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Development of an intelligent dynamic docking pipeline for improving molecular docking simulations

研究課題

研究課題/領域番号 26730152
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関沖縄科学技術大学院大学

研究代表者

Hsin KunYi (HSIN KunYi)  沖縄科学技術大学院大学, その他の研究科, 研究員 (60604155)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワードDocking Simulation / Molecular Dynamics / Network Pharmacology / Machine Learning / Molecular Interaction / Drug Discovery
研究成果の概要

我々は、薬理学に基づく予測パイプラインネットワークを開発した。分子経路に関与するタンパク質に対する試験化合物の結合可能性を正確・効率的に予測できる。予測スコアと実験的結合親和性は、R>0.8と良好なパフォーマンスを示した。更に既知のバイオアッセイ結果と比較することにより、様々なキナーゼ阻害剤の選択性を予測した。この結果も高い一貫性を示している。インパクトの高い学術誌に発表し、システム生物学研究所や東京大学医科学研究所とのプロジェクトでも、創薬分子を同定するためこのツールを使用した。さらに、創薬関係者をはじめとした社会全体へ貢献できるよう、オープンアクセスでsystemsDockを公開した。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 3件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件) 備考 (2件) 産業財産権 (1件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] systemsDock: a web server for network pharmacology-based prediction and analysis.2016

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin, Yukiko Matsuoka, Yoshiyuki Asai, Kyota Kamiyoshi, Tokiko Watanabe, Yoshihiro Kawaoka and Hiroaki Kitano
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: . 号: W1 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1093/nar/gkw335

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target2015

    • 著者名/発表者名
      Chiba S, Akiyama Y, Sekijima M.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1038/srep17209

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Application of machine leaning approaches in drug target identification and network pharmacology.2015

    • 著者名/発表者名
      Hsin, K. Y. Kitano, H., Matsuoka, Y. and Ghosh, S.
    • 雑誌名

      IEEE

      巻: . ページ: 219-219

    • DOI

      10.1109/iciibms.2015.7439493

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Development of predictive machine leaning system in target protein identification and network pharmacology.2016

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin
    • 学会等名
      Advances in Systems and Synthetic Biology 2016
    • 発表場所
      Evry, France
    • 年月日
      2016-03-21
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Application of machine leaning approaches in drug target identification and network pharmacology2015

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Informatics and BioMedical Sciences (ICIIBMS 2015), Japan
    • 発表場所
      Okinawa, Japan
    • 年月日
      2015-11-28
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Discovery of anti-influenza agents and drug targets using pathway map (FluMap) and computational approaches2015

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin
    • 学会等名
      東京大学医科学研究所共同研究拠点成果報告会
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 年月日
      2015-03-06
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Combining machine learning systems and multiple docking simulations for network pharmacology2015

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin, Yukiko Matsuoka and Hiroaki Kitano
    • 学会等名
      4th Negative Strand Virus Symposium (NSV-J)
    • 発表場所
      Okinawa, Japan
    • 年月日
      2015-01-19 – 2015-01-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Molecular Docking Simulations in the Era of Network Pharmacology2014

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin
    • 学会等名
      第42回構造活性相関シンポジウム (日本薬学会-構造活性相関部会)
    • 発表場所
      Kumamoto, Japan
    • 年月日
      2014-11-13 – 2014-11-14
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] High-Throughput Virtual Molecular Docking2014

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin and Hiroaki Kitano
    • 学会等名
      BioJapan 2014, World Business Forum
    • 発表場所
      Yokohama, Japan
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-17
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Molecular Simulations for Network Pharmacology2014

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin, Samik Ghosh and Hiroaki Kitano
    • 学会等名
      Symposium EuroQSAR - Understanding Chemical-Biological Interactions
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
    • 年月日
      2014-08-31 – 2014-09-04
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Using machine learning systems and multiple docking simulations for network pharmacology making safer drugs2014

    • 著者名/発表者名
      Kun-Yi Hsin, Samik Ghosh and Hiroaki Kitano
    • 学会等名
      Advances in Biomolecular Modelling and Simulations using CHARMM
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 年月日
      2014-06-03 – 2014-06-06
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] systemDock, for network-based prediction.

    • URL

      http://systemsdock.unit.oist.jp/

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] Intelligent Dynamic Docking Pipeline (IDDP)

    • URL

      http://docking.unit.oist.jp/

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [産業財産権] Interaction prediction device, interaction prediction method, and computer program product2014

    • 発明者名
      Kun-Yi Hsin, Hiroaki Kitano
    • 権利者名
      Kun-Yi Hsin, Hiroaki Kitano
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2014-12-01
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 外国

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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