono, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, and Masataka Tsuda
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology 巻: in press 号: 10 ページ: 4453-4470
  • DOI: 10.1007/s00253-014-6322-2
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genetic determinants for fitness in soil by using signature-tagged mutagenesis. Microbiology (2014)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., J. Senbongi, Y. Ishibashi, R. Sudo, M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Microbiology 巻: in press 号: 5 ページ: 883-891
  • DOI: 10.1099/mic.0.077057-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural and Functional Analysis of Novel Haloalkane Dehalogenase with Two Halide-Binding Sites (2014)
  • 著者名/発表者名: Chaloupkova R, Prudnikova T, Rezacova P, Prokop Z, Koudelakova T, Daniel L, Brezovsky J, Ikeda-Ohtsubo W, Sato Y, Kuty M, Nagata Y, Smatanova IK, Damborsky J
  • 雑誌名: Acta Crystallographica Section D 巻: D70 号: 7 ページ: 1884-1897
  • DOI: 10.1107/s1399004714009018
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stepwise enhancement of catalytic performance of haloalkane dehalogenase LinB towards β-hexachlorocyclohexane (2014)
  • 著者名/発表者名: Ryota Moriuchi, Hiroki Tanaka, Yuki Nikawadori, Mayuko Ishitsuka, Michihiro Ito, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Jiri Damborsky, Zbynek Prokop, and Yuji Nagata
  • 雑誌名: AMB Express 巻: 4 号: 1 ページ: 72-72
  • DOI: 10.1186/s13568-014-0072-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 土壌微生物のノトバイオロジー (2016)
  • 著者名/発表者名: 加藤 広海、森 宙史、永山 浩史、大坪 嘉行、永田 裕二、黒川 顕、津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会シンポジウム「微生物エコシステムを制御せよ！最先端テクノロジーがもたらす複合微生物系研究のパラダイムシフト」
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] フェナントレン分解コンソーシアムに存在する非分解菌の分解菌に対する効果 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] フェナントレン分解コンソーシアムMixEPa4における構成細菌間の相互作用 (2016)
  • 著者名/発表者名: 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおけるFur制御下の機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉, 湯原 悟志, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター合成系遺伝子群の転写制御機構の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 野々山 翔太, 佐藤 拓哉, 岸田 康平, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] 環境常在細菌におけるアルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhX関与の普遍的低栄養環境適応戦略 (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲葉 慎之介, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] PCB/biphenyl分解細菌株が有する新規haloalkane dehalogenase遺伝子の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐藤 あや華, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] ハロアルカンデハロゲナーゼの細胞内酵素機能進化系の構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小山 旺, 森内 良太, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] DNA配列表示ツールSeqView (2016)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子traDEFの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 岸田 康平, 井上 慧, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] 土壌細菌叢変動とレジームシフト (2016)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、加藤広海、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第89回日本細菌学会ワークショップ「共創:微生物エコシステム構成原理」
  • 発表場所: 大阪交流センター（大阪府、大阪市）
  • 年月日: 2016-03-23
• [学会発表] SeqView: DNA 配列/アミノ酸配列の表示ツール (2016)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、森宙史、渡来直生、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、豊田敦、黒川顕、津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] フェナントレン分解細菌Burkholderia sp.HB-1株のゲノムと芳香属分解遺伝子の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 遺伝学的解析を用いた芳香族化合物分解コンソーシアムにおける分解菌と非分解菌の共在機構の解明 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ 加藤広海 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 渡来直生、森宙史、加藤広海、大坪嘉行、小椋義俊、永田裕二、豊田敦、藤山秋佐夫、林哲也、津田雅孝、黒川顕
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 鉄濃度依存的に発現変動する機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉 湯原悟志 野々山翔太 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] Burkholderia multivorans における鉄硫黄クラスター合成遺伝子群の転写制御に対するFur及びIscRの作用機作 (2016)
  • 著者名/発表者名: 野々山翔太 佐藤拓哉 岸田康平 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連機能未知遺伝子群traDEFの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平 井上慧 大坪嘉行 永田裕二 津田 雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 環境常在細菌が有する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子関与の新規極貧栄養環境適応機構 (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介 平野丈 宇井博紀 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたqTnSeq法の構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 阿部史歩 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] Haloalkane dehalogenases in bacteria (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuji Nagata, Ryota Moriuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, and Masataka Tsuda
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2015)
  • 発表場所: Honolulu, Hawaii, USA
  • 年月日: 2015-12-15
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播 (2015)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 第30回日本微生物生態学会年次大会シンポジウム「環境での遺伝子リスクの醸成：薬剤耐性と病原性の遺伝子伝播」
  • 発表場所: 土浦亀城プラザ（茨城県、土浦市）
  • 年月日: 2015-10-17
  • 招待講演
• [学会発表] メタゲノム情報を基盤とした汚染土壌の細菌コンソーシアムの研究 (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、小川なつみ、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第30回日本微生物生態学会年次大会
  • 発表場所: 土浦亀城プラザ（茨城県、土浦市）
  • 年月日: 2015-10-17
• [学会発表] リボソームRNA遺伝子の染色体外への移行 (2015)
  • 著者名/発表者名: 按田瑞恵, 大坪嘉行, 大久保卓, 菅原雅之, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究, 三井久幸
  • 学会等名: 日本遺伝学会第87回大会ワークショップ12「ゲノムとOMICSの比較から現れた遺伝と進化をめぐる驚き」
  • 発表場所: 東北大学川内北キャンパス（宮城県、仙台市）
  • 年月日: 2015-09-24
• [学会発表] 有機塩素系農薬分解細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの機能解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2015年度大会
  • 発表場所: 東京大学弥生キャンパス（東京都、文京区）
  • 年月日: 2015-06-29
• [学会発表] GenomeMatcherのアノテーション支援機能 (2015)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年大会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌の分子育種 (2015)
  • 著者名/発表者名: 荷川取佑記, 宮崎亮, 古屋佑磨, 大畑智史, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年大会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [学会発表] スフィンゴモナッド細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介、平野丈、宇井博紀、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年大会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達宿主域に関する研究 (2015)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年大会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [学会発表] 複数の芳香族化合物による人工的汚染化土壌メタゲノムから取得したインディゴ生成活性を担うコスミドクローンの解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史、加藤広海、菅原智詞、遠藤諒、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] 芳香族化合物分解コンソーシアムに存在する分解菌と非分解菌の関係 (2015)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] クラスター化した代謝酵素遺伝子群の導入による有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌の分子育種 (2015)
  • 著者名/発表者名: 荷川取佑記、宮崎亮、古屋佑磨、大畑智史、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株におけるFurの機能及び発現制御機構の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉 木村明音 湯原悟志 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] 次世代シーケンサー由来のリード処理ツール: ShortReadManager (2015)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] 移植された土壌微生物の定着過程とその安定性について (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、森宙史、丸山史人、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] rRNA遺伝子オペロンが9-10 kbレプリコンのみに存在するゲノム構造をもつ細菌の系統分布 (2015)
  • 著者名/発表者名: 按田瑞恵、大坪嘉行、三井久幸、大久保卓、菅原雅之、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] 植物マイクロビオームメタゲノム配列のマッピングによるMethylobacterium 属細菌集団の植物種依存性の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 南 智之、按田瑞恵、大久保 卓、三井久幸、大坪嘉行、永田裕二、金子貴一、田畑哲之、津田雅孝、南澤 究
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] Host range of conjugation system encoded by naphthalene-catabolic plasmid NAH7 from Pseudomonas putida (2014)
  • 著者名/発表者名: Kouhei Kishida, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, and Masataka Tsuda
  • 学会等名: International Symposium of the International Society for Plasmid Biology Scientific Meeting 2014
  • 発表場所: Queensland, Australia
  • 年月日: 2014-10-27 – 2014-11-01
• [学会発表] rRNA遺伝子オペロンが9.4 kbレプリコンにのみ存在する細菌ゲノムの発見 (2014)
  • 著者名/発表者名: 按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、菅原雅之、三井久幸、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] フェナントレン分解細菌と共存する非分解優占種細菌の機能解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] 完全ゲノム配列比較に基づいた人為起源有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌の出現と進化の考察 (2014)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二、田端理朗、大畑智史、荷川取佑記、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] 土壌における微生物コミュニティの形成過程について (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、森宙史、丸山史人、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] 土壌細菌での鉄応答制御因子Furを介した転写調節機構の解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉、湯原悟志、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] クラスター化した代謝酵素遺伝子群の導入による有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane資化能を有する新規細菌株の分子育種 (2014)
  • 著者名/発表者名: 荷川取佑記、宮崎亮、古屋佑磨、大畑智史、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] 芳香族化合物複合汚染土壌から培養非依存的手法で取得したインディゴ生成活性に関与するコスミドクローンの解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史、菅原智詞、遠藤諒、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] 新規植物共生細菌Aurantimonas sp. AU20のゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、三井久幸、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
  • 学会等名: 植物微生物研究会第23回研究交流会
  • 発表場所: 岡崎
  • 年月日: 2014-09-07 – 2014-09-09
• [学会発表] 根粒超着生ダイズから分離された Methylobacterium sp.AMS5 のゲノム解析とミヤコグサにおける着生パターン (2014)
  • 著者名/発表者名: 南智之,按田瑞恵,大久保卓,三井久幸,大坪嘉行,永田裕二,津田雅孝, 南澤究
  • 学会等名: 植物微生物研究会第23回研究交流会
  • 発表場所: 岡崎
  • 年月日: 2014-09-07 – 2014-09-09
• [学会発表] Comparison of complete genome sequences of four gamma-hexachlorocyclohexane-degrading sphingomonad strains (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuji Nagata, Michiro Tabata, Satoshi Ohhata, Yuki Nikawadori, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda
  • 学会等名: 15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
  • 発表場所: Seoul, South Korea
  • 年月日: 2014-08-24 – 2014-08-29
• [学会発表] Effect of anutoregulation of nodulation on pland colonization of Methylobacterium sp. AMS5 isolated from hypernodulated soybean (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Minami, Mizue Anda, Takashi Ohkubo, Hisayuki Mitsui, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, and Kiwamu Minamisawa
  • 学会等名: 15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
  • 発表場所: Seoul, South Korea
  • 年月日: 2014-08-24 – 2014-08-29
• [学会発表] Genetic ecology of Methylobacterium species in legume plants (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Minami, Mizue Anda, Takashi Ohkubo, Hisayuki Mitsui, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, and Kiwamu Minamisawa
  • 学会等名: 15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
  • 発表場所: Seoul, South Korea
  • 年月日: 2014-08-23 – 2014-08-24
• [図書] Manual of Environmental Microbiology, 4th Edition (2015)
  • 著者名/発表者名: Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo, Y, Tsuda M
  • 出版者: ASM Press, Washington, DC