トランスクリプトームを基盤とする統合遺伝子検索システムの構築

• 研究課題/領域番号: 26830129
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ
• 研究代表者: 内藤 雄樹 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ, ライフサイエンス統合データベースセンター, 特任助教 (60451829)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円); 2015年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2014年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
• キーワード: 遺伝子検索システム / トランスクリプトーム / 塩基配列検索 / GGRNA / GGGenome / CRISPRdirect

研究成果の概要

統合遺伝子検索システム構築のため、塩基配列を効率よく検索することのできるGGGenome (http://GGGenome.dbcls.jp/) というソフトウェアの開発を進めた。RefSeqに収録された転写産物だけでなく、塩基配列が公開されている200種以上の生物のゲノムや国際塩基配列データベース上の全塩基配列を検索できるようにするとともに、利用者が簡便に検索できるウェブインターフェースを開発した。開発したソフトウェアは、ゲノム編集のためのガイドRNA設計や、核酸医薬品のオフターゲット効果の予測にも有効であった。本成果は、ウェブツールとして無償で公開し、誰でも自由に活用できるようにした。

研究成果

• [雑誌論文] CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites. (2014)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Hino K, Bono H, UI-Tei K.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: Vol.31 号: 7 ページ: 1-4
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btu743
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] GGRNA：キーワードや配列から遺伝子をGoogleのように検索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹
  • 雑誌名: 実験医学増刊（今日から使える！データベース・ウェブツール） 巻: Vol.32, No.20 ページ: 78-79
• [雑誌論文] GGGenome：高速な塩基配列の検索ツール (2014)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹
  • 雑誌名: 実験医学増刊（今日から使える！データベース・ウェブツール） 巻: Vol.32, No.20 ページ: 102-103
• [雑誌論文] CRISPRdirect：CRISPR/Cas9ゲノム編集法のガイドRNA設計ツール (2014)
  • 著者名/発表者名: 日野公洋，内藤雄樹，坊農秀雅，程久美子
  • 雑誌名: 実験医学増刊（今日から使える！データベース・ウェブツール） 巻: Vol.32, No.20 ページ: 114-115
• [学会発表] GGRNA/GGGenome：塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ (2015)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹, 坊農秀雅
  • 学会等名: BMB2015（第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会 合同大会）
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] Gapmer型アンチセンスによる相補結合依存的オフターゲット効果の安全性評価手法構築に向けた基盤研究 (2015)
  • 著者名/発表者名: 吉田徳幸, 内藤雄樹, 佐々木澄美, 内田恵理子, 小比賀聡, 佐藤陽治, 内藤幹彦, 井上貴雄
  • 学会等名: 日本核酸医薬学会第1回年会
  • 発表場所: 京都テルサ（京都府京都市）
  • 年月日: 2015-11-30
• [学会発表] GGRNA/GGGenome：塩基配列データベースをすばやく検索するウェブツール (2015)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2015
  • 発表場所: 東京大学弥生講堂一条ホール（東京都文京区）
  • 年月日: 2015-10-05
• [学会発表] ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索ツール (2015)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹, 坊農秀雅
  • 学会等名: NGS現場の会第四回研究会
  • 発表場所: つくば国際会議場（茨城県つくば市）
  • 年月日: 2015-07-02
• [学会発表] CRISPR/Cas9ゲノム編集法のためのウェブツール (2015)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹, 坊農秀雅
  • 学会等名: 第13回がんとハイポキシア研究会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所（静岡県三島市）
  • 年月日: 2015-06-05
• [学会発表] CRISPRdirect : web-based tool for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites (2015)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Hino K, Ui-Tei K, Bono H
  • 学会等名: CRISPR 2015 Oxford
  • 発表場所: Oxford, UK
  • 年月日: 2015-03-23
• [学会発表] 統合遺伝子検索GGRNAと高速塩基配列検索GGGenome：塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ (2014)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹，坊農秀雅
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索技術 (2014)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹，坊農秀雅
  • 学会等名: 第4回ゲノム編集研究会
  • 発表場所: 広島
  • 年月日: 2014-10-05 – 2014-10-07
• [学会発表] GGRNA and GGGenome: ultrafast search engines for nucleotide sequence database (2014)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Bono H
  • 学会等名: Genome Informatics 2014
  • 発表場所: Cambridge, UK
  • 年月日: 2014-09-21 – 2014-09-24
• [図書] 実験医学増刊：今日から使える！ データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100 (2014)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹（編集）
  • 総ページ数: 248
  • 出版者: 羊土社
• [備考] 統合遺伝子検索GGRNA：遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ
  • URL: http://GGRNA.dbcls.jp/
• [備考] 高速塩基配列検索GGGenome：比較的短い塩基配列を高速に検索するウェブサーバ
  • URL: http://GGGenome.dbcls.jp/
• [備考] CRISPRdirect：CRISPR/Cas9ゲノム編集法のためのガイドRNA設計ウェブサーバ
  • URL: http://crispr.dbcls.jp/