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深海・地殻内生命圏における細菌群集の多様性を規定するプラスミドの網羅的機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 26660154
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 水圏生産科学
研究機関国立研究開発法人海洋研究開発機構

研究代表者

吉田 光宏  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 深海・地殻内生物圏研究分野, 技術副主任 (60565555)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード深海 / 堆積物 / 極限環境 / プラスミド / メタゲノム
研究成果の概要

本研究では、深海堆積物環境中の可動性遺伝因子プラスミド集団の全体像を明確化した。東北沖水深500 m下の表層堆積物サンプルより抽出した全プラスミドDNAに対して網羅的メタゲノム解析を行った。その結果、プラスミドメタゲノム配列ライブラリー中より、フィルミクテスやデルタ・ガンマタイプを含むプロテオバクテリアに関連する配列が主に検出された。これらの遺伝子配列の多くは、糖・アミノ酸・エネルギー等の代謝関連をはじめ、翻訳、シグナル伝達、膜輸送に関与する遺伝子をコードしていた。以上の結果から、プラスミドが多様な深海底生細菌群集内での遺伝子伝播および生物機能の強化に重要な役割を果たすものと考えられる。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 3件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Identification and genomic analysis of temperate Pseudomonas bacteriophage PstS-1 from the Japan Trench at a depth of 7000 m2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshida M*, Yoshida-Takashima Y, Nunoura T, Takai K
    • 雑誌名

      Research in Microbiology

      巻: 166(9) 号: 9 ページ: 668-676

    • DOI

      10.1016/j.resmic.2015.05.001

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A New Fractionation and Recovery Method of Viral Genomes Based on Nucleic Acid Composition and Structure Using Tandem Column Chromatography2015

    • 著者名/発表者名
      Urayama S, Yoshida-Takashima Y, Yoshida M, Tomaru Y, Moriyama H, Takai K, Nunoura T
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 30 号: 2 ページ: 199-203

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME14174

    • NAID

      130005077995

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genomic characterization of a temperate phage of the psychrotolerant deep-sea bacterium Aurantimonas sp.2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshida M, Yoshida-Takashima Y, Nunoura T, Takai K
    • 雑誌名

      Extremophiles

      巻: 19 号: 1 ページ: 49-58

    • DOI

      10.1007/s00792-014-0702-5

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] イプシロンプロテオバクテリアが産生する細胞外膜小胞の形態学的・遺伝学的特徴2016

    • 著者名/発表者名
      吉田ゆかり, 吉田光宏, 西真郎, 高木善弘, 高井研
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第31回大会
    • 発表場所
      横須賀市文化会館(神奈川県横須賀市)
    • 年月日
      2016-10-23
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 一本鎖DNAウイルス群を標的とする定量的メタゲノミクス2016

    • 著者名/発表者名
      吉田光宏, 望月智弘, 浦山俊一, 吉田(高島)ゆかり, 西真郎, 高木善弘, 布浦拓郎, 高井研
    • 学会等名
      ファージ・環境ウイルス研究合同シンポジウム
    • 発表場所
      海洋研究開発機構・横須賀本部(神奈川県横須賀市)
    • 年月日
      2016-10-23
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 一本鎖DNAウイルス群を標的とする定量的メタゲノミクス2016

    • 著者名/発表者名
      吉田光宏, 望月智弘, 浦山俊一, 吉田(高島)ゆかり, 西真郎, 高木善弘, 布浦拓郎, 高井研
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第31回大会
    • 発表場所
      横須賀市文化会館(神奈川県横須賀市)
    • 年月日
      2016-10-21
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Genomic characterization of a temperate phage of the piezotolerant and psychrotolerant pseudomonas sp. from the Japan Trench at a depth of 7,000 m2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshida M, Yoshida-Takashima Y, Nunoura T, Takai K
    • 学会等名
      11th International Congress on Extremophiles
    • 発表場所
      京都大学・百周年時計台記念館(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-09-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Identification and genomic analysis of temperate Pseudomonas bacteriophage PstS-1 from the Japan trench at a depth of 7000 m2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshida M*, Yoshida-Takashima Y, Nunoura T, Takai K
    • 学会等名
      第30回日本微生物生態学会大会
    • 発表場所
      土浦市亀城プラザ(茨城県土浦市)
    • 年月日
      2015-10-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Fractionation of four types of viral nucleic acids by using hydroxyapatite and cellulose chromatography2015

    • 著者名/発表者名
      Urayama S, Yoshida-Takashima Y, Yoshida M, Takai K, Nunoura T
    • 学会等名
      34th Annual Meeting of the American Society for Virology
    • 発表場所
      ウェスタンオンタリオ大学(オンタリオ州ロンドン市,カナダ)
    • 年月日
      2015-07-11
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 極限環境におけるウイルスのゲノム解析2015

    • 著者名/発表者名
      吉田ゆかり,高木善弘,吉田光宏,布浦拓郎,高井研
    • 学会等名
      NGS現場の会 第四回研究会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2015-07-01
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [図書] 生物の科学 遺伝2015

    • 著者名/発表者名
      浦山俊一,吉田光宏,吉田(高島)ゆかり
    • 総ページ数
      100
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [備考] JAMSTEC機関リポジトリのホームページ

    • URL

      http://www.jamstec.go.jp/jir/infolib/meta_pub/G0000002REP

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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