Regulatory DNA conserved between Phyla

• 研究課題/領域番号: 26700030
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 一部基金
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 18,850千円 (直接経費: 14,500千円、間接経費: 4,350千円); 2016年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円); 2015年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円); 2014年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
• キーワード: genome / orthology / alignment / probability / substitution / insertion / deletion / バイオインフォマティクス / 生体情報学 / 比較ゲノム

研究成果の概要

ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近の長いDNAの読み取りに有用であることが証明されています。

研究成果

• [雑誌論文] A Simplified Description of Child Tables for Sequence Similarity Search (2018)
  • 著者名/発表者名: Frith Martin、Shrestha Anish
  • 雑誌名: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 巻: - 号: 6 ページ: 1-1
  • DOI: 10.1109/tcbb.2018.2796064
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A survey of localized sequence rearrangements in human DNA (2017)
  • 著者名/発表者名: Frith Martin C、Khan Sofia
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 46 号: 4 ページ: 1661-1673
  • DOI: 10.1093/nar/gkx1266
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] EAGLE: Explicit Alternative Genome Likelihood Evaluator. (2017)
  • 著者名/発表者名: Tony Kuo, Martin Frith, Jun Sese, Paul Horton
  • 雑誌名: BMC Medical Genomics 巻: 11 号: Suppl 2 ページ: 28-28
  • DOI: 10.1186/s12920-018-0342-1
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Variable-order sequence modeling improves bacterial strain discrimination for Ion Torrent DNA reads (2017)
  • 著者名/発表者名: Poulsen Thomas M.、Frith Martin
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 18 号: 1 ページ: 299-299
  • DOI: 10.1186/s12859-017-1710-0
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Training alignment parameters for arbitrary sequencers with LAST-TRAIN (2017)
  • 著者名/発表者名: Hamada M, Ono Y, Asai K, Frith MC
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 33 号: 6 ページ: 926-928
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btw742
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] ALP & FALP: C++ libraries for pairwise local alignment E-values (2016)
  • 著者名/発表者名: Sheetlin S, Park Y, Frith MC, Spouge JL
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 32 ページ: 304-5
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Split-alignment of genomes finds orthologies more accurately (2015)
  • 著者名/発表者名: MC Frith, R Kawaguchi
  • 雑誌名: Genome Biology 巻: 16 号: 1 ページ: 106-106
  • DOI: 10.1186/s13059-015-0670-9
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [学会発表] Aligning sequences with arbitrary rearrangements and duplications (2017)
  • 著者名/発表者名: Martin Frith, Risa Kawaguchi, Michiaki Hamada
  • 学会等名: Advanced Genome Science International Symposium
  • 発表場所: University of Tokyo, Tokyo
  • 年月日: 2017-01-10
• [学会発表] Training alignment parameters for PacBio, Ion Torrent and Nanopore sequencers with last-train (2016)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Martin Frith
  • 学会等名: WABI 2016
  • 発表場所: Aarhus University, Aarhus, Denmark
  • 年月日: 2016-08-22
• [学会発表] LAST: statistically rigorous, large-scale sequence comparison (2016)
  • 著者名/発表者名: Martin Frith
  • 学会等名: WABI 2016
  • 発表場所: Aarhus University, Aarhus, Denmark
  • 年月日: 2016-08-22
• [学会発表] A survey of genome rearrangements in human evolution (2015)
  • 著者名/発表者名: MC Frith
  • 学会等名: 29th International Mammalian Genome Conference (IMGC)
  • 発表場所: Yokohama Port Memorial Hall(Yokohama, Kanagawa)
  • 年月日: 2015-11-11
  • 国際学会
• [学会発表] Split-alignment of genomes finds orthologies more accurately (2015)
  • 著者名/発表者名: MC Frith, R Kawaguchi
  • 学会等名: GIW/InCoB
  • 発表場所: MIRAIKAN(Odaiba, Tokyo)
  • 年月日: 2015-09-09
• [学会発表] Explaining the correlations among properties of mammal promoters (2015)
  • 著者名/発表者名: MC Frith
  • 学会等名: ISCB Africa
  • 発表場所: Dar es Salaam
  • 年月日: 2015-03-11
• [学会発表] Nanopore Sequencing for Genotyping Pathogens of Tropical Diseases (2015)
  • 著者名/発表者名: T Kischka, MC Frith, N Grundman, J Jamagishi, Y Suzuki, W Makalowski
  • 学会等名: ISCB Africa
  • 発表場所: Dar es Salaam
  • 年月日: 2015-03-10
• [備考] local-rearrangements
  • URL: https://github.com/mcfrith/local-rearrangements