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前房水短鎖RNAの網羅的解析による新規緑内障マーカー探索と機能評価

研究課題

研究課題/領域番号 26670263
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 応用薬理学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

田中 佑治  国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, センター研究員 (40625513)

研究分担者 河合 純  国立研究開発法人理化学研究所, 予防医療・診断技術開発プログラム, 副プログラムディレクター (30391923)
國方 彦志  東北大学, 医学系研究科, 准教授 (40361092)
藤田 幸輔  東北大学, 医学系研究科, 助手 (80708115)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2014年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードcirculating miRNA / 前房水 / 網羅的解析 / 次世代シーケンサー / circulating RNA / 短鎖RNA-Seq / 短鎖RNA / バイオマーカー
研究成果の概要

僅か数100μLの眼疾患患者由来前房水から微量のRNAを抽出し、次世代シーケンサーなどを用いた網羅的なRNA解析を試みた。1つの臨床検体から約360種類のmicroRNAを検出することに成功し、そのうちの約3分の1が白内障8検体で共通して検出された。これらの中で発現量上位40位のうち75%が研究期間中に報告された他研究と一致していた。サンプルを混合せずに個別に網羅的解析を試みた研究としては、研究期間初期に報告した我々のマイクロアレイ解析が初めてであり、また、次世代シーケンサーによる解析規模は最も大きい。さらに、周辺研究として、微量RNA解析手法や病態モデル評価法を検証し、基礎的知見を得た。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2016 2014

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 謝辞記載あり 2件、 オープンアクセス 2件)

  • [雑誌論文] Real-time imaging of RGC death with a cell-impermeable nucleic acid dyeing compound after optic nerve crush in a murine model.2016

    • 著者名/発表者名
      Tsuda S, Tanaka Y, Kunikata H, Yokoyama Y, Yasuda M, Ito A, Nakazawa T
    • 雑誌名

      Exp Eye Res

      巻: 146 ページ: 179-188

    • DOI

      10.1016/j.exer.2016.03.017

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書 2015 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Profiles of extracellular miRNAs in the aqueous humor of glaucoma patients assessed with a microarray system.2014

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Y, Tsuda S, Kunikata H, Sato J, Kokubun T, Yasuda M, Nishiguchi KM, Inada T, Nakazawa T.
    • 雑誌名

      Sci Rep.

      巻: 4 号: 1 ページ: 5089-5089

    • DOI

      10.1038/srep05089

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Neuroprotective effect against axonal damage-induced retinal ganglion cell death in apolipoprotein E-deficient mice through the suppression of kainate receptor signaling.2014

    • 著者名/発表者名
      10.Omodaka K, Nishiguchi KM, Yasuda M, Tanaka Y, Sato K, Nakamura O, Maruyama K, Nakazawa T.
    • 雑誌名

      Brain Res

      巻: 1586 ページ: 203-212

    • DOI

      10.1016/j.brainres.2014.08.053

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retinal transcriptome profiling at transcription start sites: a cap analysis of gene expression early after axonal injury2014

    • 著者名/発表者名
      Yasuda M, Tanaka Y, Nishiguchi KM, Ryu M, Tsuda S, Maruyama K, Nakazawa T
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15 号: 1 ページ: 982-982

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-982

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Artemin augments survival and axon regeneration in axotomized retinal ganglion cells.2014

    • 著者名/発表者名
      Omodaka K, Kurimoto T, Nakamura O, Sato K, Yasuda M, Tanaka Y, Himori N, Yokoyama Y, Nakazawa T.
    • 雑誌名

      J Neurosci Res.

      巻: 92 号: 12 ページ: 1637-1646

    • DOI

      10.1002/jnr.23449

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2019-12-27  

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