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構造に基づく理論的手法による光合成蛋白質におけるプロトン移動機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 26800224
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
研究機関東京大学

研究代表者

斉藤 圭亮  東京大学, 先端科学技術研究センター, 講師 (20514516)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2016年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2014年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
キーワード光合成 / プロトン移動 / 水分解 / 量子化学 / 分子動力学 / 水素結合 / 酸解離定数 / 蛋白質 / 酸素発生 / 蛋白質構造 / 理論化学 / 光化学系II / NMR化学シフト / 量子化学計算 / 酸解離定数pKa / 水分解反応 / 理論計算 / 水分子
研究成果の概要

高等植物・藻類が行っている酸素発生型の光合成では,光化学系II (PSII) 蛋白質が光エネルギーを使って水分子を分解し,1つの酸素分子と4つのプロトンが発生する.この水分解反応の機構を量子化学的計算によって明らかにした.4段階からなる水分解反応において,第一段階で1つのプロトンがPSIIの活性部位(Mn4CaO5錯体) 近くの水分子鎖を通って排出される.第三段階では,別のプロトンが錯体付近に存在するアスパラギン側鎖 (D1-Asp61)を経由して排出される.第四段階から第一段階に戻るときに残りのプロトンが排出される.

報告書

(5件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (30件)

すべて 2018 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 9件、 謝辞記載あり 4件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 3件、 招待講演 12件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] O2 evolution and recovery of the water-oxidizing enzyme2018

    • 著者名/発表者名
      Kawashima Keisuke、Takaoka Tomohiro、Kimura Hiroki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 号: 1 ページ: 1247-1247

    • DOI

      10.1038/s41467-018-03545-w

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Absorption-energy calculations of chlorophyll a and b with an explicit solvent model2018

    • 著者名/発表者名
      Saito Keisuke、Suzuki Takumi、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry

      巻: 358 ページ: 422-431

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2017.10.003

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Redox potentials of ubiquinone, menaquinone, phylloquinone, and plastoquinone in aqueous solution2017

    • 著者名/発表者名
      Kishi, K. Saito, Y. Kato, H. Ishikita
    • 雑誌名

      Photosynth. Res

      巻: 134 号: 2 ページ: 193-200

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0433-4

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Existence of an Isolated Hydronium Ion in the Interior of Proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Takuya、Saito Keisuke、Hasegawa Ryo、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie

      巻: 129 号: 31 ページ: 9279-9282

    • DOI

      10.1002/ange.201705512

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Origins of water molecules in the photosystem II crystal structure2017

    • 著者名/発表者名
      Naoki Sakashita, Hiroshi C. Watanabe, Takuya Ikeda, Keisuke Saito, Hiroshi Ishikita
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 56 号: 24 ページ: 3049-3057

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00220

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] pKa of ubiquinone, menaquinone, phylloquinone, plastoquinone, and rhodoquinone in aqueous solution2017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Hasegawa, Keisuke Saito, Tomohiro Takaoka, and Hiroshi Ishikita*
    • 雑誌名

      Photosynth. Res.

      巻: 印刷中 号: 1-3 ページ: 297-304

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0382-y

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 光合成水分解反応におけるプロトン移動2017

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 330 ページ: 098-100

    • NAID

      130005509477

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] pKa of a proton conducting water chain in photosystem II2016

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Takaoka, Naoki Sakashita, Keisuke Saito, and Hiroshi Ishikita*
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. Lett.

      巻: 7 号: 10 ページ: 1925-1932

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.6b00656

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Energetics of the proton transfer pathway for tyrosine D in photosystem II2016

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Saito*, Naoki Sakashita, and Hiroshi Ishikita
    • 雑誌名

      Aust. J. Chem.

      巻: 69 号: 9 ページ: 991-998

    • DOI

      10.1071/ch16248

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Energetics of proton release on the first oxidation step in the water-oxidizing enzyme2015

    • 著者名/発表者名
      K. Saito, A. W. Rutherford, H. Ishikita
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 号: 1 ページ: 8488-8488

    • DOI

      10.1038/ncomms9488

    • NAID

      120006348507

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] クロロフィルのかたちは機能にどう影響を及ぼすか: Photosystem IIを例に2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮,石北央
    • 雑誌名

      植物の生長調節 Regulation of Plant Growth & Development

      巻: 50 ページ: 133-138

    • NAID

      110010014906

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系IIにおける酸素発生反応と水の再取り込みの機構2018

    • 著者名/発表者名
      河島圭佑,高岡友裕,木村一貴,斉藤圭亮,石北央
    • 学会等名
      第59回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical investigation based on molecular structures reveals reaction mechanisms in photosynthetic membrane proteins2017

    • 著者名/発表者名
      K.Saito
    • 学会等名
      第55回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光合成蛋白質内の水分子のシミュレーション2017

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      第5回JCAHPCセミナー
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光合成蛋白質の理論解析で知るプロトンと水の移動経路2017

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      平成29年度ラン藻ゲノム交流会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質の理論化学解析で光合成反応をする2016

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      化学系学協会東北大会
    • 発表場所
      いわき明星大学 (福島県)
    • 年月日
      2016-09-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Energetics of the proton transfer from tyrosine D in photosystem II: comparison with tyrosine Z2016

    • 著者名/発表者名
      K. Saito
    • 学会等名
      7th Meeting “Photosynthesis Research for Sustainability”
    • 発表場所
      Pushchino (ロシア)
    • 年月日
      2016-06-19
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光化学系の構造に基づく理論解析からわかること2016

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      第7回日本光合成学会年会
    • 発表場所
      東京理科大学葛飾キャンパス (東京都)
    • 年月日
      2016-05-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光合成水分解反応の初期に起こる蛋白質内プロトン移動の経路と機構2016

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      日本物理学第71回年次大会
    • 発表場所
      東北学院大学
    • 年月日
      2016-03-22
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] The first proton release on the water-oxidizing reaction in photosystem II2016

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Saito
    • 学会等名
      7th OCARINA International Symposium
    • 発表場所
      大阪市立大学
    • 年月日
      2016-03-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Mehanicsm of Long-Distance Proton Transfer in Photosynthetic Protein2016

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Saito
    • 学会等名
      the Seventh Asia-Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APCTCC 7)
    • 発表場所
      高雄,台湾
    • 年月日
      2016-01-26
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 構造に基づく理論解析で蛋白質の分子機構を探る2016

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      第1 0 回日本化学会東海支部若手研究者フォーラム
    • 発表場所
      名古屋大学 (愛知県)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質におけるプロトン移動:短い水素結合の役割2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      第15回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2015-06-27
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるMnCaクラスターの歪んだ椅子型構造の起源2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      日本物理学第70回年次大会
    • 発表場所
      東京都新宿区
    • 年月日
      2015-03-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるMnCaクラスターの歪んだ椅子型構造の起源2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      第56回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      東京都世田谷区
    • 年月日
      2015-03-16
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 光合成蛋白質の中のクロロフィルのかたちと機能2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      やわらか光受容分子の理解と利用に迫るブレインストーミング研究会
    • 発表場所
      岡山県瀬戸内市
    • 年月日
      2015-01-24 – 2015-01-25
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質におけるプロトン移動 ~短い水素結合の役割~2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      生体分子系量子化学計算の最前線
    • 発表場所
      埼玉県和光市
    • 年月日
      2015-01-22
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるMnCaクラスターの歪んだ椅子型構造の起源2014

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌市
    • 年月日
      2014-09-25
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Proton Transfer Mechanisms in Photosystem II: Quinone Reduction and Tyrosine Radical Formation2014

    • 著者名/発表者名
      K. Saito, A. W. Rutherford, H. Ishikita
    • 学会等名
      Tokyo ATPase Workshop
    • 発表場所
      東京都文京区
    • 年月日
      2014-06-02
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] 光合成水分解反応初期に利用される水素イオン移動経路を解明~これまでの定説を覆す結果に~

    • URL

      http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/pressrelease/2015_ja.html#20151007

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2019-03-29  

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