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ATPaseファミリー全体に当てはまる一般的な構造変化メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 26840051
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関横浜市立大学

研究代表者

伊藤 祐子  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 特任助教 (00608698)

研究協力者 政池 知子  東京理科大学, 理学部応用生物科学科, 講師 (60406882)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2014年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード分子動力学計算 / F1-ATPase / ATPaseファミリー / 構造変化 / 理論と実験による共同研究
研究成果の概要

ATPaseはエネルギーに関する広汎な反応を担う蛋白質ファミリーであり、構造変化を通して、多種多様な機能発現に至る。申請者は、このATPase蛋白質の構造変化に共通するメカニズムを明らかにすべく研究を行った。
一連のATPaseの構造変化は、基質であるATPの3つのイベント(ATP結合、加水分解反応、生成物解離)によって引き起こされる。従って、構造変化の全貌を知るには、それら異なるステップによる構造変化のメカニズムを個別に明らかにする必要がある。申請者は、F1-ATPaseのbetaサブユニットを用いすべてのステップのメカニズムを明らかにし、他のATPaseに当てはまるかどうか検討を行った。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2017 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 2件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Dissection of the angle of single fluorophore attached to the nucleotide in corkscrewing microtubules2017

    • 著者名/発表者名
      Fujimura, S. Ito, Y. Ikeguchi, M. Adachi, K. Yajima, J. Nishizaka, T.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun

      巻: 485 号: 3 ページ: 614-620

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2017.01.165

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The Mechanism of the ab (alpha beta) Conformational Change in F1-ATPase After the ATP Hydrolysis: Free-energy Simulation2015

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 108 号: 1 ページ: 85-97

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2014.11.1853

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 1分子観察とドッキングシミュレーションで蛍光基質を通じて明らかになった化学反応に伴う酵素の構造変化2016

    • 著者名/発表者名
      三上 渚, 伊藤 祐子, 須河 光弘 , 池口 満徳 , 西坂 崇之
    • 学会等名
      生物物理学会
    • 発表場所
      つくば国際会議場 (茨城県, つくば市)
    • 年月日
      2016-11-26
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] The conformational change mechanism of the b (beta) subunit in F1-ATPase revealed by all-atom MD simulations,2014

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      The 52th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulations of F1-ATPase2014

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      The 14th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan (Young Scientist Award Symposium)
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] the Rotational Mechanism of F1-ATPase via All-atom Molecular Dynamics Simulations2015

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 出版者
      Seibutu-Butsuri
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [図書] Approaches to Understanding the Rotational Mechanism of F1-ATPase via All-atom Molecular Dynamics Simulations (Chapter 7), in: Frontiers of Chemistry Vol. 23; New Paradigm of Nanobioscience for Single Molecule Studies2014

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi (Hiroyuki Noji, ed)
    • 出版者
      Kagakudojin, Kyoto
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [図書] Molecular dynamics simulation of F1-ATPase (chapter 17), in Protein Conformational Dynamics2014

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi (Ming-jun Yang, ed)
    • 出版者
      Springer, Dordrecht, Netherlands
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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