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出芽酵母の一細胞フェノームによる遺伝子機能と化学物質応答の統計モデリング

研究課題

研究課題/領域番号 26882019
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分補助金
研究分野 ケミカルバイオロジー
研究機関東京大学

研究代表者

大貫 慎輔  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特任研究員 (80739756)

研究期間 (年度) 2014-08-29 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2015年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード出芽酵母 / 一般化線形モデル / 細胞形態 / CalMorph / 表現型解析 / 多様性 / 交絡因子 / ハイコンテントイメージング / 相互作用
研究成果の概要

細胞の薬剤に対する応答や遺伝子変異株の形態表現型を500以上の観点で測定し、類似性で分類することで、遺伝子機能や薬剤の標的を予想することが可能である。本研究では、複数の薬剤を処理した場合や薬剤と遺伝子変異の間の相互作用を解析することが可能な、新たな統計モデルの構築を目的とした。このために、各観点に適切な確率分布を割り当てることで一般化線形モデルを応用可能にした。このとき、形態表現型に影響を与える交絡因子を特定し排除するための線形モデルを構築することで、検出力を高めることに成功した。そして、交互作用項のある線形モデルを構築することで、細胞の複雑な応答を説明可能な統計モデルの構築に成功した。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Profiling of the effects of antifungal agents on yeast cells based on morphometric analysis.2015

    • 著者名/発表者名
      Gebre AA, Okada H, Kim C, Kubo K, Ohnuki S, Ohya Y.
    • 雑誌名

      FEMS Yeast Res.

      巻: 15 号: 5 ページ: fov040-fov040

    • DOI

      10.1093/femsyr/fov040

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantification of Cell, Actin, and Nuclear DNA Morphology with High-Throughput Microscopy and CalMorph.2015

    • 著者名/発表者名
      Okada H, Ohnuki S, Ohya Y.
    • 雑誌名

      Cold Spring Harb Protoc.

      巻: 2015 (4) 号: 4 ページ: 408-412

    • DOI

      10.1101/pdb.prot078667

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unveiling nonessential gene deletions that confer significant morphological phenotypes beyond natural yeast strains2014

    • 著者名/発表者名
      Yang M, Ohnuki S, Ohya Y
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15 号: 1 ページ: 932-932

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-932

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 一般化線形モデルを使った自然界には存在しない形態を持つ出芽酵母の解析2015

    • 著者名/発表者名
      大貫慎輔、楊明、大矢禎一
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(神戸)
    • 年月日
      2015-12-03
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Application of Generalized Linear Model to Reveal Nonessential Genes of Deletion Mutants with Significant Morphological Phenotypes beyond Natural Yeast Strains2015

    • 著者名/発表者名
      Shinsuke Ohnuki, Ming Yang, Yoshikazu Ohya
    • 学会等名
      27th International conference on yeast genetics and molecular biology
    • 発表場所
      Trentino (Italy)
    • 年月日
      2015-09-06
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 一般化線形モデルを使った自然界には存在しない形態を持つ出芽酵母の解析2015

    • 著者名/発表者名
      大貫慎輔、楊明、大矢禎一
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム
    • 発表場所
      広島大学(広島)
    • 年月日
      2015-09-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 出芽酵母必須遺伝子の半数以上はヘテロ破壊によりハプロ不全性を示す2014

    • 著者名/発表者名
      大貫 慎輔、大矢 禎一
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2014-11-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-09-09   更新日: 2017-05-10  

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