• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

大腸菌アンモニア同化制御の定量的ダイナミックモデル構築とシステム的理解

研究課題

研究課題/領域番号 26870432
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
生命・健康・医療情報学
研究機関九州工業大学

研究代表者

前田 和勲  九州工業大学, 若手研究者フロンティア研究アカデミー, 特任助教 (50631230)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2016年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード大腸菌 / 窒素代謝 / 生化学パラメータ推定 / シミュレーション / システム生物学 / パラメータ推定 / システムバイオロジー / アンモニア / ダイナミックモデル / 微分方程式 / 最適化
研究成果の概要

大腸菌にとって、グルタミン酸とグルタミンは、アミノ酸やヌクレオチドの前駆体として重要であるが、このグルタミン酸とグルタミンの合成にはアンモニアが必要である。アンモニア同化の複雑な制御機構を理解するには数学モデルの構築が不可欠である。本研究では、大腸菌アンモニア同化の定量的ダイナミックモデルを構築した。そして、それを用いて、これまでアンモニアチャネルだと考えられていたAmtBがアクティブトランスポーターであることを指摘した。また、モデル構築の過程で、新規の生化学パラメータ推定法を開発し、それを支援するためのC言語のライブラリを開発した。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 4件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] アムステルダム自由大学(オランダ)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] アムステルダム自由大学(オランダ)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Development of an accurate kinetic model for the central carbon metabolism of Escherichia coli.2016

    • 著者名/発表者名
      Nusrat Jahan, Kazuhiro Maeda, Yu Matsuoka, Yurie Sugimoto, Hiroyuki Kurata.
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories

      巻: 15 号: 1 ページ: 112-112

    • DOI

      10.1186/s12934-016-0511-x

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Web application for Genetic Modification Flux with database to estimate metabolic fluxes of genetic mutants2016

    • 著者名/発表者名
      Noorlin Mohd Ali, Ryo Tsuboi, Yuta Matsumoto, Daisuke Koishi, Kentaro Inoue, Kazuhiro Maeda, and Hiroyuki Kurata
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 印刷中 号: 1 ページ: 111-116

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2015.12.001

    • NAID

      40020886002

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書 2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Developing a kinetic model of the E. coli ammonium assimilation network for the metabolic engineering of efficient glutamate fermentation2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, Hans V. Westerhoff, and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      The International Conference on Systems Biology 2015
    • 発表場所
      Biopolis, Singapore
    • 年月日
      2015-11-23
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Modeling Approach for Analysis of Regulation of Glutamine Synthetase and Ammonium Transporter in E. coli2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, Hans V. Westerhoff, and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      Asian Congress on Biotechnology 2015
    • 発表場所
      Istana Hotel, Kuala Lumpur, Malaysia
    • 年月日
      2015-11-15
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 大腸菌アンモニア同化制御の解析:ダイナミックモデリングによるアプローチ2015

    • 著者名/発表者名
      前田和勲, Fred C. Boogerd, Hans V. Westerhoff, 倉田博之
    • 学会等名
      生命情報科学若手の会 第7回研究会
    • 発表場所
      慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス TTCK レクチャーホール(山形県鶴岡市)
    • 年月日
      2015-10-01
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Multiparameter Sensitivity Analysis of Simple Oscillator Models2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      International Symposium on Synthetic Systems Biology (BST 2015)
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 年月日
      2015-09-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamic Modeling of the E. coli Ammonium Assimilation Network2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, Hans V. Westerhoff, and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      GIW/InCoB 2015
    • 発表場所
      MIRAIKAN, Odaiba, Tokyo, Japan
    • 年月日
      2015-09-09
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Systems Biology of Body Clocks: Toward a Cancer Therapy Based on a Systems Understanding of Circadian Rhythms2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      計測自動制御学会 ライフエンジニアリング部門シンポジウム 2015
    • 発表場所
      九州工業大学飯塚キャンパス
    • 年月日
      2015-09-02
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Toward a quantitative in silico model for the E. coli ammonium assimilation system2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, Hans V. Westerhoff, and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      BMIRC Symposium 2015
    • 発表場所
      福岡県飯塚市 野上プレジデントホテル
    • 年月日
      2015-03-06
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌アンモニア同化システムのダイナミックモデル構築2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, Frank J. Bruggeman, Hans V. Westerhoff, and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      定量生物学の会 第七回年会
    • 発表場所
      福岡県春日市 九州大学筑紫キャンパス 筑紫ホール・C-cube
    • 年月日
      2015-01-11 – 2015-01-12
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] BioFNet Database for Rational Design of Biological Systems2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kurata, Yurie Sugimoto and Kazuhiro Maeda
    • 学会等名
      GIW/ISCB-Asia 2014
    • 発表場所
      東京お台場 東京国際交流館
    • 年月日
      2014-12-15 – 2014-12-17
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Analytical study of robustness of a negative feedback oscillator by multiparameter sensitivity2014

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      GIW/ISCB-Asia 2014
    • 発表場所
      東京お台場 東京国際交流館
    • 年月日
      2014-12-15
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] マルチパラメータ感度を用いたネガティブフィードバック振動子のロバストネス解析2014

    • 著者名/発表者名
      前田和勲、倉田博之
    • 学会等名
      生命情報科学若手の会 第6回研究会
    • 発表場所
      兵庫県神戸市 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター
    • 年月日
      2014-10-30
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] BioFNet: Biological Function Network Database2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kurata and Kazuhiro Maeda
    • 学会等名
      IIBMP2014
    • 発表場所
      宮城県仙台市
    • 年月日
      2014-10-02 – 2014-10-03
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] ネガティブフィードバック振動子のマルチパラメータ感度解析2014

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda and Hiroyuki Kurata,
    • 学会等名
      IIBMP2014
    • 発表場所
      宮城県仙台市
    • 年月日
      2014-10-02 – 2014-10-03
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] BioFNet database supports analysis and synthesis of biochemical networks2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kurata and Kazuhiro Maeda
    • 学会等名
      ICSB 2014 (The International Conference on Systems Biology)
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2014-09-14 – 2014-09-18
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Robustness analysis of a negative feedback oscillator2014

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda and Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      ICSB 2014 (The International Conference on Systems Biology)
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2014-09-14 – 2014-09-18
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] 研究者が作成したWebページ

    • URL

      http://kurata21.bio.kyutech.ac.jp/maeda/

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 所属研究機関が作成したWebページ

    • URL

      http://www.ccr.kyutech.ac.jp/professors/iizuka/i-12/i12-3/entry-2636.html

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

URL: 

公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi