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蛋白質における埋もれた極性残基の機能評価のためのデータベース構築

研究課題

研究課題/領域番号 26730148
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関東北大学

研究代表者

城田 松之  東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (00549462)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード蛋白質立体構造 / データベース / 水素結合 / 進化的保存 / 二次構造 / 蛋白質構造 / データベース開発
研究成果の概要

蛋白質は主に疎水性相互作用によって水溶液中で安定な構造を取るが,蛋白質内部に埋もれた極性残基が作る水素結合などの相互作用も構造と機能に重要な役割を果たす.しかし,これらの埋もれた極性残基は比較的稀な事象ととらえられており,天然の蛋白質における解析は十分に行われてこなかった.本研究ではこれらの埋もれた極性残基をProtein Data Bankから網羅的に集計し,立体構造のパターンと進化的保存についての特徴を解析したものである.これらの成果は蛋白質立体構造予測やデザインに応用できると期待される.

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2015 2014

すべて 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [学会発表] 蛋白質における埋もれた極性残基の進化的保存2015

    • 著者名/発表者名
      城田松之
    • 学会等名
      CPS研究会2015
    • 発表場所
      雄琴市,湯の宿木もれび
    • 年月日
      2015-09-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 埋もれた極性残基の進化的保存.2015

    • 著者名/発表者名
      城田松之
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢市,金沢大学角間キャンパス
    • 年月日
      2015-09-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] pdbBAM: a comprehensive mapping of Protein Data Bank proteins on the human genome.2015

    • 著者名/発表者名
      Matsuyuki Shirota
    • 学会等名
      ISMB/ECCB2015
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 年月日
      2015-07-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 蛋白質における埋もれた極性残基の構造と置換パターンの網羅的解析2014

    • 著者名/発表者名
      Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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