| 研究課題/領域番号 |
26660121
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
森林科学
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| 研究機関 | 北海道大学 |
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研究代表者 |
齋藤 秀之 北海道大学, (連合)農学研究科(研究院), 講師 (70312395)
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| 研究分担者 |
瀬々 潤 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 研究チーム長 (40361539)
小倉 淳 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授 (60465929)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2014年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
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| キーワード | 機能ゲノム学 / ドラフトゲノム / RNA-seq / DNA-seq / 次世代シーケンス / ゲノムアセンブリ / ブナ（Fagus crenata） / ブナ（Fagus crenata) / ゲノム / リファレンスゲノム / 機能注釈 / ブナ |
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| 研究成果の概要 |
ブナ目を代表してブナのゲノム構築法について検討を行い、ドラフトゲノムを構築した。ゲノム配列をアセンブリするソフトウェアはPlatanusが最良であった。ブナゲノムは対立する遺伝子座のヘテロ配列が大きく頻度が高い特徴をもつことが示唆された。RNA-seqのDe novoアセンブリは遺伝子の配列決定において配列数が収束せず、遺伝子推定にはゲノム配列情報が必須と考えられた。遺伝子ファミリー内での遺伝子の機能予測には、塩基配列情報に加えて遺伝子発現パターンが補助情報として有用であることが示唆された。最終的に523Mbp（カバー率96.9％）が完成した。
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