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細胞集団の協調移動現象の数理モデリング

研究課題

研究課題/領域番号 26840085
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 発生生物学
研究機関金沢大学 (2015-2016)
独立行政法人理化学研究所 (2014)

研究代表者

瓜生 耕一郎  金沢大学, 自然システム学系, 助教 (90726241)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2016年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2015年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード細胞移動 / 数理モデル / 画像解析 / 遺伝子発現リズム / 同期 / 時間スケール / シミュレーション / トラッキング / 位相振動子 / cell mixing / 数値シミュレーション / 国際情報交換 / ブエノスアイレス / ロンドン
研究成果の概要

生物の発生過程で観察される細胞の協調的移動現象を数理モデリングとイメージングデータによって解析した。イメージングデータ中の細胞核を自動で検出するアルゴリズムとその検出精度を評価する手法を確立した。さらにその手法を適用し、ゼブラフィッシュ胚未分節中胚葉組織の細胞移動を定量化し、取得した定量データに基づいた数理モデルを構築した。また観察された細胞移動の生物学的意義を解明するために、細胞集団の遺伝子発現リズム同期へ及ぼす影響を数理モデルによって調べたところ、協調的細胞移動がリズム同期を促進することを見出した。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件)

  • [国際共同研究] ブエノスアイレス大学(アルゼンチン)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] University College London(英国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] ブエノスアイレス大学(アルゼンチン)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University College London(英国)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Object segmentation and ground truth in 3D embryonic imaging2016

    • 著者名/発表者名
      Bhavna Rajasekaran, Koichiro Uriu, Guillaume Valentin, Jean-Yves Tinevez, Andrew C. Oates
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 11 号: 6 ページ: e0150853-e0150853

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0150853

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic oscillators in development2016

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu
    • 雑誌名

      Development, Growth & Differentiation

      巻: 58 号: 1 ページ: 16-30

    • DOI

      10.1111/dgd.12262

    • NAID

      120005741598

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Collective cell movement promotes synchronization of coupled genetic oscillators2014

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu and Luis G. Morelli
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 107 号: 2 ページ: 514-526

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2014.06.011

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interplay between intercellular signaling and cell movement in development2014

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu, Luis G. Morelli and Andrew C. Oates
    • 雑誌名

      Seminars in Cell and Developmental Biology

      巻: 35 ページ: 66-72

    • DOI

      10.1016/j.semcdb.2014.05.011

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 細胞移動が分節時計の同期に与える影響をイメージングデータと数理モデルで明らかにする2016

    • 著者名/発表者名
      瓜生耕一郎
    • 学会等名
      日本発生生物学会秋季シンポジウム2016
    • 発表場所
      静岡県三島市三島市民文化会館
    • 年月日
      2016-10-19
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Quantification of relative cellular movement and mathematical modeling in vertebrate somitogenesis2015

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド、兵庫
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Quantification and mathematical modeling of the effect of cellular movement on oscillator synchronization in vertebrate somitogenesis2015

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu, Bhavna Rajasekaran, Luis G. Morelli, Andrew C. Oates
    • 学会等名
      The 26th CDB meeting
    • 発表場所
      理化学研究所多細胞システム形成研究センター、兵庫
    • 年月日
      2015-09-08
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Modeling cellular motion in vertebrate somitogenesis based on embryonic imaging data2015

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu
    • 学会等名
      2015年日本数理生物学会年会/日中韓数理生物学コロキウム合同大会
    • 発表場所
      同志社大学、京都
    • 年月日
      2015-08-26
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Relative cellular motion in vertebrate somitogenesis2015

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu
    • 学会等名
      日本発生生物学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場、茨城
    • 年月日
      2015-06-02
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Synchronization of coupled genetic oscillators promoted by collective cell movement2015

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu
    • 学会等名
      CDB Symposium 2015 Time in Development
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 年月日
      2015-03-23 – 2015-03-25
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Collective cell movement promotes synchronization of coupled genetic oscillators2014

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu
    • 学会等名
      The Joint Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology and the Society for Mathematical Biology 2014
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2014-07-28 – 2014-08-01
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Collective cell movement promotes synchronization of coupled genetic oscillators2014

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Uriu
    • 学会等名
      The 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology
    • 発表場所
      Gothenburg, Sweden
    • 年月日
      2014-06-15 – 2014-06-19
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Collective cell movement promotes synchronization of the segmentation clock2014

    • 著者名/発表者名
      瓜生耕一郎
    • 学会等名
      第47回日本発生生物学会年会
    • 発表場所
      愛知
    • 年月日
      2014-05-27 – 2014-05-30
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2022-02-16  

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