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ヒトマイクロバイオームによる疾患因子プロファイリング

研究課題

研究課題/領域番号 26700029
研究種目

若手研究(A)

配分区分一部基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関新潟大学

研究代表者

奥田 修二郎  新潟大学, 医歯学系, 准教授 (00512310)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
24,570千円 (直接経費: 18,900千円、間接経費: 5,670千円)
2017年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2016年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2015年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2014年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
キーワード腸内細菌 / マイクロバイオーム / メタゲノム / 種間相互作用 / 共生細菌叢
研究成果の概要

腸内細菌叢を始めとしたヒトマイクロバイオームの研究を推進する上で非常に重要なことが、どの細菌がどういう相互作用をしてその細菌叢を構築しているか、を推定することである。そのために必要となる基盤的手法の開発を実施した。細菌種間の相互作用を担う可能性の高い代謝系上の接点を推測し、これらの相互作用点を元に細菌種間相互作用ネットワークを推定する手法を開発した。これにより複雑なマイクロバイオーム内での細菌間の関係を解析および可視化できるようになる。

報告書

(5件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2018 2017 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 5件)

  • [雑誌論文] Genomic landscape of colorectal cancer in Japan: Clinical implications of comprehensive genomic sequencing for precision medicine.2016

    • 著者名/発表者名
      Nagahashi M, Wakai T, Shimada Y, Ichikawa H, Kameyama H, Kobayashi T, Sakata J, Sato N, Kitagawa Y, Uetake H, Yoshida K, Oki E, Kudo S, Izutsu H, Komada K, Nakada M, Tse J, Russell M, Heyer J, Powers W, Sun R, Ring J. E, Takabe K, Protopopov A, Ling Y, Okuda S, Lyle S.
    • 雑誌名

      Genome Medicine

      巻: 8 号: 1 ページ: 136-136

    • DOI

      10.1186/s13073-016-0387-8

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Large-scale analysis of evolutionary histories of phosphorylation motifs in the human genome.2015

    • 著者名/発表者名
      Hisayoshi Yoshizaki and Shujiro Okuda
    • 雑誌名

      GigaScience

      巻: 4 号: 1 ページ: 21-21

    • DOI

      10.1186/s13742-015-0057-6

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Genome-wide analysis of single nucleotide variants on phosphorylation motifs.2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshizaki, H., Ling Y., Kohno, M., Okuda, S.
    • 学会等名
      ASBMB2018
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inference of microbial interactions from human gut meta genome data.2017

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Y., Ling, Y. and Okuda, S.
    • 学会等名
      ISMB/ECCB2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ヒト腸内細菌の代謝反応データベース構築2016

    • 著者名/発表者名
      佃直紀、山本希、東光一、入江満、五斗進、奥田修二郎、守屋勇樹、森宙史、黒川顕、山田拓司
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京工業大学(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-03-04
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of a large-scale phosphorylation motifs in human proteome.2016

    • 著者名/発表者名
      Ling, Y., Yoshizaki, H. and Okuda, S.
    • 学会等名
      HUPO2016
    • 発表場所
      Taipei (Taiwan)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Proteome-wide human phosphomotif analysis.2016

    • 著者名/発表者名
      Okuda, S., Ling, Y., and Yoshizaki, H.
    • 学会等名
      ISMB2016
    • 発表場所
      Florida (USA)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ヒトゲノム上のリン酸化モチーフ解析2015

    • 著者名/発表者名
      吉崎尚良、奥田修二郎、河野美幸
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Evolutionary histories of phospho-motifs in the human genome.2015

    • 著者名/発表者名
      Shujiro Okuda and Hisayoshi Yoshizaki
    • 学会等名
      ISMB2015
    • 発表場所
      Conventio Centre Dublin, Dublin, Ireland
    • 年月日
      2015-07-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Large-scale analysis of the evolutionary history of phosphorylation motifs.2014

    • 著者名/発表者名
      Shujiro Okuda, and Hisayoshi Yoshizaki
    • 学会等名
      ASCB/IFCB2014
    • 発表場所
      Pennsylvania Convention Center, Philadelphia, USA
    • 年月日
      2014-12-09
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] A web tool to infer metagenomic contents from16S rRNA sequences.2014

    • 著者名/発表者名
      Shujiro Okuda, and Yu Watanabe
    • 学会等名
      ISME2014
    • 発表場所
      Coex Convention Center, Seoul, Korea
    • 年月日
      2014-08-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Characterizatoin of protein phosphorylation in the context of evolution.2014

    • 著者名/発表者名
      Shujiro Okuda, and Hisayoshi Yoshizaki
    • 学会等名
      ISMB2014
    • 発表場所
      Hynes Convention Center, Boston, USA
    • 年月日
      2014-07-13
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2019-03-29  

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